More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0845 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  62.46 
 
 
571 aa  761    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  71.23 
 
 
572 aa  851    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  62.98 
 
 
589 aa  717    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  100 
 
 
580 aa  1181    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  63.44 
 
 
571 aa  745    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  94.47 
 
 
580 aa  1102    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  61.66 
 
 
582 aa  715    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  53.33 
 
 
579 aa  627  1e-178  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  45.49 
 
 
577 aa  524  1e-147  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  44.83 
 
 
602 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  44.85 
 
 
585 aa  513  1e-144  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  43.08 
 
 
600 aa  480  1e-134  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  42.56 
 
 
618 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  41.08 
 
 
611 aa  453  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  41.28 
 
 
611 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  41.11 
 
 
611 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  41.11 
 
 
611 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  43.06 
 
 
601 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  41.26 
 
 
583 aa  448  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  40.88 
 
 
588 aa  443  1e-123  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  39.51 
 
 
572 aa  432  1e-120  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.78 
 
 
586 aa  428  1e-118  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40 
 
 
579 aa  427  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1395  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.65 
 
 
610 aa  423  1e-117  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.507365  hitchhiker  0.000128889 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  39.97 
 
 
627 aa  423  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3781  ABC transporter, ATPase subunit  39.83 
 
 
626 aa  422  1e-117  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.411009 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  43.41 
 
 
556 aa  422  1e-117  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  41.41 
 
 
579 aa  420  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  40.8 
 
 
598 aa  421  1e-116  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.27 
 
 
587 aa  419  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1741  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.11 
 
 
590 aa  419  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0591  ABC transporter-related protein  38.65 
 
 
566 aa  413  1e-114  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0672  ABC transporter related  39.93 
 
 
578 aa  409  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0117  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.26 
 
 
574 aa  412  1e-113  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0506  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  37.87 
 
 
612 aa  410  1e-113  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.740474 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0152  ABC transporter related  42.75 
 
 
613 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.273872  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0316  ABC transporter related  44.19 
 
 
607 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.291924 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.93 
 
 
597 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.11 
 
 
581 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0684  ABC transporter related  40.59 
 
 
598 aa  406  1.0000000000000001e-112  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000210902  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2998  ABC transporter related protein  38.77 
 
 
575 aa  404  1e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000215819  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  41.4 
 
 
596 aa  403  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2125  lipid ABC transporter, ATP-binding/permease protein MsbA  36.61 
 
 
602 aa  401  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0153506  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  39.72 
 
 
595 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1062  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.32 
 
 
598 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.29 
 
 
592 aa  397  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.33 
 
 
574 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.33 
 
 
574 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  38.85 
 
 
609 aa  396  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1055  ABC transporter related protein  37.54 
 
 
571 aa  396  1e-109  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.57 
 
 
587 aa  393  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  37.94 
 
 
592 aa  393  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0154  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  42.64 
 
 
585 aa  393  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  40.71 
 
 
601 aa  394  1e-108  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.41 
 
 
583 aa  394  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.121229  normal  0.848171 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  39.22 
 
 
601 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06023  ABC efflux transporter permease/ATP-binding protein  38.54 
 
 
586 aa  394  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0971  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.97 
 
 
594 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2584  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.07 
 
 
600 aa  392  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.544743  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  39.02 
 
 
595 aa  391  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  38.5 
 
 
609 aa  391  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.81 
 
 
587 aa  392  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2444  ABC transporter related  39.69 
 
 
580 aa  390  1e-107  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.385044 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  35.14 
 
 
593 aa  390  1e-107  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3501  ABC transporter related  37.29 
 
 
575 aa  390  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1316  lipid/multidrug ABC transporter MsbA ATPase and inner membrane domains  37.87 
 
 
595 aa  391  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.266622  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  40.14 
 
 
605 aa  391  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  39.75 
 
 
579 aa  390  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  39.22 
 
 
601 aa  391  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.11 
 
 
591 aa  390  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0629  ABC transporter, ATP-binding protein/permease MsbA, putative  38.38 
 
 
587 aa  390  1e-107  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2348  ABC transporter related protein  40.9 
 
 
578 aa  390  1e-107  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0317134  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2826  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  36.66 
 
 
604 aa  392  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.070781 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.72 
 
 
589 aa  392  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2388  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.12 
 
 
600 aa  392  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.496768  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  37.89 
 
 
582 aa  388  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.89 
 
 
582 aa  388  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.42 
 
 
582 aa  387  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.89 
 
 
582 aa  388  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1630  ABC transporter related  39.32 
 
 
608 aa  385  1e-106  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.11 
 
 
582 aa  387  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000242  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease component  38.2 
 
 
586 aa  388  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2497  ABC transporter related  38.42 
 
 
614 aa  386  1e-106  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.54 
 
 
582 aa  386  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1954  ABC transporter related  35.64 
 
 
578 aa  386  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1920  ABC transporter related  35.64 
 
 
578 aa  386  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.89 
 
 
582 aa  388  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1705  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.78 
 
 
602 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.433379  normal  0.881057 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.89 
 
 
582 aa  388  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2392  ABC transporter related  39.86 
 
 
580 aa  389  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0757  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.97 
 
 
594 aa  386  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00726386  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.89 
 
 
582 aa  388  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2674  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.78 
 
 
602 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0832532  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.89 
 
 
582 aa  388  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1683  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.78 
 
 
602 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2422  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.84 
 
 
601 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2492  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.84 
 
 
601 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677361  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.42 
 
 
582 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0353  ABC transporter related  41.25 
 
 
639 aa  385  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  37.89 
 
 
582 aa  388  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>