More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4514 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1064  ABC transporter, transmembrane region  79.24 
 
 		 602 aa  938    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.415501  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1596  ABC transporter related  87.63 
 
 		 600 aa  1027    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0640452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1426  ABC transporter related  80.67 
 
 		 600 aa  989    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.484971 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1608  ABC transporter related  87.6 
 
 		 600 aa  1025    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4514  ABC transporter related  100 
 
 		 600 aa  1217    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.350646  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1292  ABC transporter related  80.1 
 
 		 601 aa  936    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5675  ABC transporter permease/ATP-binding protein  73.88 
 
 		 601 aa  880    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400511  normal  0.191323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4230  ABC transporter related  49.48 
 
 		 621 aa  557  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  43.65 
 
 		 595 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  43.23 
 
 		 596 aa  506  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  43.86 
 
 		 601 aa  507  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  43.3 
 
 		 595 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  43.74 
 
 		 601 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  41.68 
 
 		 609 aa  480  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  41.88 
 
 		 609 aa  478  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  41.33 
 
 		 591 aa  473  1e-132  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3593  ABC transporter related  41.77 
 
 		 624 aa  474  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413499  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1342  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  43.49 
 
 		 588 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3848  ABC transporter related  39.37 
 
 		 585 aa  442  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135668  normal  0.677159 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  38.1 
 
 		 605 aa  377  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.07 
 
 		 600 aa  374  1e-102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.42 
 
 		 577 aa  375  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  36.73 
 
 		 618 aa  372  1e-101  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.18 
 
 		 585 aa  369  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  34.81 
 
 		 571 aa  360  4e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  38.29 
 
 		 627 aa  359  9e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  37.54 
 
 		 582 aa  356  6.999999999999999e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  34.25 
 
 		 588 aa  353  2.9999999999999997e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  37.42 
 
 		 611 aa  349  9e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0637  ABC transporter related  41.58 
 
 		 588 aa  347  4e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  39.77 
 
 		 611 aa  345  1e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  39.58 
 
 		 611 aa  345  2e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0588  ABC transporter related  39.51 
 
 		 579 aa  343  4e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119991  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.68 
 
 		 572 aa  343  7e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  39.13 
 
 		 611 aa  341  2e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  35.59 
 
 		 589 aa  341  2e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.75 
 
 		 580 aa  341  2.9999999999999998e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.12 
 
 		 587 aa  340  5.9999999999999996e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4538  ABC transporter related  37.28 
 
 		 596 aa  339  7e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.232749 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  36.05 
 
 		 601 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5589  ABC transporter related  41.1 
 
 		 586 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.39 
 
 		 602 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  34.63 
 
 		 571 aa  336  7e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  35.55 
 
 		 556 aa  335  1e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  39.75 
 
 		 579 aa  333  5e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0394  ABC transporter related  34.87 
 
 		 610 aa  333  7.000000000000001e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.156666 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.86 
 
 		 597 aa  332  1e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  34.93 
 
 		 579 aa  332  1e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.11 
 
 		 587 aa  330  4e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.02 
 
 		 580 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  34.69 
 
 		 593 aa  329  8e-89  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.65 
 
 		 589 aa  326  9e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.15 
 
 		 583 aa  324  2e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0152  ABC transporter related  36.24 
 
 		 613 aa  325  2e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.273872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.16 
 
 		 583 aa  324  3e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2717  ABC transporter related  35.96 
 
 		 608 aa  323  8e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1630  ABC transporter related  35.3 
 
 		 608 aa  322  9.000000000000001e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.02 
 
 		 582 aa  322  9.000000000000001e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6513  ABC transporter related protein  38.57 
 
 		 613 aa  322  9.999999999999999e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.97 
 
 		 605 aa  321  1.9999999999999998e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.92 
 
 		 581 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2874  ABC transporter related  38.84 
 
 		 597 aa  320  5e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.57438  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.19 
 
 		 582 aa  320  5e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2388  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.6 
 
 		 600 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.496768  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3100  ABC transporter related  38.84 
 
 		 597 aa  319  9e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.87066  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  36.47 
 
 		 598 aa  318  1e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0387  lipid A ABC transporter, ATP-binding/permease protein  36.08 
 
 		 586 aa  319  1e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0154  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.64 
 
 		 585 aa  318  2e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0316  ABC transporter related  35.38 
 
 		 607 aa  318  2e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.291924 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.1 
 
 		 587 aa  318  3e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2763  transport ATP-binding protein msbA  37.97 
 
 		 590 aa  317  4e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.714351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2471  ABC transporter related protein  34.73 
 
 		 600 aa  316  9e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  34.62 
 
 		 592 aa  316  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1246  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.97 
 
 		 606 aa  315  1.9999999999999998e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2497  ABC transporter related  35.88 
 
 		 614 aa  314  2.9999999999999996e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2996  ABC transporter related  38.31 
 
 		 596 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.637483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.5 
 
 		 583 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.121229  normal  0.848171 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0506  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  37.23 
 
 		 612 aa  313  7.999999999999999e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.740474 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.7 
 
 		 582 aa  312  1e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1782  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.62 
 
 		 588 aa  312  1e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  30.92 
 
 		 597 aa  312  1e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1889  ABC transporter related  34.74 
 
 		 590 aa  312  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.19709  normal  0.932579 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  32.99 
 
 		 582 aa  311  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.99 
 
 		 582 aa  311  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.99 
 
 		 582 aa  311  2e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.99 
 
 		 582 aa  311  2e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.99 
 
 		 582 aa  311  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  32.99 
 
 		 582 aa  311  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.99 
 
 		 582 aa  311  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0246  ABC lipid efflux transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  34.74 
 
 		 590 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.99 
 
 		 582 aa  311  2e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.99 
 
 		 582 aa  311  2e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.1 
 
 		 582 aa  311  2e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.45 
 
 		 579 aa  310  4e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0389  ABC transporter ATP-binding protein  35.1 
 
 		 582 aa  310  5e-83  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1783  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.45 
 
 		 588 aa  309  8e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.32 
 
 		 582 aa  309  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.32 
 
 		 582 aa  309  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.32 
 
 		 582 aa  309  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0730  ABC transporter related  34.95 
 
 		 579 aa  309  1.0000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264899  normal  0.102225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>