More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0730 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1889  ABC transporter related  62 
 
 
590 aa  696    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.19709  normal  0.932579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0246  ABC lipid efflux transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  62 
 
 
590 aa  696    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2019  ABC transporter related  60.94 
 
 
590 aa  687    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.990408 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0730  ABC transporter related  100 
 
 
579 aa  1150    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264899  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1984  ABC transporter related  51.12 
 
 
619 aa  552  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.434554  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.79 
 
 
583 aa  357  3.9999999999999996e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.35 
 
 
600 aa  350  4e-95  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  36.81 
 
 
609 aa  348  1e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  36.27 
 
 
593 aa  348  1e-94  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.94 
 
 
577 aa  346  6e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  35 
 
 
618 aa  345  2e-93  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  37.13 
 
 
605 aa  343  4e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  36.77 
 
 
627 aa  338  1.9999999999999998e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  37.09 
 
 
595 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  36.92 
 
 
595 aa  336  5.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.13 
 
 
582 aa  336  7e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.69 
 
 
572 aa  333  4e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3593  ABC transporter related  36.67 
 
 
624 aa  333  7.000000000000001e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413499  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  35.2 
 
 
609 aa  332  1e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.19 
 
 
582 aa  332  1e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  35.02 
 
 
591 aa  332  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.43 
 
 
580 aa  331  2e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.57 
 
 
579 aa  330  6e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003987  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.44 
 
 
582 aa  328  2.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01535  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.44 
 
 
583 aa  327  5e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.62 
 
 
585 aa  326  9e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  36.28 
 
 
601 aa  325  2e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  35.41 
 
 
596 aa  325  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0971  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.58 
 
 
594 aa  324  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  35.69 
 
 
571 aa  323  5e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0591  ABC transporter-related protein  30.12 
 
 
566 aa  323  5e-87  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  38.57 
 
 
579 aa  323  5e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  36.03 
 
 
571 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5589  ABC transporter related  39.83 
 
 
586 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239787  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.28 
 
 
580 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  33.39 
 
 
588 aa  320  5e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.36 
 
 
582 aa  320  6e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.45 
 
 
602 aa  320  6e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.36 
 
 
582 aa  320  6e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.36 
 
 
582 aa  320  6e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.97 
 
 
582 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.97 
 
 
582 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.97 
 
 
582 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  34.26 
 
 
579 aa  318  2e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.97 
 
 
582 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.97 
 
 
582 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.85 
 
 
582 aa  316  6e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4342  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  35.26 
 
 
639 aa  316  6e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180584  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0637  ABC transporter related  36.85 
 
 
588 aa  315  9.999999999999999e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  35.23 
 
 
601 aa  315  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.66 
 
 
582 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.79 
 
 
582 aa  313  4.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1769  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.98 
 
 
597 aa  312  7.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.631617  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5675  ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.2 
 
 
601 aa  312  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400511  normal  0.191323 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  34.39 
 
 
611 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.55 
 
 
587 aa  312  1e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0797  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  34.51 
 
 
632 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.732522 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1510  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  37.58 
 
 
628 aa  311  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.639878 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  34.04 
 
 
582 aa  311  2e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  34.22 
 
 
611 aa  310  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  33.22 
 
 
582 aa  310  5e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.22 
 
 
582 aa  310  5e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.22 
 
 
582 aa  310  5e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.22 
 
 
582 aa  310  5e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1255  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.56 
 
 
597 aa  310  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.261223  normal  0.738985 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.22 
 
 
582 aa  310  5e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  33.22 
 
 
582 aa  310  5e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.22 
 
 
582 aa  310  5e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.22 
 
 
582 aa  310  5e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.22 
 
 
582 aa  310  5e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  35.09 
 
 
611 aa  309  6.999999999999999e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1064  ABC transporter, transmembrane region  34.35 
 
 
602 aa  309  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.415501  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3290  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  33.74 
 
 
597 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5649  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.08 
 
 
583 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1426  ABC transporter related  36.3 
 
 
600 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.484971 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.11 
 
 
582 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  35.19 
 
 
601 aa  307  3e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  34.05 
 
 
611 aa  307  3e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  30.54 
 
 
586 aa  308  3e-82  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2346  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.08 
 
 
583 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571332  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0735  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.49 
 
 
582 aa  306  7e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2226  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.08 
 
 
593 aa  306  7e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472493  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.98 
 
 
597 aa  306  8.000000000000001e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6942  ABC transporter ATP-binding protein  35.75 
 
 
619 aa  306  9.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.676963 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4514  ABC transporter related  34.54 
 
 
600 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.350646  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2996  ABC transporter related  37.67 
 
 
596 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.637483  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  34.6 
 
 
589 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4490  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  33.63 
 
 
641 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  29.82 
 
 
572 aa  305  1.0000000000000001e-81  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.22 
 
 
574 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1695  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.91 
 
 
623 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.733558  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.22 
 
 
574 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2330  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.91 
 
 
593 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273025 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2307  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.91 
 
 
583 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.41 
 
 
587 aa  304  4.0000000000000003e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2077  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.16 
 
 
597 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0851764  normal  0.0377374 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  34.2 
 
 
592 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1055  ABC transporter related protein  31.03 
 
 
571 aa  303  7.000000000000001e-81  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.26 
 
 
605 aa  303  7.000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.76 
 
 
592 aa  303  8.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>