More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2260 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  100 
 
 
571 aa  1169    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  63.92 
 
 
572 aa  758    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  62.74 
 
 
580 aa  738    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  86.34 
 
 
571 aa  1004    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  62.46 
 
 
580 aa  735    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  57.77 
 
 
589 aa  645    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  57.47 
 
 
582 aa  683    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  49.74 
 
 
579 aa  595  1e-169  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  45.95 
 
 
585 aa  515  1e-144  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  44.82 
 
 
600 aa  504  1e-141  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  44.85 
 
 
602 aa  499  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  43.31 
 
 
577 aa  497  1e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  44.68 
 
 
618 aa  474  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  41.94 
 
 
588 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  43.84 
 
 
601 aa  463  1e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  43.62 
 
 
556 aa  441  9.999999999999999e-123  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  39.43 
 
 
611 aa  439  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.3 
 
 
579 aa  436  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.4 
 
 
583 aa  436  1e-121  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1741  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.87 
 
 
590 aa  437  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.2 
 
 
587 aa  434  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  40.37 
 
 
611 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1395  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.95 
 
 
610 aa  429  1e-119  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.507365  hitchhiker  0.000128889 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  40.03 
 
 
611 aa  432  1e-119  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  39.93 
 
 
611 aa  430  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1719  ABC transporter ATP-binding protein  44.03 
 
 
616 aa  422  1e-117  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0316  ABC transporter related  43.57 
 
 
607 aa  419  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.291924 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  38.82 
 
 
598 aa  422  1e-116  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.65 
 
 
586 aa  421  1e-116  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  39.05 
 
 
627 aa  419  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0506  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  38.25 
 
 
612 aa  421  1e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.740474 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1316  lipid/multidrug ABC transporter MsbA ATPase and inner membrane domains  38.88 
 
 
595 aa  418  9.999999999999999e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.266622  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0684  ABC transporter related  39.93 
 
 
598 aa  418  9.999999999999999e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000210902  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1062  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.7 
 
 
598 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  37.52 
 
 
593 aa  413  1e-114  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.05 
 
 
579 aa  413  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.28 
 
 
597 aa  414  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3781  ABC transporter, ATPase subunit  38.6 
 
 
626 aa  415  1e-114  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.411009 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3474  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.98 
 
 
596 aa  411  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1337  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  38.67 
 
 
599 aa  411  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.870575 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2125  lipid ABC transporter, ATP-binding/permease protein MsbA  36.49 
 
 
602 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0153506  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0394  ABC transporter related  36.57 
 
 
610 aa  406  1.0000000000000001e-112  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.156666 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6513  ABC transporter related protein  41.97 
 
 
613 aa  407  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330093  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.81 
 
 
589 aa  409  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0152  ABC transporter related  40.19 
 
 
613 aa  404  1e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.273872  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0117  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.03 
 
 
574 aa  403  1e-111  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.12 
 
 
592 aa  405  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.75 
 
 
583 aa  404  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.121229  normal  0.848171 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11248  ABC transporter, ATP-binding protein  38.92 
 
 
566 aa  403  1e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2998  ABC transporter related protein  37 
 
 
575 aa  404  1e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000215819  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1920  ABC transporter related  36.81 
 
 
578 aa  401  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  40.72 
 
 
605 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.03 
 
 
581 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0921  phospholipid-lipopolysaccharide ABC transporter  37.06 
 
 
596 aa  400  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1385  ABC transporter related  41.03 
 
 
600 aa  399  9.999999999999999e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0831464  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1954  ABC transporter related  36.81 
 
 
578 aa  401  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  37.52 
 
 
572 aa  401  9.999999999999999e-111  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0583  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  36.55 
 
 
586 aa  396  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  37.39 
 
 
609 aa  395  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1630  ABC transporter related  38.91 
 
 
608 aa  398  1e-109  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1094  lipid A export permease/ATP-binding protein MsbA  37.06 
 
 
588 aa  398  1e-109  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38 
 
 
582 aa  396  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38 
 
 
582 aa  396  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1201  ABC transporter related protein  36.82 
 
 
594 aa  398  1e-109  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38 
 
 
582 aa  396  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0439  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  36.72 
 
 
586 aa  393  1e-108  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.214785  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3398  ABC transporter related  39.47 
 
 
598 aa  392  1e-108  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273417  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1782  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.91 
 
 
588 aa  394  1e-108  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0154  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  41.41 
 
 
585 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0511  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.72 
 
 
586 aa  393  1e-108  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2388  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.31 
 
 
600 aa  393  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.496768  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2584  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.89 
 
 
600 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.544743  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  40.35 
 
 
601 aa  391  1e-107  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1255  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.48 
 
 
597 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.261223  normal  0.738985 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0496  ABC transporter ATP-binding/permease  36.55 
 
 
586 aa  391  1e-107  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.384636  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0435  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  36.55 
 
 
586 aa  391  1e-107  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.290198  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1783  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.22 
 
 
588 aa  389  1e-107  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0444  ABC transporter related  36.21 
 
 
586 aa  390  1e-107  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0584  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.55 
 
 
586 aa  389  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0475  ABC transporter related  39.65 
 
 
584 aa  392  1e-107  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00181463  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0528  ABC transporter permease/ATP-binding protein  36.55 
 
 
586 aa  391  1e-107  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.249641  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2077  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.97 
 
 
597 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0851764  normal  0.0377374 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000242  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease component  38.48 
 
 
586 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2422  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.66 
 
 
601 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2492  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.66 
 
 
601 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677361  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.54 
 
 
582 aa  387  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2802  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  36.32 
 
 
601 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1912  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.44 
 
 
574 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0734969  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0823  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.44 
 
 
596 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.24 
 
 
574 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0532  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  35.69 
 
 
586 aa  388  1e-106  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.117534  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.54 
 
 
582 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0985  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.55 
 
 
596 aa  386  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.426098  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0328  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.44 
 
 
575 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.54 
 
 
582 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1207  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.44 
 
 
574 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3290  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  38.85 
 
 
597 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.54 
 
 
582 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.54 
 
 
582 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1198  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.44 
 
 
575 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>