More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3415 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  62.74 
 
 
571 aa  759    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  100 
 
 
580 aa  1188    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  71.93 
 
 
572 aa  863    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  62.28 
 
 
589 aa  718    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  94.47 
 
 
580 aa  1097    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  63.2 
 
 
571 aa  742    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  60.81 
 
 
582 aa  714    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  53.16 
 
 
579 aa  632  1e-180  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  46.58 
 
 
577 aa  530  1e-149  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  45.01 
 
 
585 aa  519  1e-146  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  44.33 
 
 
602 aa  519  1e-146  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  43.26 
 
 
600 aa  485  1e-135  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  42.56 
 
 
618 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  41.25 
 
 
611 aa  457  1e-127  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  40.77 
 
 
611 aa  452  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  43.23 
 
 
601 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  41.11 
 
 
588 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  41.12 
 
 
583 aa  453  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  40.77 
 
 
611 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  40.6 
 
 
611 aa  450  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1395  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.28 
 
 
610 aa  439  9.999999999999999e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.507365  hitchhiker  0.000128889 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  39.15 
 
 
572 aa  434  1e-120  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40 
 
 
579 aa  431  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.96 
 
 
586 aa  432  1e-119  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  43.6 
 
 
556 aa  429  1e-119  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1741  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.31 
 
 
590 aa  427  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3781  ABC transporter, ATPase subunit  39.13 
 
 
626 aa  426  1e-118  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.411009 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  39.43 
 
 
627 aa  421  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.05 
 
 
587 aa  422  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.98 
 
 
579 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0672  ABC transporter related  39.24 
 
 
578 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0591  ABC transporter-related protein  38.48 
 
 
566 aa  414  1e-114  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  41.77 
 
 
596 aa  411  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2125  lipid ABC transporter, ATP-binding/permease protein MsbA  36.81 
 
 
602 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0153506  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0152  ABC transporter related  42.39 
 
 
613 aa  410  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.273872  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  39.24 
 
 
598 aa  411  1e-113  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0316  ABC transporter related  43.98 
 
 
607 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.291924 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0684  ABC transporter related  39.79 
 
 
598 aa  409  1.0000000000000001e-112  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000210902  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1062  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.32 
 
 
598 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0117  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.73 
 
 
574 aa  408  1.0000000000000001e-112  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0506  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  37.04 
 
 
612 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.740474 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06023  ABC efflux transporter permease/ATP-binding protein  38.88 
 
 
586 aa  402  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.05 
 
 
597 aa  404  1e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2998  ABC transporter related protein  38.29 
 
 
575 aa  403  1e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000215819  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  40.63 
 
 
579 aa  405  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.27 
 
 
581 aa  404  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  39.9 
 
 
595 aa  405  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0629  ABC transporter, ATP-binding protein/permease MsbA, putative  38.91 
 
 
587 aa  399  9.999999999999999e-111  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  37.76 
 
 
592 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.46 
 
 
592 aa  402  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  35.9 
 
 
593 aa  399  9.999999999999999e-111  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.5 
 
 
574 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1316  lipid/multidrug ABC transporter MsbA ATPase and inner membrane domains  37.87 
 
 
595 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.266622  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.1 
 
 
589 aa  401  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2388  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.39 
 
 
600 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.496768  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.5 
 
 
574 aa  402  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0583  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  37 
 
 
586 aa  395  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2717  ABC transporter related  40.17 
 
 
608 aa  395  1e-109  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2497  ABC transporter related  38.83 
 
 
614 aa  397  1e-109  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2826  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  36.53 
 
 
604 aa  398  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.070781 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0444  ABC transporter related  37.35 
 
 
586 aa  397  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1055  ABC transporter related protein  37.72 
 
 
571 aa  396  1e-109  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  39.29 
 
 
609 aa  396  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.98 
 
 
587 aa  398  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.65 
 
 
582 aa  398  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0971  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.76 
 
 
594 aa  398  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  39.2 
 
 
595 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2584  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.29 
 
 
600 aa  398  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.544743  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2077  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.34 
 
 
597 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0851764  normal  0.0377374 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1255  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.86 
 
 
597 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.261223  normal  0.738985 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0285  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  38.59 
 
 
601 aa  392  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.451102  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  39.11 
 
 
609 aa  394  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1683  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.99 
 
 
602 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0435  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  36.65 
 
 
586 aa  393  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.290198  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1705  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.99 
 
 
602 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.433379  normal  0.881057 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0154  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  42.42 
 
 
585 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2674  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.99 
 
 
602 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0832532  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1668  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.99 
 
 
602 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.89 
 
 
583 aa  395  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.121229  normal  0.848171 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0757  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.14 
 
 
594 aa  395  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00726386  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.11 
 
 
591 aa  394  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3501  ABC transporter related  37.11 
 
 
575 aa  393  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000242  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease component  38.54 
 
 
586 aa  395  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2422  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.06 
 
 
601 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2492  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.06 
 
 
601 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677361  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  39.23 
 
 
601 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0439  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  36.82 
 
 
586 aa  391  1e-107  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.214785  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1557  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.12 
 
 
602 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  40.17 
 
 
601 aa  389  1e-107  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  39.53 
 
 
601 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.48 
 
 
582 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.48 
 
 
582 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0528  ABC transporter permease/ATP-binding protein  36.65 
 
 
586 aa  389  1e-107  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.249641  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0082  ATPase  38.18 
 
 
582 aa  391  1e-107  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4793  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.3 
 
 
586 aa  390  1e-107  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.646278  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0511  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.82 
 
 
586 aa  391  1e-107  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.3 
 
 
582 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1819  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.04 
 
 
604 aa  391  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.372613  normal  0.63467 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.71 
 
 
587 aa  392  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.65 
 
 
582 aa  392  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>