More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2616 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  100 
 
 
577 aa  1178    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  54.48 
 
 
585 aa  635    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  45.18 
 
 
572 aa  526  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  46.53 
 
 
618 aa  525  1e-147  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  45.67 
 
 
602 aa  520  1e-146  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  46.58 
 
 
601 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  46.58 
 
 
580 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  44.97 
 
 
611 aa  512  1e-144  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  45.49 
 
 
580 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  43.34 
 
 
600 aa  504  1e-141  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  42.26 
 
 
579 aa  499  1e-140  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  43.31 
 
 
571 aa  497  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  43.59 
 
 
571 aa  498  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  43.49 
 
 
582 aa  496  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  43.55 
 
 
611 aa  488  1e-137  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  43.89 
 
 
611 aa  491  1e-137  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  44.5 
 
 
589 aa  488  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  43.65 
 
 
611 aa  485  1e-136  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  42.09 
 
 
583 aa  483  1e-135  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  43.11 
 
 
588 aa  478  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  43.03 
 
 
587 aa  463  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  41.17 
 
 
572 aa  450  1e-125  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  43.06 
 
 
605 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.17 
 
 
586 aa  440  9.999999999999999e-123  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0117  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.77 
 
 
574 aa  438  1e-121  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.24 
 
 
597 aa  437  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  40.14 
 
 
582 aa  435  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  40.14 
 
 
582 aa  435  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.66 
 
 
582 aa  432  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  40.14 
 
 
582 aa  435  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.99 
 
 
582 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.66 
 
 
579 aa  429  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003987  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.75 
 
 
582 aa  431  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.22 
 
 
582 aa  429  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.99 
 
 
582 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.99 
 
 
582 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.99 
 
 
582 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.99 
 
 
582 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.183717 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  38.93 
 
 
582 aa  428  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.93 
 
 
582 aa  428  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.93 
 
 
582 aa  428  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0964  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  43.46 
 
 
601 aa  426  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.519828  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.93 
 
 
582 aa  428  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.93 
 
 
582 aa  428  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.93 
 
 
582 aa  428  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.93 
 
 
582 aa  428  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  38.93 
 
 
582 aa  428  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.93 
 
 
582 aa  428  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0475  ABC transporter related  39.93 
 
 
584 aa  428  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00181463  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.79 
 
 
582 aa  426  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.97 
 
 
582 aa  427  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1769  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.66 
 
 
597 aa  422  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.631617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  40.31 
 
 
582 aa  419  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0684  ABC transporter related  39.82 
 
 
598 aa  421  1e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000210902  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  42.09 
 
 
579 aa  419  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  40.34 
 
 
582 aa  420  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0672  ABC transporter related  40.03 
 
 
578 aa  421  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01535  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.65 
 
 
583 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  38.14 
 
 
593 aa  416  9.999999999999999e-116  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  39.24 
 
 
627 aa  418  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1770  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.83 
 
 
607 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0549134  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.25 
 
 
583 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  38.93 
 
 
598 aa  414  1e-114  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  41.52 
 
 
556 aa  414  1e-114  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0082  ATPase  38.99 
 
 
582 aa  414  1e-114  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.06 
 
 
579 aa  412  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3474  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.48 
 
 
596 aa  415  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3501  ABC transporter related  43 
 
 
575 aa  411  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0583  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  37.15 
 
 
586 aa  410  1e-113  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0544  ABC transporter related  36.43 
 
 
587 aa  409  1e-113  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0154  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.99 
 
 
585 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2077  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.51 
 
 
597 aa  411  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0851764  normal  0.0377374 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0444  ABC transporter related  36.81 
 
 
586 aa  412  1e-113  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1055  ABC transporter related protein  38.49 
 
 
571 aa  411  1e-113  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0594  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  41.22 
 
 
613 aa  412  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0825  ABC transporter related  38.07 
 
 
575 aa  411  1e-113  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4793  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.46 
 
 
586 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.646278  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0496  ABC transporter ATP-binding/permease  36.63 
 
 
586 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.384636  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0439  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  36.81 
 
 
586 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.214785  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0435  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  36.63 
 
 
586 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.290198  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1255  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.59 
 
 
597 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.261223  normal  0.738985 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0528  ABC transporter permease/ATP-binding protein  36.63 
 
 
586 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.249641  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0532  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.46 
 
 
586 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.117534  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0511  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.81 
 
 
586 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.4 
 
 
581 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  39.22 
 
 
596 aa  407  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  37.57 
 
 
597 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.82 
 
 
587 aa  408  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66080  transport protein MsbA  39.51 
 
 
603 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2584  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.82 
 
 
600 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.544743  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.45 
 
 
592 aa  404  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5732  transport protein MsbA  38.82 
 
 
603 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1495  ABC transporter-like protein protein  38.82 
 
 
578 aa  403  1e-111  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.155275  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2826  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  37.52 
 
 
604 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.070781 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0584  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.63 
 
 
586 aa  404  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2226  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  41.21 
 
 
593 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472493  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4572  ABC transporter, transmembrane region  42.69 
 
 
546 aa  404  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  37.08 
 
 
609 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0921  phospholipid-lipopolysaccharide ABC transporter  37.68 
 
 
596 aa  404  1e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.72 
 
 
589 aa  404  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>