More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5011 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  57.29 
 
 		 609 aa  702    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  57.46 
 
 		 609 aa  702    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  82.8 
 
 		 601 aa  1013    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  74.32 
 
 		 595 aa  909    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  58.22 
 
 		 591 aa  692    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3593  ABC transporter related  58.64 
 
 		 624 aa  688    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413499  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  100 
 
 		 601 aa  1211    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  72.74 
 
 		 596 aa  892    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  74.32 
 
 		 595 aa  909    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1426  ABC transporter related  46.15 
 
 		 600 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.484971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4514  ABC transporter related  43.74 
 
 		 600 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.350646  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1292  ABC transporter related  45.8 
 
 		 601 aa  488  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5675  ABC transporter permease/ATP-binding protein  44.83 
 
 		 601 aa  482  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400511  normal  0.191323 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1064  ABC transporter, transmembrane region  44.04 
 
 		 602 aa  478  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.415501  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1596  ABC transporter related  44.04 
 
 		 600 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0640452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1608  ABC transporter related  44.91 
 
 		 600 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4230  ABC transporter related  44.72 
 
 		 621 aa  468  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1342  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  40.2 
 
 		 588 aa  458  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3848  ABC transporter related  40 
 
 		 585 aa  417  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135668  normal  0.677159 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  40.42 
 
 		 605 aa  390  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  37.39 
 
 		 571 aa  386  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  37.96 
 
 		 582 aa  385  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  38.95 
 
 		 579 aa  384  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  37.39 
 
 		 627 aa  379  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.95 
 
 		 585 aa  380  1e-104  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.53 
 
 		 580 aa  375  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.06 
 
 		 577 aa  379  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.22 
 
 		 580 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.43 
 
 		 600 aa  372  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.5 
 
 		 572 aa  370  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  38.79 
 
 		 601 aa  372  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  41.28 
 
 		 611 aa  365  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  39.63 
 
 		 611 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  39.29 
 
 		 611 aa  364  2e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  38.79 
 
 		 611 aa  364  3e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  37.14 
 
 		 571 aa  364  3e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  36.59 
 
 		 589 aa  362  8e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  41.59 
 
 		 598 aa  362  1e-98  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  41.7 
 
 		 579 aa  361  2e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.55 
 
 		 602 aa  359  9e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  38.38 
 
 		 618 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.92 
 
 		 583 aa  358  1.9999999999999998e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  36.2 
 
 		 588 aa  354  2.9999999999999997e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4538  ABC transporter related  39.62 
 
 		 596 aa  353  7e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.232749 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2998  ABC transporter related protein  36.59 
 
 		 575 aa  352  1e-95  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000215819  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.18 
 
 		 582 aa  350  3e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  34.56 
 
 		 593 aa  350  4e-95  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  37.45 
 
 		 597 aa  350  5e-95  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.54 
 
 		 582 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.54 
 
 		 582 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.54 
 
 		 582 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.54 
 
 		 582 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.54 
 
 		 582 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1520  ABC transporter related  36.79 
 
 		 597 aa  346  5e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.887648  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  35.06 
 
 		 582 aa  346  8e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.06 
 
 		 582 aa  346  8e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.06 
 
 		 582 aa  346  8e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.06 
 
 		 582 aa  346  8e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.06 
 
 		 582 aa  346  8e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  35.06 
 
 		 582 aa  346  8e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.06 
 
 		 582 aa  346  8e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.06 
 
 		 582 aa  346  8e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.06 
 
 		 582 aa  346  8e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1920  ABC transporter related  39.06 
 
 		 578 aa  344  2e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.22 
 
 		 587 aa  344  2e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1954  ABC transporter related  39.06 
 
 		 578 aa  344  2e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.86 
 
 		 582 aa  343  5e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2471  ABC transporter related protein  38.52 
 
 		 600 aa  342  1e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3627  ABC transporter related  37.24 
 
 		 617 aa  341  2e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01535  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.33 
 
 		 583 aa  339  9e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  35.52 
 
 		 556 aa  338  1.9999999999999998e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.02 
 
 		 582 aa  337  5e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.02 
 
 		 582 aa  337  5e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.02 
 
 		 582 aa  337  5e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0730  ABC transporter related  36.63 
 
 		 579 aa  336  7e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264899  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.99 
 
 		 582 aa  336  7.999999999999999e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1403  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  37.22 
 
 		 578 aa  335  1e-90  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.7 
 
 		 579 aa  335  1e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0637  ABC transporter related  39.26 
 
 		 588 aa  335  2e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003987  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.27 
 
 		 582 aa  333  4e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.15 
 
 		 582 aa  333  5e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6513  ABC transporter related protein  36.47 
 
 		 613 aa  331  2e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0825  ABC transporter related  36.76 
 
 		 575 aa  331  3e-89  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0964  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.59 
 
 		 601 aa  331  3e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.519828  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  39.96 
 
 		 601 aa  330  4e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1769  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.21 
 
 		 597 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.631617  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  34.75 
 
 		 592 aa  330  6e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.59 
 
 		 582 aa  329  7e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0506  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  35.84 
 
 		 612 aa  329  8e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.740474 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3398  ABC transporter related  39.69 
 
 		 598 aa  329  8e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.81 
 
 		 582 aa  328  2.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2125  lipid ABC transporter, ATP-binding/permease protein MsbA  33.68 
 
 		 602 aa  327  3e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0153506  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20180  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  34.98 
 
 		 634 aa  327  3e-88  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28848 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1770  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.36 
 
 		 607 aa  328  3e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0549134  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.22 
 
 		 574 aa  326  7e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.22 
 
 		 574 aa  326  9e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0387  lipid A ABC transporter, ATP-binding/permease protein  37.38 
 
 		 586 aa  325  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0544  ABC transporter related  33.15 
 
 		 587 aa  325  1e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0588  ABC transporter related  38.37 
 
 		 579 aa  324  3e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119991  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3501  ABC transporter related  36.38 
 
 		 575 aa  324  3e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>