More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1608 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1064  ABC transporter, transmembrane region  81.88 
 
 		 602 aa  964    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.415501  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1596  ABC transporter related  93.83 
 
 		 600 aa  1091    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0640452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1426  ABC transporter related  82.86 
 
 		 600 aa  1005    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.484971 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1608  ABC transporter related  100 
 
 		 600 aa  1214    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1292  ABC transporter related  81.12 
 
 		 601 aa  948    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4514  ABC transporter related  87.6 
 
 		 600 aa  1057    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.350646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5675  ABC transporter permease/ATP-binding protein  77.03 
 
 		 601 aa  914    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400511  normal  0.191323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4230  ABC transporter related  49.13 
 
 		 621 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  45.39 
 
 		 595 aa  519  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  44.31 
 
 		 601 aa  518  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  44.87 
 
 		 595 aa  512  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  44.21 
 
 		 596 aa  509  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  43.4 
 
 		 609 aa  496  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  42.98 
 
 		 609 aa  492  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  43.08 
 
 		 591 aa  489  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  44.91 
 
 		 601 aa  492  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3593  ABC transporter related  43.33 
 
 		 624 aa  485  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413499  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1342  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  43.52 
 
 		 588 aa  462  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3848  ABC transporter related  39.54 
 
 		 585 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135668  normal  0.677159 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.89 
 
 		 577 aa  385  1e-105  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.92 
 
 		 600 aa  382  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  37.92 
 
 		 605 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  36.81 
 
 		 618 aa  371  1e-101  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.28 
 
 		 585 aa  370  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.85 
 
 		 602 aa  357  2.9999999999999997e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  33.87 
 
 		 571 aa  353  4e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  37.59 
 
 		 627 aa  353  5.9999999999999994e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  34.06 
 
 		 588 aa  352  1e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.02 
 
 		 580 aa  350  6e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  36.23 
 
 		 582 aa  350  6e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  39.54 
 
 		 611 aa  349  7e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  35.3 
 
 		 589 aa  349  7e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  38.23 
 
 		 611 aa  348  1e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  39.16 
 
 		 611 aa  347  3e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.7 
 
 		 572 aa  347  3e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0637  ABC transporter related  38.47 
 
 		 588 aa  346  6e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.69 
 
 		 587 aa  344  2.9999999999999997e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4538  ABC transporter related  38.05 
 
 		 596 aa  343  5.999999999999999e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.232749 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  36.78 
 
 		 611 aa  342  1e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  35.44 
 
 		 556 aa  342  1e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  34.84 
 
 		 579 aa  341  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0588  ABC transporter related  39.02 
 
 		 579 aa  335  1e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119991  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  34.85 
 
 		 601 aa  334  2e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.67 
 
 		 580 aa  334  3e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.84 
 
 		 583 aa  333  4e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  33.16 
 
 		 597 aa  333  4e-90  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  33.22 
 
 		 593 aa  332  1e-89  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5589  ABC transporter related  39.96 
 
 		 586 aa  331  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0394  ABC transporter related  35.65 
 
 		 610 aa  330  6e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.156666 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  35.1 
 
 		 572 aa  328  1.0000000000000001e-88  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.19 
 
 		 587 aa  329  1.0000000000000001e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  33.74 
 
 		 571 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1630  ABC transporter related  36 
 
 		 608 aa  328  2.0000000000000001e-88  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.18 
 
 		 581 aa  325  1e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  39.29 
 
 		 579 aa  325  2e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0152  ABC transporter related  36.26 
 
 		 613 aa  323  6e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.273872  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11248  ABC transporter, ATP-binding protein  34.77 
 
 		 566 aa  322  9.000000000000001e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.38 
 
 		 582 aa  320  6e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2717  ABC transporter related  34.8 
 
 		 608 aa  319  7e-86  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.04 
 
 		 587 aa  319  7.999999999999999e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2497  ABC transporter related  35.07 
 
 		 614 aa  319  9e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.87 
 
 		 597 aa  318  2e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0730  ABC transporter related  35.32 
 
 		 579 aa  318  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264899  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.76 
 
 		 582 aa  318  3e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6513  ABC transporter related protein  39.57 
 
 		 613 aa  317  4e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0387  lipid A ABC transporter, ATP-binding/permease protein  36.63 
 
 		 586 aa  316  7e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0506  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  37.43 
 
 		 612 aa  316  7e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.740474 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  37.93 
 
 		 598 aa  314  2.9999999999999996e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1889  ABC transporter related  35.26 
 
 		 590 aa  314  3.9999999999999997e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.19709  normal  0.932579 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0316  ABC transporter related  34.67 
 
 		 607 aa  314  3.9999999999999997e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.291924 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0246  ABC lipid efflux transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  35.26 
 
 		 590 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2471  ABC transporter related protein  34.82 
 
 		 600 aa  313  6.999999999999999e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.03 
 
 		 582 aa  312  1e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2874  ABC transporter related  38.12 
 
 		 597 aa  312  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.57438  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  34.53 
 
 		 592 aa  311  2e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3100  ABC transporter related  38.12 
 
 		 597 aa  311  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.87066  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.69 
 
 		 583 aa  311  2e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2019  ABC transporter related  35.34 
 
 		 590 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.990408 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.62 
 
 		 605 aa  311  2e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1080  ABC transporter related  35.96 
 
 		 601 aa  311  2.9999999999999997e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00169898 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0475  ABC transporter related  35.18 
 
 		 584 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00181463  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0154  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.93 
 
 		 585 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3398  ABC transporter related  38.51 
 
 		 598 aa  308  1.0000000000000001e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2388  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.29 
 
 		 600 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.496768  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2996  ABC transporter related  38.12 
 
 		 596 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.637483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.81 
 
 		 574 aa  307  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.81 
 
 		 574 aa  307  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2618  ABC transporter related  33.16 
 
 		 617 aa  306  5.0000000000000004e-82  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000100526  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1519  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.4 
 
 		 581 aa  306  7e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1055  ABC transporter related protein  32.21 
 
 		 571 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.58 
 
 		 589 aa  305  1.0000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2763  transport ATP-binding protein msbA  37.32 
 
 		 590 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.714351  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0583  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  33.39 
 
 		 586 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2350  ABC transporter related protein  32.97 
 
 		 620 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0629  ABC transporter, ATP-binding protein/permease MsbA, putative  32.86 
 
 		 587 aa  305  2.0000000000000002e-81  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1984  ABC transporter related  35.22 
 
 		 619 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.434554  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0439  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  33.39 
 
 		 586 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.214785  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0511  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  33.39 
 
 		 586 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0806  ABC transporter related  33.59 
 
 		 666 aa  303  5.000000000000001e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0115  ABC transporter related  33.27 
 
 		 609 aa  303  5.000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>