More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0238 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  57.34 
 
 		 609 aa  694    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  72.74 
 
 		 601 aa  879    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  57.19 
 
 		 591 aa  691    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  100 
 
 		 596 aa  1215    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  75.25 
 
 		 601 aa  926    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3593  ABC transporter related  57.02 
 
 		 624 aa  690    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413499  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  75.51 
 
 		 595 aa  924    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  74.66 
 
 		 595 aa  914    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  57.29 
 
 		 609 aa  697    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1426  ABC transporter related  44.75 
 
 		 600 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.484971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4514  ABC transporter related  43.23 
 
 		 600 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.350646  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1292  ABC transporter related  44.85 
 
 		 601 aa  488  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4230  ABC transporter related  44.25 
 
 		 621 aa  484  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1064  ABC transporter, transmembrane region  43.01 
 
 		 602 aa  482  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.415501  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1596  ABC transporter related  43.35 
 
 		 600 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0640452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1608  ABC transporter related  44.21 
 
 		 600 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5675  ABC transporter permease/ATP-binding protein  44.6 
 
 		 601 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400511  normal  0.191323 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1342  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  41.23 
 
 		 588 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3848  ABC transporter related  40.24 
 
 		 585 aa  427  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135668  normal  0.677159 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.22 
 
 		 577 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.61 
 
 		 585 aa  405  1e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  40.7 
 
 		 627 aa  405  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  41.77 
 
 		 580 aa  393  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.18 
 
 		 600 aa  394  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  38.27 
 
 		 582 aa  391  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.12 
 
 		 572 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  40 
 
 		 605 aa  388  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  40.58 
 
 		 579 aa  385  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  41.4 
 
 		 580 aa  380  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  39.58 
 
 		 579 aa  380  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4538  ABC transporter related  41.07 
 
 		 596 aa  376  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.232749 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  39.86 
 
 		 611 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  39.69 
 
 		 611 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  36.96 
 
 		 589 aa  374  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  37.56 
 
 		 601 aa  374  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  36.3 
 
 		 618 aa  372  1e-101  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  39.25 
 
 		 611 aa  372  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.83 
 
 		 587 aa  366  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  39.01 
 
 		 611 aa  365  1e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  38.52 
 
 		 571 aa  364  2e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.78 
 
 		 602 aa  365  2e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01535  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.75 
 
 		 583 aa  361  2e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003987  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.51 
 
 		 582 aa  358  9.999999999999999e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  39.84 
 
 		 598 aa  357  5e-97  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.86 
 
 		 582 aa  356  7.999999999999999e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.91 
 
 		 582 aa  355  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.91 
 
 		 582 aa  355  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.91 
 
 		 582 aa  355  2e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  38.06 
 
 		 571 aa  353  4e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  36.38 
 
 		 588 aa  353  5.9999999999999994e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  36.02 
 
 		 582 aa  353  7e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.02 
 
 		 582 aa  353  7e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  36.02 
 
 		 582 aa  353  7e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.02 
 
 		 582 aa  353  7e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.02 
 
 		 582 aa  353  7e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.02 
 
 		 582 aa  353  7e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.02 
 
 		 582 aa  353  7e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.02 
 
 		 582 aa  353  7e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.02 
 
 		 582 aa  353  7e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.83 
 
 		 582 aa  352  1e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  36.91 
 
 		 556 aa  351  2e-95  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.42 
 
 		 582 aa  348  1e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1769  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.83 
 
 		 597 aa  348  1e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.631617  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.84 
 
 		 582 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.84 
 
 		 582 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.84 
 
 		 582 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.84 
 
 		 582 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.84 
 
 		 582 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.94 
 
 		 583 aa  347  3e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1520  ABC transporter related  38.46 
 
 		 597 aa  346  6e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.887648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.65 
 
 		 582 aa  346  7e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0387  lipid A ABC transporter, ATP-binding/permease protein  37.88 
 
 		 586 aa  345  2e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.12 
 
 		 582 aa  344  2.9999999999999997e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6513  ABC transporter related protein  37.55 
 
 		 613 aa  343  4e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330093  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  34.22 
 
 		 592 aa  342  1e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.16 
 
 		 582 aa  340  5e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.33 
 
 		 579 aa  340  5e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3398  ABC transporter related  39.5 
 
 		 598 aa  339  8e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.63 
 
 		 574 aa  339  9e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.63 
 
 		 574 aa  339  9e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0117  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.56 
 
 		 574 aa  338  9.999999999999999e-92  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2125  lipid ABC transporter, ATP-binding/permease protein MsbA  33.61 
 
 		 602 aa  338  1.9999999999999998e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0153506  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  33.81 
 
 		 586 aa  338  1.9999999999999998e-91  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  34.45 
 
 		 593 aa  337  3.9999999999999995e-91  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.7 
 
 		 579 aa  336  7.999999999999999e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  35.2 
 
 		 597 aa  336  7.999999999999999e-91  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3627  ABC transporter related  35.06 
 
 		 617 aa  336  7.999999999999999e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1403  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  35.73 
 
 		 578 aa  334  3e-90  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1216  ABC transporter related  39.28 
 
 		 597 aa  334  3e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1954  ABC transporter related  36.12 
 
 		 578 aa  334  3e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1920  ABC transporter related  36.12 
 
 		 578 aa  334  3e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0637  ABC transporter related  39.17 
 
 		 588 aa  334  3e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.3 
 
 		 581 aa  333  4e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0757  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  35.48 
 
 		 594 aa  333  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00726386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2826  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  33.04 
 
 		 604 aa  333  5e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.070781 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0152  ABC transporter related  37.14 
 
 		 613 aa  332  1e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.273872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0186  ABC transporter related protein  38.37 
 
 		 623 aa  330  3e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.437337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0394  ABC transporter related  36.31 
 
 		 610 aa  331  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.156666 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0544  ABC transporter related  32.14 
 
 		 587 aa  329  8e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0825  ABC transporter related  35.94 
 
 		 575 aa  329  8e-89  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>