More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1118 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2376  dihydroorotase  80.63 
 
 		 444 aa  747    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4672  dihydroorotase  72.4 
 
 		 445 aa  647    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.214309  normal  0.620217 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0661  dihydroorotase  70.36 
 
 		 444 aa  651    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.388126  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0668  dihydroorotase  70.59 
 
 		 444 aa  652    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4820  dihydroorotase  71.72 
 
 		 446 aa  642    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.475472 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2703  dihydroorotase  82.35 
 
 		 442 aa  765    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0353543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1118  dihydroorotase  100 
 
 		 444 aa  905    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.206041 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4330  dihydroorotase  87.1 
 
 		 444 aa  798    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.436145 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1239  dihydroorotase  94.58 
 
 		 444 aa  865    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.851425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4018  dihydroorotase  84.01 
 
 		 464 aa  777    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1415  dihydroorotase  71.4 
 
 		 446 aa  657    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1753  dihydroorotase  73.3 
 
 		 446 aa  659    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2621  dihydroorotase  68.55 
 
 		 444 aa  643    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1099  dihydroorotase  70.59 
 
 		 442 aa  645    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1257  dihydroorotase  94.59 
 
 		 444 aa  865    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.106304  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0692  dihydroorotase  71.49 
 
 		 446 aa  644    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107823  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4303  dihydroorotase  72.17 
 
 		 445 aa  634  1e-180  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.661372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0480  dihydroorotase  66.52 
 
 		 441 aa  633  1e-180  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0713  dihydroorotase  69.48 
 
 		 440 aa  623  1e-177  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.777934 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0814  dihydroorotase  66.52 
 
 		 445 aa  614  1e-175  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000170879 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0750  dihydroorotase  61.76 
 
 		 445 aa  585  1e-166  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4357  dihydroorotase  62.22 
 
 		 444 aa  556  1e-157  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.655368 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2737  dihydroorotase  61.84 
 
 		 441 aa  552  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.634212  normal  0.0434107 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2936  dihydroorotase  60.36 
 
 		 453 aa  531  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1103  dihydroorotase  60.05 
 
 		 465 aa  513  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.498208  normal  0.0340852 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3038  dihydroorotase  59.04 
 
 		 456 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0322135  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5328  dihydroorotase  59.04 
 
 		 456 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0320  dihydroorotase  58.81 
 
 		 458 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.971418  normal  0.883655 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4940  dihydroorotase  58.81 
 
 		 456 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536764  normal  0.361909 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3102  dihydroorotase  52.74 
 
 		 439 aa  448  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.544962 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0266  dihydroorotase  49.55 
 
 		 442 aa  434  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5803  dihydroorotase  51.03 
 
 		 439 aa  421  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.356381  normal  0.871974 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4419  dihydroorotase  43.68 
 
 		 437 aa  352  5e-96  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4483  dihydroorotase  43.45 
 
 		 437 aa  350  2e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0939327 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4692  dihydroorotase  42.69 
 
 		 439 aa  342  5e-93  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2177  dihydroorotase  42.02 
 
 		 443 aa  335  7e-91  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.1891 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1180  dihydroorotase  42.43 
 
 		 443 aa  335  1e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.887976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1463  dihydroorotase  42.43 
 
 		 443 aa  335  1e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4426  dihydroorotase  41.22 
 
 		 440 aa  329  7e-89  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0411696  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0120  dihydroorotase  42.44 
 
 		 439 aa  326  5e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0292  dihydroorotase, multifunctional complex type  42.13 
 
 		 442 aa  324  2e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0488  dihydroorotase  40.27 
 
 		 442 aa  323  5e-87  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.04796 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1662  dihydroorotase  39.07 
 
 		 469 aa  312  5.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.953496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1767  dihydroorotase  39.34 
 
 		 453 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686624 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0610  dihydroorotase  38.57 
 
 		 445 aa  289  7e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1007  dihydroorotase  36.59 
 
 		 443 aa  279  8e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240193  normal  0.0965208 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7096  dihydroorotase  33.71 
 
 		 448 aa  277  2e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000589458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0553  dihydroorotase  35.67 
 
 		 446 aa  276  8e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01635  dihydroorotase  38.41 
 
 		 446 aa  275  2.0000000000000002e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3229  dihydroorotase  34.84 
 
 		 444 aa  267  2e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.174621 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5385  amidohydrolase  36.51 
 
 		 445 aa  266  5.999999999999999e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3692  dihydroorotase  34 
 
 		 453 aa  263  4e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.3274 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00361  dihydroorotase  37.05 
 
 		 449 aa  262  8e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0674237  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6343  dihydroorotase  38.06 
 
 		 445 aa  262  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1113  dihydroorotase  39.81 
 
 		 432 aa  256  6e-67  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06413  dihydroorotase  35.13 
 
 		 444 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0919  dihydroorotase  34.53 
 
 		 449 aa  251  2e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.533166 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73070  dihydroorotase  36.49 
 
 		 445 aa  251  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2736  dihydroorotase  35.44 
 
 		 448 aa  248  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.157935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4541  dihydroorotase  34.91 
 
 		 446 aa  247  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0274  dihydroorotase  34.47 
 
 		 449 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0305  dihydroorotase  34.1 
 
 		 449 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5663  dihydroorotase  34.16 
 
 		 445 aa  237  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0757  dihydroorotase  36.02 
 
 		 455 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.405973  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5168  dihydroorotase, multifunctional complex type  34.68 
 
 		 457 aa  233  6e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.642723  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2999  dihydroorotase, multifunctional complex type  34.54 
 
 		 494 aa  229  7e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.680809  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1783  dihydroorotase  34.88 
 
 		 468 aa  228  1e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2663  dihydroorotase, multifunctional complex type  33.41 
 
 		 418 aa  229  1e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1889  dihydroorotase  32.58 
 
 		 444 aa  226  6e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5682  amidohydrolase  34.21 
 
 		 444 aa  223  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.74183  normal  0.205255 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0585  dihydroorotase  32.62 
 
 		 418 aa  223  7e-57  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.331954  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1650  dihydroorotase, multifunctional complex type  30.97 
 
 		 418 aa  216  7e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.549095  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2077  dihydroorotase  36.43 
 
 		 440 aa  215  9.999999999999999e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.133238 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2609  allantoinase  34.37 
 
 		 449 aa  215  9.999999999999999e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0970  dihydroorotase  36.79 
 
 		 488 aa  213  7e-54  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.277492  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0336  dihydroorotase, multifunctional complex type  31.13 
 
 		 420 aa  208  1e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0276673  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1388  allantoinase  34.76 
 
 		 448 aa  208  1e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00418936  normal  0.12526 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1159  dihydroorotase, multifunctional complex type  36.2 
 
 		 431 aa  208  2e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.120119  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1785  allantoinase  34.73 
 
 		 461 aa  207  3e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.827785  normal  0.128382 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2602  amidohydrolase  29.28 
 
 		 405 aa  206  6e-52  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1798  dihydroorotase, multifunctional complex type  33.18 
 
 		 444 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0251  dihydroorotase, multifunctional complex type  29.48 
 
 		 418 aa  203  5e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1448  dihydroorotase, multifunctional complex type  34.45 
 
 		 399 aa  202  9.999999999999999e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3886  phenylhydantoinase  32.98 
 
 		 472 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0212  dihydroorotase  35.97 
 
 		 423 aa  200  5e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4135  phenylhydantoinase  32.76 
 
 		 471 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0045  phenylhydantoinase  32.71 
 
 		 473 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4022  phenylhydantoinase  32.76 
 
 		 471 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3101  allantoinase  32.65 
 
 		 453 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00462  allantoinase  32.65 
 
 		 453 aa  196  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00467  hypothetical protein  32.65 
 
 		 453 aa  196  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0554  allantoinase  32.2 
 
 		 453 aa  196  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3111  allantoinase  32.2 
 
 		 453 aa  196  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.395546 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0548  allantoinase  32.43 
 
 		 453 aa  195  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4100  amidohydrolase  34.9 
 
 		 466 aa  195  1e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.169858 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1111  dihydroorotase, multifunctional complex type  29.34 
 
 		 426 aa  195  2e-48  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0585  allantoinase  31.97 
 
 		 453 aa  194  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0571  allantoinase  32.2 
 
 		 453 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.918572 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0576  allantoinase  32.2 
 
 		 453 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.967927  normal  0.993989 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0569  allantoinase  32.2 
 
 		 453 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>