258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4299 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4299  putative signal transduction protein  100 
 
 		 270 aa  543  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.729715  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1422  putative signal transduction protein  99.26 
 
 		 270 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4389  putative signal transduction protein  97.04 
 
 		 270 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.274124  normal  0.875464 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1062  putative signal transduction protein  92.91 
 
 		 268 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1356  signal transduction protein  63.6 
 
 		 273 aa  348  5e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.867049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3963  hypothetical protein  56.99 
 
 		 273 aa  315  4e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1462  putative signal transduction protein  56.34 
 
 		 278 aa  310  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.439921  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4229  hypothetical protein  55.88 
 
 		 273 aa  307  9e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54490  hypothetical protein  53.24 
 
 		 278 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.684818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4762  hypothetical protein  52.88 
 
 		 278 aa  291  7e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.670951  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2256  putative signal transduction protein  48.03 
 
 		 278 aa  246  3e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.446678  normal  0.441111 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2268  putative signal transduction protein  42.01 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2456  hypothetical protein  37.63 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1050  putative signal transduction protein  35.56 
 
 		 278 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00648352  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03445  putative signal transduction protein  35.11 
 
 		 278 aa  158  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3341  putative signal transduction protein  34.51 
 
 		 280 aa  142  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1061  putative signal transduction protein  30.92 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.580141  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1065  putative signal transduction protein  31.92 
 
 		 279 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1137  putative signal transduction protein  31.92 
 
 		 279 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.779758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3511  putative signal transduction protein  33.2 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3010  putative signal transduction protein  30.08 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.311361  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1069  putative signal transduction protein  31.92 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2694  metal dependent phosphohydrolase  32.19 
 
 		 406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1005  putative signal transduction protein  32.71 
 
 		 280 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1203  hypothetical protein  30.23 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.897132  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2801  putative signal transduction protein  32.31 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3191  putative signal transduction protein  31.66 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1176  putative signal transduction protein  31.66 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3197  putative signal transduction protein  31.66 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2782  putative signal transduction protein  32.02 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1046  hypothetical protein  30.77 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3335  putative signal transduction protein  31.66 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1023  putative signal transduction protein  31.75 
 
 		 280 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1910  metal dependent phosphohydrolase  32.3 
 
 		 283 aa  125  7e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2422  cyclic nucleotide-binding protein  26.94 
 
 		 430 aa  125  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2772  metal dependent phosphohydrolase  29.73 
 
 		 285 aa  122  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.846457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2695  metal dependent phosphohydrolase  28.98 
 
 		 409 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1038  metal dependent phosphohydrolase  30.29 
 
 		 287 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.227118  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1254  hypothetical protein  30.35 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1380  putative signal transduction protein  33.2 
 
 		 270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.983267  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1964  putative signal transduction protein  28.63 
 
 		 413 aa  108  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.594369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2414  cyclic nucleotide-binding protein  31.56 
 
 		 410 aa  105  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172286  hitchhiker  0.00265911 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0484  metal-dependent phosphohydrolase  26.36 
 
 		 282 aa  95.9  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1965  putative signal transduction protein  27.85 
 
 		 399 aa  93.6  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.543809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1683  HDIG  29.59 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3214  metal dependent phosphohydrolase  25.89 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000585577  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2635  metal dependent phosphohydrolase  26.73 
 
 		 283 aa  75.5  0.0000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0294  HD domain-containing protein  24.02 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0824041  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3744  sensor histidine kinase  30.82 
 
 		 718 aa  74.7  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.297445 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1873  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 509 aa  74.3  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3139  histidine kinase  30.82 
 
 		 724 aa  73.9  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2458  putative signal transduction protein  22.4 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.10164  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1149  putative signal transduction protein  28.85 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.506889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2035  hypothetical protein  26.52 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.268391  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2207  putative signal transduction protein  26.87 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00317318  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4422  metal dependent phosphohydrolase  26.44 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3269  putative signal transduction protein  26.24 
 
 		 276 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.174263  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1592  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 		 703 aa  70.5  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0622  putative signal transduction protein  22.83 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4028  metal dependent phosphohydrolase  28.26 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000178316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3899  metal dependent phosphohydrolase  24.6 
 
 		 282 aa  69.3  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0541019  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3011  metal dependent phosphohydrolase  27.75 
 
 		 378 aa  69.3  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3944  metal dependent phosphohydrolase  28.26 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0690  metal dependent phosphohydrolase  27.37 
 
 		 544 aa  69.3  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218536 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2816  metal dependent phosphohydrolase  27.05 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0403  metal dependent phosphohydrolase  26.32 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0643  metal dependent phosphohydrolase  25.36 
 
 		 425 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1197  putative signal transduction protein  26.09 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.408421  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02093  HD domain protein  27.32 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.394256  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0980  putative signal transduction protein  25.5 
 
 		 275 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.297329 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3231  putative signal transduction protein  27.14 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2486  histidine kinase  28.57 
 
 		 716 aa  65.9  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0515  metal dependent phosphohydrolase  23.79 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000329454  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2586  putative signal transduction protein  21.4 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0168081  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1104  metal dependent phosphohydrolase  27.65 
 
 		 371 aa  64.3  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.485217  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2490  metal dependent phosphohydrolase  21.4 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.115948  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3268  metal dependent phosphohydrolase  23.15 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.927802  hitchhiker  0.0000364844 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1367  putative signal transduction protein  21.81 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.276404  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0344  putative signal transduction protein  27.4 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.961814  normal  0.37345 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2511  putative signal transduction protein  25.49 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.118204  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0667  metal dependent phosphohydrolase  30.71 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0639089  normal  0.446665 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2988  putative signal transduction protein  24.49 
 
 		 281 aa  62.4  0.000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0035  metal dependent phosphohydrolase  26.95 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  27.23 
 
 		 512 aa  61.2  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3984  metal dependent phosphohydrolase  26.87 
 
 		 427 aa  60.8  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0651  metal dependent phosphohydrolase  23.5 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0903  putative signal transduction protein  22.77 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00178827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1053  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 519 aa  60.8  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258962 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0532  hypothetical protein  25 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2515  putative signal transduction protein  30 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0100  hypothetical protein  27.51 
 
 		 290 aa  60.1  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254877  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0351  metal dependent phosphohydrolase  26 
 
 		 353 aa  60.1  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.889768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4190  metal dependent phosphohydrolase  24.24 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000885116  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3501  hypothetical protein  29.25 
 
 		 274 aa  59.7  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000151947  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  26.19 
 
 		 517 aa  59.3  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1992  putative signal transduction protein  24.71 
 
 		 287 aa  59.3  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.880925  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0168  metal dependent phosphohydrolase  28.79 
 
 		 407 aa  59.3  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3455  putative signal transduction protein  31.11 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1981  metal dependent phosphohydrolase  26.88 
 
 		 280 aa  58.9  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3720  putative signal transduction protein  26.91 
 
 		 464 aa  58.9  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>