More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3281 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  47.27 
 
 		 724 aa  636    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3281  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 751 aa  1516    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0983086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  46.88 
 
 		 724 aa  635    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1919  choline/carnitine/betaine transporter  70.06 
 
 		 750 aa  998    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4280  choline/carnitine/betaine transporter  46.59 
 
 		 720 aa  618  1e-175  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.692689  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  44.67 
 
 		 677 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  44.67 
 
 		 677 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  44.67 
 
 		 677 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  44.67 
 
 		 677 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  44.67 
 
 		 677 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  45.66 
 
 		 695 aa  603  1.0000000000000001e-171  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  44.67 
 
 		 677 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  44.67 
 
 		 677 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  44.67 
 
 		 677 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22520  choline/carnitine/betaine transport  44.55 
 
 		 748 aa  593  1e-168  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00223968  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  43.05 
 
 		 679 aa  581  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  42.66 
 
 		 677 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  42.58 
 
 		 682 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  42.4 
 
 		 711 aa  568  1e-161  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  42.58 
 
 		 682 aa  569  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1709  choline/carnitine/betaine transporter  44.04 
 
 		 697 aa  537  1e-151  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.227681  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  39.47 
 
 		 684 aa  515  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2603  choline transport protein BetT  39.57 
 
 		 685 aa  510  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.158704 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0223  choline transport protein BetT  38.97 
 
 		 686 aa  508  9.999999999999999e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  39.56 
 
 		 681 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  38.24 
 
 		 681 aa  485  1e-135  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  38.36 
 
 		 664 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  38.2 
 
 		 664 aa  481  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  37.6 
 
 		 666 aa  481  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31680  choline/carnitine/betaine transport  47.14 
 
 		 534 aa  471  1.0000000000000001e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.130775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  38.75 
 
 		 661 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  37.04 
 
 		 653 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  36.78 
 
 		 671 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  38.6 
 
 		 661 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  37.92 
 
 		 657 aa  456  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2299  choline/carnitine/betaine transporter  38.99 
 
 		 659 aa  455  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.944514  normal  0.189875 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  36.84 
 
 		 637 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  35.98 
 
 		 656 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0229  choline/carnitine/betaine transporter  37.1 
 
 		 653 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00896074 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4983  choline/carnitine/betaine transporter  36.91 
 
 		 665 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.684113  normal  0.911624 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0253  choline/carnitine/betaine transporter  36.78 
 
 		 667 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.984352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0244  choline/carnitine/betaine transporter  36.93 
 
 		 667 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.300044  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  36.96 
 
 		 664 aa  431  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  34.53 
 
 		 644 aa  429  1e-119  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  35.29 
 
 		 659 aa  430  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  35.24 
 
 		 667 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  34.38 
 
 		 667 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  35.14 
 
 		 659 aa  427  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  34.87 
 
 		 667 aa  426  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  34.87 
 
 		 667 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  35.72 
 
 		 667 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  34.9 
 
 		 660 aa  422  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  35.72 
 
 		 667 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  34.67 
 
 		 667 aa  421  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  35.58 
 
 		 667 aa  419  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  35.72 
 
 		 667 aa  418  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  33.38 
 
 		 646 aa  414  1e-114  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  34.89 
 
 		 665 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  35.76 
 
 		 661 aa  392  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  34.24 
 
 		 658 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  33.99 
 
 		 658 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  34.28 
 
 		 698 aa  387  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  33.99 
 
 		 658 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  34.51 
 
 		 658 aa  388  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  34.51 
 
 		 658 aa  389  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  33.84 
 
 		 658 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  32.77 
 
 		 668 aa  385  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  34.25 
 
 		 658 aa  385  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  33.13 
 
 		 661 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  32.65 
 
 		 660 aa  379  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  34.51 
 
 		 658 aa  382  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  35.07 
 
 		 676 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  34.76 
 
 		 673 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  31.98 
 
 		 682 aa  374  1e-102  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  35.25 
 
 		 691 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  34.92 
 
 		 676 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  35.22 
 
 		 676 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  35.22 
 
 		 676 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  34.05 
 
 		 682 aa  372  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  33.28 
 
 		 676 aa  372  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  35.26 
 
 		 658 aa  372  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  33.89 
 
 		 687 aa  369  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  31.39 
 
 		 662 aa  366  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  32.26 
 
 		 685 aa  367  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  31.93 
 
 		 682 aa  365  2e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  32.93 
 
 		 676 aa  364  3e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6160  choline transporter BetT  36.79 
 
 		 534 aa  364  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  32.74 
 
 		 673 aa  364  3e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  33.64 
 
 		 716 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  33.64 
 
 		 716 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  33.64 
 
 		 676 aa  356  7.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  33.64 
 
 		 676 aa  356  7.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  33.64 
 
 		 676 aa  356  8.999999999999999e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  33.64 
 
 		 676 aa  356  8.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  33.64 
 
 		 676 aa  356  1e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70980  choline transporter BetT  37.35 
 
 		 516 aa  352  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.92652 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1835  choline/carnitine/betaine transporter  32.2 
 
 		 671 aa  348  1e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.314511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1835  choline/carnitine/betaine transporter  35.91 
 
 		 516 aa  340  5e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.484388 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  33.07 
 
 		 698 aa  338  1.9999999999999998e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  36.82 
 
 		 573 aa  337  7e-91  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>