83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2063 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2063  transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.754064  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4623  transcriptional regulator-like protein  71.53 
 
 		 291 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.2844  decreased coverage  0.00000000441914 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4760  transcriptional regulator  71.18 
 
 		 291 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1370  hypothetical protein  46.98 
 
 		 286 aa  261  1e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1262  hypothetical protein  46.95 
 
 		 287 aa  261  1e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6051  hypothetical protein  73.49 
 
 		 280 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003231  hypothetical protein  46.59 
 
 		 284 aa  255  6e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01687  hypothetical protein  46.59 
 
 		 284 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2478  hypothetical protein  44.41 
 
 		 285 aa  249  4e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.452915  normal  0.259065 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2465  hypothetical protein  43.86 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.107107  normal  0.276307 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0111  hypothetical protein  44.2 
 
 		 326 aa  232  6e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2094  hypothetical protein  42.91 
 
 		 303 aa  229  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100358 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3550  hypothetical protein  38.85 
 
 		 275 aa  207  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.103965 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1284  hypothetical protein  37.59 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218684 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0913  hypothetical protein  38.1 
 
 		 279 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00864  predicted transcriptional regulator i A1501  36.03 
 
 		 278 aa  182  8.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2716  hypothetical protein  37.24 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189563 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1356  hypothetical protein  37.15 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0550  transcriptional regulator  38.14 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0282  hypothetical protein  37.99 
 
 		 283 aa  175  9e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1844  hypothetical protein  35.87 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3737  hypothetical protein  35.02 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1529  hypothetical protein  35.13 
 
 		 295 aa  168  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0455905 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3103  hypothetical protein  36.63 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3042  hypothetical protein  34.64 
 
 		 300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.384395 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2604  hypothetical protein  34.64 
 
 		 300 aa  165  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.668358 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2742  hypothetical protein  34.64 
 
 		 300 aa  165  9e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2091  hypothetical protein  36.88 
 
 		 276 aa  163  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0988  hypothetical protein  34.52 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2085  hypothetical protein  34.63 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.069658 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1239  hypothetical protein  34.15 
 
 		 285 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0679  hypothetical protein  35.4 
 
 		 287 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11701  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0159  hypothetical protein  31.12 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.233345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2987  hypothetical protein  35.4 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.387576  normal  0.124084 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2176  hypothetical protein  33.21 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00706566  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4196  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0195  hypothetical protein  34.93 
 
 		 287 aa  148  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.342058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2196  hypothetical protein  33.57 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000000497244  hitchhiker  0.00000469474 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04050  hypothetical protein  57.85 
 
 		 122 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.280957  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4605  hypothetical protein  30.77 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0289  hypothetical protein  33.47 
 
 		 295 aa  129  7.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6538  hypothetical protein  29.41 
 
 		 268 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4284  hypothetical protein  30.14 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01226  hypothetical protein  30.74 
 
 		 295 aa  118  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.594173  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0419  hypothetical protein  31.85 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3596  hypothetical protein  29.84 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2419  hypothetical protein  30.42 
 
 		 299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.79837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1781  hypothetical protein  30.74 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0660  hypothetical protein  33.07 
 
 		 301 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.125949  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0122  hypothetical protein  25.86 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4208  hypothetical protein  32.17 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2140  hypothetical protein  28.25 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000023466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2014  hypothetical protein  28.57 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3177  hypothetical protein  29.92 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4812  hypothetical protein  26.3 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2674  hypothetical protein  26.64 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00152058  normal  0.0371695 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2028  hypothetical protein  28.18 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000322678  normal  0.839611 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0112  hypothetical protein  30.2 
 
 		 304 aa  94.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6931  hypothetical protein  30.86 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1442  hypothetical protein  27.84 
 
 		 304 aa  92.4  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.37014  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3185  transcriptional regulator-like  30.09 
 
 		 254 aa  85.9  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2190  hypothetical protein  26.02 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.315226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.23 
 
 		 324 aa  56.2  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.25 
 
 		 335 aa  50.8  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.18 
 
 		 327 aa  50.1  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  31.82 
 
 		 351 aa  48.9  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 322 aa  46.6  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.87 
 
 		 226 aa  45.8  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.21 
 
 		 317 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  35.21 
 
 		 317 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.21 
 
 		 317 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.78 
 
 		 319 aa  43.5  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_30  hypothetical protein  32 
 
 		 96 aa  43.1  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  24.38 
 
 		 332 aa  43.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 317 aa  43.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.38 
 
 		 321 aa  43.1  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.43 
 
 		 315 aa  42.7  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.49 
 
 		 230 aa  42.7  0.008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.24 
 
 		 317 aa  42.4  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.21 
 
 		 316 aa  42.4  0.009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.8 
 
 		 317 aa  42.4  0.01  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>