73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4284 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4284  hypothetical protein  100 
 
 		 289 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4605  hypothetical protein  87.11 
 
 		 294 aa  537  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2742  hypothetical protein  56.16 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3042  hypothetical protein  56.16 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.384395 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2604  hypothetical protein  56.16 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.668358 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0988  hypothetical protein  53.87 
 
 		 301 aa  322  4e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4196  transcriptional regulator  40.65 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1356  hypothetical protein  37.24 
 
 		 298 aa  205  6e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1284  hypothetical protein  38.83 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218684 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1844  hypothetical protein  37.87 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2716  hypothetical protein  37.85 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189563 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3737  hypothetical protein  38.18 
 
 		 290 aa  202  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2176  hypothetical protein  38.6 
 
 		 289 aa  199  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00706566  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1239  hypothetical protein  36.86 
 
 		 285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1529  hypothetical protein  36.03 
 
 		 295 aa  192  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0455905 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3103  hypothetical protein  36.47 
 
 		 282 aa  191  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0282  hypothetical protein  35.61 
 
 		 283 aa  186  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2085  hypothetical protein  36.69 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.069658 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0679  hypothetical protein  35.13 
 
 		 287 aa  180  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11701  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0195  hypothetical protein  35.23 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.342058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2987  hypothetical protein  36.3 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.387576  normal  0.124084 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0159  hypothetical protein  33.93 
 
 		 283 aa  170  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.233345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2091  hypothetical protein  33.46 
 
 		 276 aa  154  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2028  hypothetical protein  34.55 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000322678  normal  0.839611 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2478  hypothetical protein  31.65 
 
 		 285 aa  139  7e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.452915  normal  0.259065 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6538  hypothetical protein  30.34 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3550  hypothetical protein  33.69 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.103965 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003231  hypothetical protein  30.22 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2196  hypothetical protein  30.82 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000000497244  hitchhiker  0.00000469474 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1262  hypothetical protein  30.47 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4760  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2063  transcriptional regulator  30.14 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.754064  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1370  hypothetical protein  31.41 
 
 		 286 aa  122  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0419  hypothetical protein  30.55 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2674  hypothetical protein  33.33 
 
 		 290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00152058  normal  0.0371695 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0660  hypothetical protein  31.18 
 
 		 301 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.125949  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4623  transcriptional regulator-like protein  30.1 
 
 		 291 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.2844  decreased coverage  0.00000000441914 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0122  hypothetical protein  29.03 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3596  hypothetical protein  32.55 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1442  hypothetical protein  34.05 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.37014  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1781  hypothetical protein  31.18 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2419  hypothetical protein  32.18 
 
 		 299 aa  116  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.79837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2465  hypothetical protein  29.79 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.107107  normal  0.276307 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2140  hypothetical protein  29.12 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000023466  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0913  hypothetical protein  30.07 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6931  hypothetical protein  33.46 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01226  hypothetical protein  33.21 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.594173  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01687  hypothetical protein  28.01 
 
 		 284 aa  109  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0111  hypothetical protein  29.81 
 
 		 326 aa  108  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2014  hypothetical protein  28.52 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2094  hypothetical protein  29.77 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3177  hypothetical protein  29.17 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00864  predicted transcriptional regulator i A1501  27 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0289  hypothetical protein  30.3 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4208  hypothetical protein  29.23 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0112  hypothetical protein  30.42 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0550  transcriptional regulator  28.22 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3185  transcriptional regulator-like  30.8 
 
 		 254 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2190  hypothetical protein  24.46 
 
 		 297 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.315226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4812  hypothetical protein  24.79 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6051  hypothetical protein  29.73 
 
 		 280 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  30.4 
 
 		 339 aa  52  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  25.89 
 
 		 326 aa  50.1  0.00004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.77 
 
 		 347 aa  48.5  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 		 327 aa  48.1  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  24.26 
 
 		 337 aa  47  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  33.33 
 
 		 229 aa  47  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.35 
 
 		 324 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0615  putative DeoR-family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 334 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0607  putative DeoR-family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 334 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 231 aa  44.3  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0623  DeoR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 335 aa  43.1  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  30.67 
 
 		 336 aa  42.7  0.008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>