70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2140 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2140  hypothetical protein  100 
 
 		 290 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000023466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2674  hypothetical protein  72.22 
 
 		 290 aa  448  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00152058  normal  0.0371695 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2028  hypothetical protein  68.29 
 
 		 290 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000322678  normal  0.839611 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01226  hypothetical protein  48.64 
 
 		 295 aa  277  2e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.594173  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1781  hypothetical protein  46.85 
 
 		 293 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3596  hypothetical protein  44.03 
 
 		 288 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4208  hypothetical protein  41.75 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0660  hypothetical protein  42.96 
 
 		 301 aa  242  7e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.125949  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2419  hypothetical protein  42.91 
 
 		 299 aa  240  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.79837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2014  hypothetical protein  40.7 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6931  hypothetical protein  40.42 
 
 		 313 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1442  hypothetical protein  42.55 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.37014  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3177  hypothetical protein  38.62 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0289  hypothetical protein  40.57 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0112  hypothetical protein  37.46 
 
 		 304 aa  221  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3185  transcriptional regulator-like  36.97 
 
 		 254 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0419  hypothetical protein  34.84 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2604  hypothetical protein  32.95 
 
 		 300 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.668358 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2742  hypothetical protein  32.95 
 
 		 300 aa  128  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3042  hypothetical protein  32.95 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.384395 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2196  hypothetical protein  34.26 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000000497244  hitchhiker  0.00000469474 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0988  hypothetical protein  31.46 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4196  transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3737  hypothetical protein  32.68 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1356  hypothetical protein  31.94 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0282  hypothetical protein  28.79 
 
 		 283 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2716  hypothetical protein  31.94 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189563 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4605  hypothetical protein  29.85 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1844  hypothetical protein  32.7 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1284  hypothetical protein  31.06 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218684 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1529  hypothetical protein  30.9 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0455905 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0550  transcriptional regulator  32.29 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3103  hypothetical protein  30.97 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2176  hypothetical protein  33.71 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00706566  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4284  hypothetical protein  29.12 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1239  hypothetical protein  28.3 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2190  hypothetical protein  29.89 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.315226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0159  hypothetical protein  27.65 
 
 		 283 aa  110  4.0000000000000004e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.233345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2085  hypothetical protein  32.82 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.069658 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2063  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.754064  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6538  hypothetical protein  30.28 
 
 		 268 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0913  hypothetical protein  31.54 
 
 		 279 aa  105  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2987  hypothetical protein  28.41 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.387576  normal  0.124084 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2478  hypothetical protein  28.02 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.452915  normal  0.259065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0195  hypothetical protein  27.73 
 
 		 287 aa  102  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.342058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0122  hypothetical protein  28.03 
 
 		 312 aa  102  7e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0111  hypothetical protein  29.57 
 
 		 326 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2465  hypothetical protein  28.19 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.107107  normal  0.276307 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0679  hypothetical protein  27.07 
 
 		 287 aa  93.2  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11701  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1262  hypothetical protein  27.78 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4760  transcriptional regulator  26.03 
 
 		 291 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003231  hypothetical protein  28.72 
 
 		 284 aa  89.4  7e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1370  hypothetical protein  27.11 
 
 		 286 aa  87.4  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4623  transcriptional regulator-like protein  26.33 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.2844  decreased coverage  0.00000000441914 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00864  predicted transcriptional regulator i A1501  27.56 
 
 		 278 aa  86.7  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2091  hypothetical protein  26.12 
 
 		 276 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3550  hypothetical protein  24.5 
 
 		 275 aa  84.3  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.103965 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2094  hypothetical protein  26.01 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100358 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01687  hypothetical protein  26.67 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4812  hypothetical protein  27.09 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.24 
 
 		 327 aa  48.9  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  24.73 
 
 		 317 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.73 
 
 		 317 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.74 
 
 		 319 aa  46.2  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.73 
 
 		 317 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.32 
 
 		 317 aa  44.3  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.62 
 
 		 339 aa  43.1  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.61 
 
 		 327 aa  43.1  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04050  hypothetical protein  24.79 
 
 		 122 aa  42.7  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.280957  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.12 
 
 		 324 aa  42.4  0.009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>