96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2478 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2478  hypothetical protein  100 
 
 
285 aa  595  1e-169  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.452915  normal  0.259065 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1370  hypothetical protein  46.95 
 
 
286 aa  265  5e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4760  transcriptional regulator  46.1 
 
 
291 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003231  hypothetical protein  46.59 
 
 
284 aa  257  2e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4623  transcriptional regulator-like protein  45.74 
 
 
291 aa  255  7e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.2844  decreased coverage  0.00000000441914 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01687  hypothetical protein  45.07 
 
 
284 aa  254  9e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2063  transcriptional regulator  44.41 
 
 
290 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.754064  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1262  hypothetical protein  41.9 
 
 
287 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0111  hypothetical protein  42.91 
 
 
326 aa  227  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2094  hypothetical protein  41.57 
 
 
303 aa  218  7e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100358 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2465  hypothetical protein  46 
 
 
298 aa  217  1e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.107107  normal  0.276307 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1284  hypothetical protein  37.32 
 
 
301 aa  189  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.218684 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1356  hypothetical protein  35.84 
 
 
298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3550  hypothetical protein  36.59 
 
 
275 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.103965 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2716  hypothetical protein  35.51 
 
 
298 aa  179  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189563 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0988  hypothetical protein  33.81 
 
 
301 aa  165  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1844  hypothetical protein  34.04 
 
 
295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6051  hypothetical protein  50.63 
 
 
280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0913  hypothetical protein  33.95 
 
 
279 aa  163  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1529  hypothetical protein  31.9 
 
 
295 aa  162  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0455905 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00864  predicted transcriptional regulator i A1501  31.11 
 
 
278 aa  162  7e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4196  transcriptional regulator  33.45 
 
 
298 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0282  hypothetical protein  32.27 
 
 
283 aa  160  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0195  hypothetical protein  33.33 
 
 
287 aa  155  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.342058  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2742  hypothetical protein  31.9 
 
 
300 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2604  hypothetical protein  31.9 
 
 
300 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.668358 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3737  hypothetical protein  30.04 
 
 
290 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0159  hypothetical protein  31.43 
 
 
283 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.233345  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1239  hypothetical protein  33.22 
 
 
285 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3042  hypothetical protein  31.54 
 
 
300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.384395 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2176  hypothetical protein  33.72 
 
 
289 aa  152  5e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00706566  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2987  hypothetical protein  32.87 
 
 
294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.387576  normal  0.124084 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0679  hypothetical protein  33.45 
 
 
287 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11701  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0550  transcriptional regulator  31.36 
 
 
292 aa  149  7e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3103  hypothetical protein  30.12 
 
 
282 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2196  hypothetical protein  30.71 
 
 
296 aa  143  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000000497244  hitchhiker  0.00000469474 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2085  hypothetical protein  31.43 
 
 
302 aa  142  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.069658 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2091  hypothetical protein  32.57 
 
 
276 aa  143  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6538  hypothetical protein  32.92 
 
 
268 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4284  hypothetical protein  31.65 
 
 
289 aa  139  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0122  hypothetical protein  31.3 
 
 
312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2014  hypothetical protein  30.86 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4605  hypothetical protein  31.05 
 
 
294 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3596  hypothetical protein  29.7 
 
 
288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0289  hypothetical protein  31.85 
 
 
295 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0660  hypothetical protein  32.85 
 
 
301 aa  125  6e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.125949  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2674  hypothetical protein  32.97 
 
 
290 aa  123  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00152058  normal  0.0371695 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01226  hypothetical protein  28.74 
 
 
295 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.594173  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1781  hypothetical protein  28.52 
 
 
293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2419  hypothetical protein  30.71 
 
 
299 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.79837  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0419  hypothetical protein  28.47 
 
 
294 aa  108  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3177  hypothetical protein  28.95 
 
 
305 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4208  hypothetical protein  28.62 
 
 
302 aa  105  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4812  hypothetical protein  28.41 
 
 
297 aa  105  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2028  hypothetical protein  30.91 
 
 
290 aa  104  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000322678  normal  0.839611 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6931  hypothetical protein  28.22 
 
 
313 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1442  hypothetical protein  26.28 
 
 
304 aa  103  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.37014  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2140  hypothetical protein  28.02 
 
 
290 aa  103  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000023466  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0112  hypothetical protein  28.4 
 
 
304 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3185  transcriptional regulator-like  28.51 
 
 
254 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04050  hypothetical protein  33.33 
 
 
122 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.280957  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2190  hypothetical protein  22.46 
 
 
297 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.315226  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  35.44 
 
 
351 aa  56.6  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.73 
 
 
240 aa  53.9  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_30  hypothetical protein  41.54 
 
 
96 aa  53.1  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  26.29 
 
 
339 aa  53.1  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.88 
 
 
335 aa  52  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  23.04 
 
 
351 aa  50.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.74 
 
 
324 aa  49.7  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  35 
 
 
233 aa  48.5  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.82 
 
 
299 aa  48.5  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.81 
 
 
327 aa  47.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  22.35 
 
 
326 aa  47  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
315 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  38.71 
 
 
324 aa  46.6  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  26.13 
 
 
699 aa  46.2  0.0006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  25.32 
 
 
326 aa  46.2  0.0007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
319 aa  45.8  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
317 aa  46.2  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.46 
 
 
226 aa  45.8  0.0008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 
327 aa  45.8  0.0008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.78 
 
 
324 aa  45.8  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.89 
 
 
324 aa  45.4  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  20.97 
 
 
326 aa  45.4  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.12 
 
 
327 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  28.41 
 
 
360 aa  44.3  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.33 
 
 
313 aa  43.9  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.58 
 
 
337 aa  43.5  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
322 aa  43.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.13 
 
 
318 aa  43.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.89 
 
 
316 aa  43.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5753  putative DeoR-family transcriptional regulator  30.16 
 
 
369 aa  43.1  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.84 
 
 
312 aa  43.1  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.75 
 
 
330 aa  42.7  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.58 
 
 
318 aa  42.7  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  29.58 
 
 
332 aa  42.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>