75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2028 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2028  hypothetical protein  100 
 
 		 290 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000322678  normal  0.839611 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2140  hypothetical protein  68.29 
 
 		 290 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000023466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2674  hypothetical protein  67.96 
 
 		 290 aa  411  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00152058  normal  0.0371695 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01226  hypothetical protein  47.37 
 
 		 295 aa  258  6e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.594173  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0660  hypothetical protein  43.62 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.125949  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3177  hypothetical protein  44.29 
 
 		 305 aa  249  5e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1781  hypothetical protein  45.17 
 
 		 293 aa  245  6e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4208  hypothetical protein  44.41 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3596  hypothetical protein  43.92 
 
 		 288 aa  239  4e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2419  hypothetical protein  42.81 
 
 		 299 aa  238  8e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.79837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2014  hypothetical protein  41.61 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6931  hypothetical protein  42.46 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1442  hypothetical protein  43.01 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.37014  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0112  hypothetical protein  42.91 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0289  hypothetical protein  42.66 
 
 		 295 aa  229  5e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0419  hypothetical protein  35.84 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3185  transcriptional regulator-like  36.86 
 
 		 254 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4284  hypothetical protein  34.55 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4605  hypothetical protein  34.55 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2604  hypothetical protein  35.38 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.668358 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2742  hypothetical protein  35.38 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3042  hypothetical protein  35.02 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.384395 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4196  transcriptional regulator  31.79 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2196  hypothetical protein  33.45 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000000497244  hitchhiker  0.00000469474 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0988  hypothetical protein  31.6 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2085  hypothetical protein  33.68 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.069658 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1844  hypothetical protein  31.8 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3737  hypothetical protein  33.33 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2190  hypothetical protein  31.01 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.315226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2716  hypothetical protein  33.1 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189563 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1529  hypothetical protein  31.19 
 
 		 295 aa  122  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0455905 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1356  hypothetical protein  33.21 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1284  hypothetical protein  32.28 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218684 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2176  hypothetical protein  33.46 
 
 		 289 aa  118  9e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00706566  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1239  hypothetical protein  30.3 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0195  hypothetical protein  31.32 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.342058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2987  hypothetical protein  32.42 
 
 		 294 aa  116  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.387576  normal  0.124084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3103  hypothetical protein  31.01 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0159  hypothetical protein  28.79 
 
 		 283 aa  112  6e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.233345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0679  hypothetical protein  32.02 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11701  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0282  hypothetical protein  29.84 
 
 		 283 aa  106  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0111  hypothetical protein  32.25 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2478  hypothetical protein  30.91 
 
 		 285 aa  104  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.452915  normal  0.259065 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6538  hypothetical protein  30.08 
 
 		 268 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0913  hypothetical protein  32.16 
 
 		 279 aa  99  8e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1370  hypothetical protein  28.21 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1262  hypothetical protein  27.86 
 
 		 287 aa  97.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2063  transcriptional regulator  28.18 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.754064  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003231  hypothetical protein  28.85 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2091  hypothetical protein  26.94 
 
 		 276 aa  94.4  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3550  hypothetical protein  26.72 
 
 		 275 aa  93.2  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.103965 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0122  hypothetical protein  25 
 
 		 312 aa  93.2  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01687  hypothetical protein  27.47 
 
 		 284 aa  92.4  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0550  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00864  predicted transcriptional regulator i A1501  29.63 
 
 		 278 aa  89  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4760  transcriptional regulator  27.97 
 
 		 291 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2465  hypothetical protein  27.11 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.107107  normal  0.276307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4623  transcriptional regulator-like protein  27.59 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.2844  decreased coverage  0.00000000441914 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2094  hypothetical protein  27.44 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100358 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4812  hypothetical protein  25.1 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25 
 
 		 317 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.17 
 
 		 327 aa  47.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.77 
 
 		 327 aa  47.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  25 
 
 		 317 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.03 
 
 		 317 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  21.21 
 
 		 319 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 322 aa  46.2  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.26 
 
 		 313 aa  46.2  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.64 
 
 		 324 aa  44.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 319 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04050  hypothetical protein  30.61 
 
 		 122 aa  43.9  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.280957  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 322 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.78 
 
 		 324 aa  43.5  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6051  hypothetical protein  25.16 
 
 		 280 aa  43.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  19.19 
 
 		 317 aa  42.7  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>