70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4760 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4760  transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4623  transcriptional regulator-like protein  98.28 
 
 		 291 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.2844  decreased coverage  0.00000000441914 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2063  transcriptional regulator  71.18 
 
 		 290 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.754064  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6051  hypothetical protein  82.53 
 
 		 280 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1370  hypothetical protein  47.33 
 
 		 286 aa  275  7e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003231  hypothetical protein  47.31 
 
 		 284 aa  274  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01687  hypothetical protein  48.39 
 
 		 284 aa  271  7e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1262  hypothetical protein  45.16 
 
 		 287 aa  267  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2478  hypothetical protein  46.1 
 
 		 285 aa  257  1e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.452915  normal  0.259065 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2465  hypothetical protein  46.32 
 
 		 298 aa  256  3e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.107107  normal  0.276307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2094  hypothetical protein  44.88 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100358 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0111  hypothetical protein  45.29 
 
 		 326 aa  238  6.999999999999999e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3550  hypothetical protein  39.35 
 
 		 275 aa  209  5e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.103965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00864  predicted transcriptional regulator i A1501  36.3 
 
 		 278 aa  192  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0913  hypothetical protein  35.9 
 
 		 279 aa  175  9e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1284  hypothetical protein  35.05 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218684 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2716  hypothetical protein  35.17 
 
 		 298 aa  169  3e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189563 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1356  hypothetical protein  35.29 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1239  hypothetical protein  36.65 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1844  hypothetical protein  35.44 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0550  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1529  hypothetical protein  34.28 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0455905 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2091  hypothetical protein  36.94 
 
 		 276 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0282  hypothetical protein  34.4 
 
 		 283 aa  159  7e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2742  hypothetical protein  33.93 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2604  hypothetical protein  33.93 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.668358 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3042  hypothetical protein  33.93 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.384395 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3737  hypothetical protein  32.97 
 
 		 290 aa  155  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0988  hypothetical protein  33.45 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3103  hypothetical protein  34.4 
 
 		 282 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2085  hypothetical protein  32.86 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.069658 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2987  hypothetical protein  34.69 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.387576  normal  0.124084 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0159  hypothetical protein  31.25 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.233345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2176  hypothetical protein  33.94 
 
 		 289 aa  151  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00706566  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2196  hypothetical protein  36.46 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000000497244  hitchhiker  0.00000469474 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4196  transcriptional regulator  33.81 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0679  hypothetical protein  34.62 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11701  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04050  hypothetical protein  57.38 
 
 		 122 aa  142  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.280957  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0195  hypothetical protein  33.69 
 
 		 287 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.342058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4605  hypothetical protein  30.77 
 
 		 294 aa  128  9.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4284  hypothetical protein  30.8 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0122  hypothetical protein  30.4 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0289  hypothetical protein  33.86 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6538  hypothetical protein  30.94 
 
 		 268 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0419  hypothetical protein  31.05 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4812  hypothetical protein  29.71 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0660  hypothetical protein  33.46 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.125949  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01226  hypothetical protein  27.46 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.594173  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3596  hypothetical protein  27.21 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1781  hypothetical protein  31.91 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2014  hypothetical protein  29.96 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2419  hypothetical protein  29.77 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.79837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4208  hypothetical protein  32.17 
 
 		 302 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3177  hypothetical protein  30.35 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0112  hypothetical protein  30.31 
 
 		 304 aa  90.1  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3185  transcriptional regulator-like  33.95 
 
 		 254 aa  89.7  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2674  hypothetical protein  27.37 
 
 		 290 aa  89.7  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00152058  normal  0.0371695 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2140  hypothetical protein  26.03 
 
 		 290 aa  89.7  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000023466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6931  hypothetical protein  30.74 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2028  hypothetical protein  27.97 
 
 		 290 aa  88.2  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000322678  normal  0.839611 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1442  hypothetical protein  26.27 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.37014  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2190  hypothetical protein  24.61 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.315226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  31.34 
 
 		 351 aa  54.3  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.24 
 
 		 324 aa  50.1  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  23.81 
 
 		 339 aa  46.6  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.19 
 
 		 335 aa  44.7  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 322 aa  43.5  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 		 317 aa  43.1  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.43 
 
 		 313 aa  42.7  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2058  hypothetical protein  36.99 
 
 		 336 aa  42.4  0.01  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.160915  normal  0.181699 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>