More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3512 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_0619  amino acid permease-associated region  69.9 
 
 		 497 aa  701    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5504  amino acid permease-associated region  69.34 
 
 		 500 aa  654    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0935  amino acid transporter  69.13 
 
 		 500 aa  651    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.801985 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3822  amino acid permease-associated region  68.71 
 
 		 499 aa  642    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000127997 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4686  amino acid permease-associated region  69.13 
 
 		 500 aa  650    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3512  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 498 aa  997    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.22516  normal  0.430262 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3588  amino acid permease-associated region  69.34 
 
 		 494 aa  654    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1029  amino acid permease  76.36 
 
 		 497 aa  707    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4162  amino acid permease-associated region  69.13 
 
 		 500 aa  652    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.966406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11210  putative amino acid permease  76.39 
 
 		 496 aa  689    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.878559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4779  amino acid permease-associated region  69.34 
 
 		 494 aa  654    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1535  amino acid permease  68.44 
 
 		 496 aa  626  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1203  amino acid permease  67.8 
 
 		 496 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439752  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0626  amino acid permease  67.59 
 
 		 496 aa  623  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.357827  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3470  amino acid permease  63.62 
 
 		 499 aa  621  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.202942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2468  amino acid permease  67.8 
 
 		 496 aa  624  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.205588  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3296  transpoter  63.95 
 
 		 499 aa  621  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.469607  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0346  amino acid permease  67.59 
 
 		 496 aa  623  1e-177  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.362616  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3368  transporter  63.95 
 
 		 499 aa  621  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.671408 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3301  transpoter  63.95 
 
 		 499 aa  621  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3375  transporter  63.95 
 
 		 499 aa  621  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.635182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0945  amino acid permease  67.59 
 
 		 496 aa  623  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.837101  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1363  amino acid permease  67.67 
 
 		 467 aa  619  1e-176  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1276  amino acid transporters  68.1 
 
 		 496 aa  621  1e-176  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.104597  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2040  amino acid permease family protein  33.26 
 
 		 479 aa  206  8e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0153737  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1837  amino acid permease-associated region  30.99 
 
 		 459 aa  161  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367769  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0458  amino acid permease-associated region  30.75 
 
 		 464 aa  152  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02690  putative amino acid permease  31.36 
 
 		 477 aa  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.101126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0306  amino acid permease  31.05 
 
 		 477 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3628  amino acid permease-associated region  28.4 
 
 		 451 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0216895  normal  0.552848 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0385  amino acid permease-associated region  25.06 
 
 		 453 aa  91.3  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000859435  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1634  amino acid permease-associated region  27.92 
 
 		 476 aa  88.2  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.131349  normal  0.325388 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  27.05 
 
 		 490 aa  85.9  0.000000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4179  amino acid permease-associated region  31.88 
 
 		 517 aa  81.6  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.27139 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  26.75 
 
 		 489 aa  81.6  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1000  amino acid permease-associated region  25.46 
 
 		 566 aa  81.6  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5067  amino acid permease  27.91 
 
 		 471 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000115655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0258  amino acid permease  27.91 
 
 		 471 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000104623  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4845  amino acid permease-associated region  26.61 
 
 		 437 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.976414  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5170  amino acid permease family protein  26.15 
 
 		 437 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5157  amino acid permease family protein  26.15 
 
 		 438 aa  80.5  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4886  amino acid permease family protein  26.15 
 
 		 438 aa  80.9  0.00000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000145673  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5261  amino acid permease family protein  26.15 
 
 		 438 aa  80.9  0.00000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00026519  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4728  amino acid permease  26.15 
 
 		 438 aa  80.5  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000742695  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4743  amino acid permease  26.15 
 
 		 438 aa  80.5  0.00000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000004453  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5129  amino acid permease family protein  26.15 
 
 		 438 aa  80.5  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1962  amino acid permease-associated region  26.27 
 
 		 476 aa  80.1  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.921716 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5163  amino acid permease family protein  25.92 
 
 		 437 aa  80.1  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0263  amino acid permease  26.72 
 
 		 471 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000358452  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0277  amino acid transporter, cationic amino acid transporter (CAT) family  26.72 
 
 		 471 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5364  amino acid permease-associated region  25.81 
 
 		 481 aa  79.3  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1196  amino acid permease-associated region  29.79 
 
 		 455 aa  79  0.0000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1826  amino acid permease-associated region  26.2 
 
 		 436 aa  79  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  27.03 
 
 		 449 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1294  ethanolamine transproter  22.13 
 
 		 467 aa  78.2  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1758  amino acid permease-associated region  30.65 
 
 		 495 aa  77.8  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0120604  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3597  amino acid permease-associated region  25.58 
 
 		 549 aa  77  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.333154 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2434  amino acid transporter  28.66 
 
 		 446 aa  76.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0159957 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  26.77 
 
 		 449 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2924  amino acid permease-associated region  26.7 
 
 		 473 aa  75.5  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.670343  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1769  amino acid permease-associated region  24.06 
 
 		 439 aa  74.7  0.000000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2749  amino acid permease-associated region  26.98 
 
 		 481 aa  73.9  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.557083  normal  0.633141 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  26.56 
 
 		 486 aa  73.9  0.000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12343  cationic amino acid transport integral membrane protein rocE  23.94 
 
 		 471 aa  73.9  0.000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0130  amino acid permease-associated region  27.86 
 
 		 515 aa  73.6  0.000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.389745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1907  amino acid permease-associated region  28.46 
 
 		 486 aa  73.6  0.000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0305  amino acid permease-associated region  25.84 
 
 		 468 aa  73.2  0.000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1588  amino-acid transporter transmembrane protein  30.4 
 
 		 476 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1408  cationic amino acid transporter  26.25 
 
 		 483 aa  73.2  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0734654  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2797  putative amino acid transporter  35.43 
 
 		 474 aa  72.8  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0691  ethanolamine transproter  27.16 
 
 		 456 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0667642  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3289  amino acid permease  27.87 
 
 		 467 aa  72  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.549076  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0250  amino acid permease-associated region  26.3 
 
 		 465 aa  72.8  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3609  amino acid permease-associated region  25.17 
 
 		 435 aa  72  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1341  amino acid permease-associated region  26.63 
 
 		 496 aa  72.4  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3392  amino acid permease  27.87 
 
 		 467 aa  72  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2134  amino acid permease  27.87 
 
 		 467 aa  72  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2954  amino acid permease  27.87 
 
 		 467 aa  72  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20300  amino acid transporter  25.91 
 
 		 471 aa  71.6  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.533363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0731  ethanolamine transproter  27.65 
 
 		 458 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3677  amino acid permease-associated region  26.72 
 
 		 482 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.386944 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0651  amino acid permease-associated region  29.63 
 
 		 481 aa  71.2  0.00000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0737  amino acid permease-associated region  26 
 
 		 506 aa  71.2  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000351708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1651  amino acid permease-associated region  27.03 
 
 		 501 aa  71.2  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0230  amino acid permease  27.63 
 
 		 467 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.145417  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1394  amino acid permease-associated region  24.36 
 
 		 443 aa  70.5  0.00000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0424  amino acid permease  27.63 
 
 		 467 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386355  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0242  amino acid permease  27.63 
 
 		 467 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557003  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8502  ethanolamine transproter  26.72 
 
 		 457 aa  70.5  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.633292  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1042  amino acid permease-associated region  25.17 
 
 		 773 aa  70.1  0.00000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.534613  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1531  amino acid permease-associated region  22.89 
 
 		 479 aa  69.7  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1932  amino acid permease-associated region  26.32 
 
 		 461 aa  69.7  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3101  amino acid permease-associated region  25.96 
 
 		 466 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35860  amino acid permease  26 
 
 		 434 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332281  decreased coverage  9.326859999999999e-20 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0718  ethanolamine transproter  26.84 
 
 		 458 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.871129  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0020  ethanolamine transproter  25.11 
 
 		 467 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3333  amino acid transporter  23.69 
 
 		 480 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.326771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2967  amino acid permease-associated region  25.96 
 
 		 466 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.799342  normal  0.23719 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16590  amino acid transporter  29.36 
 
 		 461 aa  68.9  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3620  amino acid permease-associated region  26.47 
 
 		 494 aa  68.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>