More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1315 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
264 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3996  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.35 
 
 
264 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0900077  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.35 
 
 
264 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.807091  normal  0.0105558 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  96.9 
 
 
268 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.167766 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3881  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  90.08 
 
 
265 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1603  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  87.79 
 
 
265 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0185701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1683  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  88.21 
 
 
266 aa  441  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.530706  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21920  putative permease of ABC transporter  80.92 
 
 
265 aa  434  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000111268 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1872  ABC transporter permease  80.53 
 
 
265 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.62 
 
 
264 aa  381  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0610127  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.1 
 
 
261 aa  362  4e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.448719 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.15 
 
 
261 aa  347  1e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.36 
 
 
261 aa  343  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.598666  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1030  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  64.54 
 
 
262 aa  327  1.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000664  putative permease of ABC transporter  65.34 
 
 
262 aa  323  2e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0754  ABC transporter, permease protein  55.64 
 
 
259 aa  269  4e-71  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.855137  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0831  ABC transporter, permease protein  55.25 
 
 
259 aa  268  8.999999999999999e-71  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.318596  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1102  ABC transporter, permease protein  44.88 
 
 
259 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
574 aa  157  2e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
278 aa  133  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.613634  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
287 aa  122  7e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.21064  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4199  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  32.44 
 
 
263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.853944  normal  0.687216 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3328  hypothetical protein  35.51 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118723  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.512625  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
263 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.037786  normal  0.544332 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.81 
 
 
267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.5 
 
 
260 aa  107  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.95 
 
 
254 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.943674  normal  0.650517 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
261 aa  105  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  30.37 
 
 
282 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  30.37 
 
 
282 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.36 
 
 
259 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.898841  normal  0.263608 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
259 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2950  ABC transporter  32.11 
 
 
283 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.507448  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  29.91 
 
 
282 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  29.91 
 
 
282 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0446  ABC transporter, permease protein  29.91 
 
 
282 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  29.91 
 
 
282 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  29.91 
 
 
282 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.55 
 
 
262 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420335  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.29 
 
 
262 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.467922  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
301 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
260 aa  99.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0113  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  28.3 
 
 
272 aa  99.4  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0992518  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0103  putative spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.3 
 
 
272 aa  99.4  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.310677  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.55 
 
 
262 aa  99.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
263 aa  96.7  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170233  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0348  ABC transporter, inner membrane subunit  31.5 
 
 
263 aa  96.7  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.689429  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4783  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.74 
 
 
283 aa  95.9  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83544  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.23 
 
 
315 aa  95.9  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.23 
 
 
315 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154787  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
263 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.226433 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
252 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.725166  normal  0.61527 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
259 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268957  normal  0.510338 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  32.86 
 
 
291 aa  85.9  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
271 aa  85.1  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
300 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  28.96 
 
 
300 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.08 
 
 
312 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.15 
 
 
258 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.926137  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.15 
 
 
258 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0756972  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.3 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5840  ABC transporter membrane spanning protein (putrescine)  31.93 
 
 
265 aa  79.7  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  32.61 
 
 
271 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.15 
 
 
271 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.73 
 
 
272 aa  78.6  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7383  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  27.46 
 
 
285 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  26.96 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.72 
 
 
269 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.89 
 
 
265 aa  75.9  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.52 
 
 
266 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.52 
 
 
266 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.09 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.09 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  26.09 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  26.09 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  26.09 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.55 
 
 
268 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  26.09 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.07 
 
 
269 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.58 
 
 
269 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.07 
 
 
268 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1109  spermidine/putrescine ABC transporter permease II  28.27 
 
 
284 aa  73.9  0.000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0409124  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
587 aa  73.2  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04850  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  26.09 
 
 
587 aa  72.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.37 
 
 
304 aa  72.8  0.000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.29 
 
 
272 aa  72.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.84 
 
 
298 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.5 
 
 
307 aa  72.4  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0488544 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.81 
 
 
276 aa  72  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.91 
 
 
597 aa  71.2  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1793  ABC transporter permease  28.64 
 
 
265 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.849444  normal  0.0352963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.35 
 
 
265 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420576  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  30.42 
 
 
266 aa  71.2  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.7 
 
 
268 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.7 
 
 
268 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.77 
 
 
298 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.05 
 
 
269 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
268 aa  71.2  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  30.43 
 
 
362 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>