More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5840 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5840  ABC transporter membrane spanning protein (putrescine)  100 
 
 
265 aa  519  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.97 
 
 
268 aa  115  7.999999999999999e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.15 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5876  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  33.33 
 
 
281 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
273 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.22 
 
 
273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193296  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.38 
 
 
273 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  33.64 
 
 
262 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
268 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  30.6 
 
 
256 aa  107  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  34.09 
 
 
268 aa  106  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  30.87 
 
 
266 aa  105  6e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.98 
 
 
272 aa  105  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  30.17 
 
 
256 aa  105  8e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.15 
 
 
266 aa  104  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  33.88 
 
 
273 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.15 
 
 
266 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.15 
 
 
266 aa  104  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.15 
 
 
266 aa  104  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.15 
 
 
266 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  32.26 
 
 
272 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.06 
 
 
272 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.15 
 
 
266 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.15 
 
 
266 aa  103  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  29.15 
 
 
266 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.15 
 
 
266 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0325  Ornithine carbamoyltransferase  27.43 
 
 
268 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000489255  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
259 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.11 
 
 
267 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.69 
 
 
256 aa  102  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.46 
 
 
279 aa  103  4e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.16 
 
 
269 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
273 aa  102  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 
284 aa  102  9e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.69 
 
 
272 aa  102  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.39 
 
 
275 aa  101  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
264 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.1 
 
 
256 aa  100  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1037  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.68 
 
 
256 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490693  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  31.43 
 
 
264 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.31 
 
 
266 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
268 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
268 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 
268 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  31.98 
 
 
273 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  30.98 
 
 
284 aa  99.8  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  27.69 
 
 
256 aa  99.4  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.54 
 
 
273 aa  99  6e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0152419  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2121  putative spermidine/putrescine transport system permease protein  28.63 
 
 
265 aa  98.6  9e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.58 
 
 
256 aa  98.6  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1906  putrescine transport system permease protein  32.53 
 
 
288 aa  98.6  9e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386242 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0110  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  30.12 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1055  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  30.12 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.464145  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  31.98 
 
 
273 aa  98.6  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1298  putrescine ABC transporter, permease protein  30.12 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2120  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  30.12 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.412651  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
263 aa  98.2  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2307  putrescine transport system permease protein  30.12 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2175  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  30.12 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.661225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1785  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  30.12 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.68 
 
 
669 aa  98.6  1e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  34.21 
 
 
258 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  29.23 
 
 
273 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1953  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  30.86 
 
 
272 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.23 
 
 
273 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.23 
 
 
273 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2582  Ornithine carbamoyltransferase  27.46 
 
 
263 aa  97.1  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000818626  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.06 
 
 
283 aa  96.7  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6275  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  31.46 
 
 
272 aa  96.7  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3038  ABC permidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.32 
 
 
267 aa  96.3  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.32 
 
 
267 aa  96.3  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.548577  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.3 
 
 
272 aa  95.9  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  29.73 
 
 
272 aa  95.9  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.36 
 
 
263 aa  95.1  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
260 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1512  ornithine carbamoyltransferase  30.17 
 
 
274 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.568163  normal  0.487271 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.15 
 
 
266 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  28.22 
 
 
264 aa  95.1  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  27.82 
 
 
272 aa  94.7  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 
296 aa  94.7  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.43 
 
 
261 aa  94.7  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00123252  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  31.05 
 
 
271 aa  94.7  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01122  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.33 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2523  Ornithine carbamoyltransferase  28.33 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122553  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1502  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.33 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000827524  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01130  hypothetical protein  28.33 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7680  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 
313 aa  94  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540437  normal  0.115465 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5047  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.34 
 
 
273 aa  94  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808772  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2002  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.33 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.818334 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2201  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.33 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381737  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1669  ornithine carbamoyltransferase  29.75 
 
 
273 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343722  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2479  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.33 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0237436  normal  0.58915 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2306  Ornithine carbamoyltransferase  30.45 
 
 
272 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.237978  normal  0.193759 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1244  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.33 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0760675  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.75 
 
 
273 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1494  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  26.29 
 
 
259 aa  94  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.968283  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1247  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.33 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0802676  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
278 aa  93.6  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.722828  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.73 
 
 
267 aa  94  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2225  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  26.64 
 
 
266 aa  93.6  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>