More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1793 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1793  ABC transporter permease  100 
 
 
265 aa  528  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.849444  normal  0.0352963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.43 
 
 
265 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420576  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.68 
 
 
265 aa  457  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70 
 
 
300 aa  352  4e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.92 
 
 
312 aa  352  4e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  70 
 
 
300 aa  350  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.33 
 
 
298 aa  345  4e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.73 
 
 
298 aa  329  3e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.43 
 
 
298 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
366 aa  324  9e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
362 aa  324  9e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
362 aa  324  9e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
362 aa  324  9e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
366 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
347 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2833  ABC transporter, permease protein  71.6 
 
 
410 aa  323  2e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0920075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.73 
 
 
300 aa  318  5e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177447  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.73 
 
 
300 aa  318  5e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.73 
 
 
300 aa  318  5e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4341  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  67.17 
 
 
298 aa  317  1e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.801561  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4044  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.8 
 
 
261 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0830657  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.68 
 
 
261 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104135  normal  0.640499 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.8 
 
 
261 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.61 
 
 
268 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939917  normal  0.176342 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  62.9 
 
 
291 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5852  molybdenum ABC transporter permease  63.24 
 
 
261 aa  298  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.581419  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  71.18 
 
 
243 aa  296  2e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.75 
 
 
262 aa  276  3e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147455  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.34 
 
 
264 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0488  ABC transporter, permease protein  60.26 
 
 
264 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.35 
 
 
265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.840186 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.25 
 
 
266 aa  252  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.2 
 
 
294 aa  252  4.0000000000000004e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00110867  normal  0.885774 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  28.68 
 
 
266 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.91 
 
 
266 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.76 
 
 
272 aa  97.4  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.210545  normal  0.706839 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.91 
 
 
266 aa  97.8  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.91 
 
 
266 aa  97.8  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.91 
 
 
266 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.91 
 
 
266 aa  97.8  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.91 
 
 
266 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.91 
 
 
266 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.91 
 
 
266 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  34.41 
 
 
280 aa  96.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  27.52 
 
 
266 aa  95.5  8e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.84 
 
 
277 aa  92.4  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.39 
 
 
304 aa  92  9e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.46 
 
 
264 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  27.46 
 
 
264 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.91 
 
 
266 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.96 
 
 
254 aa  91.3  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.943674  normal  0.650517 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.72 
 
 
268 aa  90.5  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.11 
 
 
563 aa  90.5  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.67 
 
 
264 aa  89.4  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.91 
 
 
262 aa  89  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  28.9 
 
 
282 aa  88.6  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  28.9 
 
 
282 aa  88.6  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.52 
 
 
262 aa  88.6  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  28.9 
 
 
282 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  28.9 
 
 
282 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  28.9 
 
 
282 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  28.9 
 
 
282 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.44 
 
 
279 aa  88.2  1e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
264 aa  88.2  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0446  ABC transporter, permease protein  28.9 
 
 
282 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.46 
 
 
276 aa  87.4  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
264 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.13 
 
 
606 aa  87  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
264 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  28.34 
 
 
281 aa  86.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.91 
 
 
267 aa  85.9  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  27.8 
 
 
293 aa  85.1  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.09 
 
 
280 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596153  normal  0.412675 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4199  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  27.04 
 
 
263 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.853944  normal  0.687216 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  31.51 
 
 
256 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0978  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.85 
 
 
227 aa  85.1  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.976242  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0385  NifC-like ABC-type porter  32.42 
 
 
266 aa  84.3  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  26.64 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.36 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  25 
 
 
264 aa  84  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.1 
 
 
307 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.37571  normal  0.155307 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  28.38 
 
 
288 aa  84.7  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1445  NifC-like ABC-type porter  32.42 
 
 
266 aa  83.6  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  31.05 
 
 
256 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.61 
 
 
263 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.037786  normal  0.544332 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.69 
 
 
263 aa  83.2  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  26.8 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.46 
 
 
259 aa  82.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
295 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  28.74 
 
 
271 aa  82.4  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4848  ABC transporter, inner membrane subunit  30.62 
 
 
310 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.432693  hitchhiker  0.000811543 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
259 aa  82.4  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
259 aa  82  0.000000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.64 
 
 
264 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1926  molybdate ABC transporter permease  31.36 
 
 
231 aa  82  0.000000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.62 
 
 
307 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0707466  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>