More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1236 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_1236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
259 aa  506  9.999999999999999e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.21 
 
 
259 aa  484  1e-136  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.898841  normal  0.263608 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.04 
 
 
260 aa  286  2.9999999999999996e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4199  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  57.6 
 
 
263 aa  285  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.853944  normal  0.687216 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.6 
 
 
263 aa  285  5e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.037786  normal  0.544332 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.86 
 
 
262 aa  284  9e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.47 
 
 
262 aa  284  9e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420335  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.6 
 
 
263 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.512625  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.98 
 
 
263 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.226433 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0348  ABC transporter, inner membrane subunit  55.6 
 
 
263 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.689429  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.6 
 
 
263 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170233  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.2 
 
 
262 aa  278  9e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.467922  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0113  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  56 
 
 
272 aa  276  3e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0992518  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0103  putative spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  56 
 
 
272 aa  276  3e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.310677  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.2 
 
 
267 aa  275  6e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.08 
 
 
260 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52 
 
 
261 aa  251  9.000000000000001e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2950  ABC transporter  51.79 
 
 
283 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.507448  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3328  hypothetical protein  38.87 
 
 
252 aa  150  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118723  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
271 aa  144  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
259 aa  139  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268957  normal  0.510338 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.41 
 
 
252 aa  138  7e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.725166  normal  0.61527 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
301 aa  133  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
258 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
258 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0756972  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
258 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.926137  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7383  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.73 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1872  ABC transporter permease  32.48 
 
 
265 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
264 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.807091  normal  0.0105558 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3996  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
264 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0900077  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3881  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  33.65 
 
 
265 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606059  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21920  putative permease of ABC transporter  32.05 
 
 
265 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000111268 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1109  spermidine/putrescine ABC transporter permease II  32.21 
 
 
284 aa  103  3e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0409124  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1683  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.38 
 
 
266 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.530706  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
264 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1030  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  32.49 
 
 
262 aa  102  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1603  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.18 
 
 
265 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0185701 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.84 
 
 
278 aa  101  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.613634  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
268 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.167766 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0831  ABC transporter, permease protein  25.99 
 
 
259 aa  97.8  2e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.318596  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0754  ABC transporter, permease protein  25.99 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.855137  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
259 aa  96.3  4e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000664  putative permease of ABC transporter  31.91 
 
 
262 aa  93.2  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.35 
 
 
261 aa  92.4  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.448719 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1102  ABC transporter, permease protein  29.35 
 
 
259 aa  92  8e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.32 
 
 
312 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.9 
 
 
264 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0610127  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.68 
 
 
261 aa  82  0.000000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5852  molybdenum ABC transporter permease  30.35 
 
 
261 aa  79.3  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.581419  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.06 
 
 
300 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.69 
 
 
265 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420576  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.63 
 
 
261 aa  77.4  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.598666  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.76 
 
 
298 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.05 
 
 
265 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  28.77 
 
 
291 aa  75.5  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2343  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.8 
 
 
221 aa  75.5  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.691187 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  29.06 
 
 
300 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.37 
 
 
298 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4044  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.06 
 
 
261 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0830657  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.44 
 
 
574 aa  74.3  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
304 aa  73.9  0.000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.37 
 
 
261 aa  72  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
272 aa  71.2  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.210545  normal  0.706839 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.76 
 
 
298 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.5 
 
 
268 aa  69.7  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939917  normal  0.176342 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4341  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  28.76 
 
 
298 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.801561  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.92 
 
 
261 aa  69.3  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104135  normal  0.640499 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  29.38 
 
 
243 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  29.38 
 
 
366 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2178  ABC transporter membrane spanning protein  30.18 
 
 
288 aa  68.2  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  29.38 
 
 
347 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  29.38 
 
 
362 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  29.38 
 
 
362 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.86 
 
 
266 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  29.38 
 
 
362 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  29.38 
 
 
366 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2833  ABC transporter, permease protein  29.49 
 
 
410 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0920075  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
300 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.76 
 
 
300 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177447  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
300 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0453  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 
225 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.211158  normal  0.761229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6501  ABC transporter permease  30.13 
 
 
285 aa  66.6  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126106  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2242  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  29.51 
 
 
224 aa  65.5  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1793  ABC transporter permease  30.77 
 
 
265 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.849444  normal  0.0352963 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0581  molybdate ABC transporter, permease protein  31.9 
 
 
221 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  30.77 
 
 
264 aa  64.7  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.5 
 
 
296 aa  64.3  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0416  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.32 
 
 
226 aa  63.9  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.473595  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0488  ABC transporter, permease protein  28.85 
 
 
264 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  28.74 
 
 
282 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  28.74 
 
 
282 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  28.74 
 
 
282 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0323  molybdenum ABC transporter, permease protein  25.91 
 
 
222 aa  62.8  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  28.74 
 
 
282 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  28.74 
 
 
282 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  28.74 
 
 
282 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0346  molybdenum ABC transporter, permease protein  25.91 
 
 
222 aa  62.8  0.000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.290442  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0372  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.73 
 
 
222 aa  62.8  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1922  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  27.96 
 
 
226 aa  62.8  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.454749  hitchhiker  0.00000014935 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.82 
 
 
286 aa  62.4  0.000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163733  normal  0.0234889 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>