More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1329 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
264 aa  520  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0610127  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21920  putative permease of ABC transporter  77.36 
 
 
265 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000111268 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1872  ABC transporter permease  77.82 
 
 
265 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3881  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  81.89 
 
 
265 aa  418  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1603  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  79.25 
 
 
265 aa  407  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0185701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1683  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  80.38 
 
 
266 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.530706  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.53 
 
 
268 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.167766 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.07 
 
 
264 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.19 
 
 
264 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.807091  normal  0.0105558 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3996  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.19 
 
 
264 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0900077  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.16 
 
 
261 aa  371  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.448719 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.86 
 
 
261 aa  363  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.1 
 
 
261 aa  359  3e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.598666  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1030  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  64.2 
 
 
262 aa  336  1.9999999999999998e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000664  putative permease of ABC transporter  69.32 
 
 
262 aa  335  5.999999999999999e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0754  ABC transporter, permease protein  54.12 
 
 
259 aa  269  2.9999999999999997e-71  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.855137  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0831  ABC transporter, permease protein  53.73 
 
 
259 aa  268  7e-71  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.318596  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1102  ABC transporter, permease protein  46.54 
 
 
259 aa  243  1.9999999999999999e-63  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
574 aa  160  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
278 aa  124  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.613634  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4199  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  33.2 
 
 
263 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.853944  normal  0.687216 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  32.6 
 
 
282 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  32.6 
 
 
282 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
263 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.037786  normal  0.544332 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.47 
 
 
287 aa  115  7.999999999999999e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.21064  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 
282 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 
282 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 
282 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 
282 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0446  ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 
282 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.51 
 
 
267 aa  112  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2950  ABC transporter  32.42 
 
 
283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.507448  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.35 
 
 
263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.512625  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
261 aa  108  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.95 
 
 
254 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.943674  normal  0.650517 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.5 
 
 
260 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3328  hypothetical protein  33.88 
 
 
252 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118723  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
262 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.467922  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.96 
 
 
262 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420335  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0113  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  30.52 
 
 
272 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0992518  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.96 
 
 
262 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0103  putative spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 
272 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.310677  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
260 aa  102  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.64 
 
 
259 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.898841  normal  0.263608 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.06 
 
 
259 aa  100  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.46 
 
 
315 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.46 
 
 
315 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154787  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0348  ABC transporter, inner membrane subunit  30.83 
 
 
263 aa  99  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.689429  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
263 aa  99  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170233  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.36 
 
 
263 aa  99  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.226433 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4783  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.95 
 
 
283 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83544  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
301 aa  95.9  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.98 
 
 
252 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.725166  normal  0.61527 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 
291 aa  88.6  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.63 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268957  normal  0.510338 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1109  spermidine/putrescine ABC transporter permease II  27.31 
 
 
284 aa  82  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0409124  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.72 
 
 
269 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04850  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  27.47 
 
 
587 aa  78.6  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  29.91 
 
 
284 aa  77.8  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  29.33 
 
 
271 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 
266 aa  77  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.718576  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.45 
 
 
264 aa  75.9  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
271 aa  75.5  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
258 aa  75.9  0.0000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.926137  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
258 aa  75.9  0.0000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0756972  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.28 
 
 
587 aa  75.5  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  29.95 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.16 
 
 
268 aa  74.7  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2582  Ornithine carbamoyltransferase  30.56 
 
 
263 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000818626  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.89 
 
 
271 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  33.18 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.6 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.13 
 
 
312 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.6 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 
258 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.32 
 
 
588 aa  73.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.6 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.6 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.6 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.6 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.6 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.6 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7383  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  28.74 
 
 
285 aa  73.2  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  29.03 
 
 
287 aa  73.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.22 
 
 
265 aa  72.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.225733  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2156  ABC transporter, inner membrane subunit  31.22 
 
 
265 aa  72.8  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
550 aa  72.4  0.000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  27.15 
 
 
266 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  28.95 
 
 
262 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.26 
 
 
304 aa  72.4  0.000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.34 
 
 
269 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
268 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.97 
 
 
269 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.13 
 
 
269 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.23 
 
 
307 aa  71.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0488544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
268 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.48 
 
 
266 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4044  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.42 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0830657  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.46 
 
 
276 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>