More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3245 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 550 aa  1041    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.52 
 
 		 528 aa  298  2e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.402791 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.61 
 
 		 509 aa  259  1e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553789  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.97 
 
 		 518 aa  241  2.9999999999999997e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.453337 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 		 564 aa  179  9e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.46 
 
 		 606 aa  174  3.9999999999999995e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 		 572 aa  170  8e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000013975  decreased coverage  0.00476885 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31200  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  33.93 
 
 		 547 aa  169  8e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.393839  normal  0.564354 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 		 532 aa  169  9e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.763133  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.26 
 
 		 634 aa  163  6e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 		 663 aa  159  1e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.745838  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.97 
 
 		 540 aa  158  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.666018  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 		 547 aa  156  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04590  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  34.28 
 
 		 551 aa  156  1e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19470  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  32.63 
 
 		 576 aa  154  4e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.16 
 
 		 544 aa  150  4e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.10733  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001685  thiamin ABC transporter transmembrane component  26.72 
 
 		 516 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00789  thiamine transporter membrane protein  25.95 
 
 		 516 aa  143  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.55 
 
 		 597 aa  143  9.999999999999999e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 		 565 aa  139  8.999999999999999e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.21 
 
 		 510 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3543  thiamine transporter membrane protein  29.27 
 
 		 535 aa  130  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 		 565 aa  129  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.72 
 
 		 515 aa  129  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1012  thiamine transporter membrane protein  25.2 
 
 		 514 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.775062  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2944  thiamine transporter membrane protein  29.06 
 
 		 535 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.305825 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3415  thiamine transporter membrane protein  29.06 
 
 		 535 aa  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0386  thiamine transporter membrane protein  24.28 
 
 		 534 aa  124  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04170  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  37.45 
 
 		 592 aa  120  7e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0420701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0736  thiamine transporter membrane protein  27.95 
 
 		 535 aa  118  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2118  thiamine transporter membrane protein  27.24 
 
 		 530 aa  115  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1199  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  31.26 
 
 		 555 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.60189  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0350  thiamine transporter membrane protein  24.69 
 
 		 540 aa  112  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.51 
 
 		 561 aa  110  7.000000000000001e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.488219  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3620  thiamine transporter membrane protein  28.66 
 
 		 535 aa  109  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.393942  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3471  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  27.62 
 
 		 509 aa  109  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0614  thiamine transporter membrane protein  26.03 
 
 		 536 aa  108  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.012901 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3260  thiamine transporter membrane protein  29.48 
 
 		 545 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3809  thiamine transporter membrane protein  28.14 
 
 		 535 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3532  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  27.17 
 
 		 536 aa  107  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0072  thiamine transporter membrane protein  27.17 
 
 		 536 aa  107  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00069  thiamin ABC transporter membrane protein  27.17 
 
 		 536 aa  106  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0144  thiamine ABC transporter, permease protein  23.93 
 
 		 560 aa  106  1e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.997679  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00068  hypothetical protein  27.17 
 
 		 536 aa  106  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.52 
 
 		 530 aa  106  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353247  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0069  thiamine transporter membrane protein  27.23 
 
 		 536 aa  106  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0071  thiamine transporter membrane protein  27.45 
 
 		 536 aa  105  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.818645  normal  0.387113 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3590  thiamine transporter membrane protein  27.02 
 
 		 536 aa  105  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.838581  hitchhiker  0.00000463415 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0111  thiamine transporter membrane protein  27.48 
 
 		 536 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0071  thiamine transporter membrane protein  26.96 
 
 		 536 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0118  thiamine transporter membrane protein  27.48 
 
 		 536 aa  105  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0333218 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0114  thiamine transporter membrane protein  27.27 
 
 		 536 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.576888 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0113  thiamine transporter membrane protein  27.27 
 
 		 536 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.195449 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0118  thiamine transporter membrane protein  27.27 
 
 		 536 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0059  thiamine transporter membrane protein  26.64 
 
 		 536 aa  103  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 		 569 aa  99.8  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.77 
 
 		 559 aa  97.8  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.628501  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0622  thiamine transporter membrane protein  27.18 
 
 		 536 aa  97.1  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.36 
 
 		 547 aa  97.1  9e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341081  normal  0.198477 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.1 
 
 		 563 aa  95.9  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.859078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.06 
 
 		 536 aa  95.1  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0253396  normal  0.609444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2817  thiamine transporter membrane protein  28.35 
 
 		 523 aa  93.2  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229213  normal  0.678489 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.47 
 
 		 551 aa  92.8  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0105  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  27.8 
 
 		 288 aa  92  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.84 
 
 		 572 aa  92.4  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2480  ABC transporter, permease protein, putative  25 
 
 		 568 aa  91.7  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.77 
 
 		 677 aa  91.7  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.426175 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0258  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 		 279 aa  91.3  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 		 601 aa  91.3  4e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0744847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1688  Sulfate ABC transporter, permease protein CysW  32.26 
 
 		 286 aa  90.9  5e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0527637 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0327  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  34.44 
 
 		 273 aa  90.5  6e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0249986  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1141  thiamine transporter membrane protein  27.43 
 
 		 541 aa  90.9  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5189  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  24.31 
 
 		 574 aa  90.1  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534495  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0108  sulfate ABC transporter, permease protein  27.8 
 
 		 288 aa  90.1  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.368477  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.24 
 
 		 545 aa  89.4  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.396425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.94 
 
 		 574 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  30.53 
 
 		 264 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  20.98 
 
 		 543 aa  89.4  2e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.122368  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3108  thiamine transporter membrane protein  29.25 
 
 		 531 aa  89.4  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 		 264 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1758  thiamine transporter membrane protein  27.93 
 
 		 543 aa  88.6  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000432752  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4267  thiamine transporter membrane protein  34.2 
 
 		 542 aa  88.2  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.25 
 
 		 564 aa  88.6  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1855  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  29.74 
 
 		 273 aa  87.8  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.174317  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5136  ABC transporter, permease protein  23.37 
 
 		 574 aa  87.4  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.897571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2079  molybdenum ABC transporter permease protein  32.38 
 
 		 229 aa  87  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.95 
 
 		 550 aa  87  8e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.264316  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.16 
 
 		 270 aa  87  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4475  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  23.82 
 
 		 587 aa  86.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0541435 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4913  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  35.26 
 
 		 277 aa  86.7  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.176558 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4609  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  23.82 
 
 		 587 aa  86.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.448301  normal  0.873284 
 
 
-
 
NC_004310  BR1329  sulfate ABC transporter, permease protein, putative  30.43 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0287943  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4317  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.38 
 
 		 562 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.946485  normal  0.426161 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1289  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  30.43 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2821  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  33.09 
 
 		 262 aa  85.5  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000164471  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 		 523 aa  85.9  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000425777 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 		 262 aa  85.5  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0858  molybdate ABC transporter permease  31.34 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0329  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  23.32 
 
 		 574 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.90369 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.47 
 
 		 579 aa  84.7  0.000000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.434038  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>