More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3215 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
251 aa  501  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.707751 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.69 
 
 
251 aa  385  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.102183 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.31 
 
 
251 aa  345  3e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.8 
 
 
256 aa  340  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.760882  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.83 
 
 
254 aa  334  7e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0490038  normal  0.520511 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.4 
 
 
255 aa  333  2e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.48 
 
 
254 aa  327  9e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.15 
 
 
250 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.573259 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1730  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  71.66 
 
 
256 aa  325  4.0000000000000003e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.27 
 
 
259 aa  324  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.508764  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.94 
 
 
256 aa  312  2.9999999999999996e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.382546 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.01 
 
 
252 aa  311  4.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139666  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1452  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.46 
 
 
259 aa  311  9e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.2 
 
 
255 aa  306  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.37 
 
 
253 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.39 
 
 
269 aa  306  2.0000000000000002e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.39 
 
 
269 aa  305  3e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.167231  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.37 
 
 
253 aa  304  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.16 
 
 
253 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.56 
 
 
253 aa  300  1e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
252 aa  300  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.203943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.9 
 
 
252 aa  298  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.281349  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.27 
 
 
253 aa  298  4e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000125391 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.35 
 
 
253 aa  298  6e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114763 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.92 
 
 
253 aa  297  1e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.355972  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.8 
 
 
253 aa  293  3e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
251 aa  291  5e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.3 
 
 
254 aa  291  5e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91487  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.32 
 
 
253 aa  289  2e-77  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.192995  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4321  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.2 
 
 
251 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.255411 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56 
 
 
254 aa  277  1e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.199031 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1990  oxidoreductase  54.8 
 
 
254 aa  276  2e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.88 
 
 
194 aa  276  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000473762 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
254 aa  275  4e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.38 
 
 
263 aa  274  8e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
256 aa  267  1e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2597  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  53.63 
 
 
252 aa  262  4e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.88 
 
 
252 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673149  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 
250 aa  259  3e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0215528 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 
252 aa  256  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58328  normal  0.46661 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
256 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000552143 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
254 aa  252  4.0000000000000004e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3073  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  51.82 
 
 
252 aa  248  5e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175378  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 
247 aa  247  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.332896 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.68 
 
 
275 aa  244  9.999999999999999e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32440  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  50.41 
 
 
247 aa  231  7.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
250 aa  227  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.282808 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
247 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0725636 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.02 
 
 
277 aa  222  4e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
262 aa  208  6e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.414284  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
248 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
248 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.627882  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
248 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.910239 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 
254 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
253 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0613473  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.34 
 
 
254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  38.62 
 
 
254 aa  168  7e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2971  short chain dehydrogenase  38.21 
 
 
257 aa  166  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3195  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
254 aa  166  5e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.961383  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5170  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  38.21 
 
 
254 aa  165  8e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1849  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
252 aa  165  8e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1932  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.362835  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2979  short chain dehydrogenase  38.21 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000666637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3204  short chain dehydrogenase  38.21 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00024474  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.293604  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3493  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
253 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1689  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
252 aa  162  6e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1705  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
252 aa  161  9e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1712  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
252 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1664  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
252 aa  161  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316007  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1847  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
252 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1886  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
252 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
263 aa  158  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.204744  normal  0.374158 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
247 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
246 aa  155  6e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
255 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1224  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  39.04 
 
 
255 aa  154  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0621066  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2778  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
252 aa  154  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
246 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
255 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
248 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
246 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.384242  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
254 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
260 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
248 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
245 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0547462  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5176  short-chain dehydrogenase  42.17 
 
 
254 aa  149  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0340709  hitchhiker  0.00401231 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
255 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00687705  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0549  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  39.76 
 
 
248 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.613292 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
265 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
250 aa  148  9e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
253 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.32 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>