More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1471 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
194 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000473762 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.42 
 
 
254 aa  383  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0490038  normal  0.520511 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1730  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  84.46 
 
 
256 aa  332  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.2 
 
 
250 aa  290  9e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.573259 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.28 
 
 
255 aa  286  2e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4321  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.68 
 
 
251 aa  284  5e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.255411 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.53 
 
 
269 aa  283  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.167231  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.95 
 
 
269 aa  280  1e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.26 
 
 
254 aa  276  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.88 
 
 
251 aa  276  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.707751 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.07 
 
 
256 aa  275  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.760882  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.21 
 
 
255 aa  272  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.72 
 
 
259 aa  270  9e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.508764  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1452  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.59 
 
 
259 aa  270  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.15 
 
 
253 aa  269  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.46 
 
 
252 aa  268  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.203943 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.91 
 
 
251 aa  266  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.102183 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.15 
 
 
252 aa  266  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139666  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.62 
 
 
253 aa  265  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114763 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.64 
 
 
253 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.62 
 
 
253 aa  265  4e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.13 
 
 
253 aa  263  8.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.92 
 
 
253 aa  262  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.37 
 
 
253 aa  261  4e-69  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.192995  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.62 
 
 
253 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000125391 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.15 
 
 
252 aa  260  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.281349  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.08 
 
 
254 aa  254  6e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91487  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.59 
 
 
256 aa  249  1e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.382546 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.58 
 
 
253 aa  248  4e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.355972  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.56 
 
 
263 aa  243  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.88 
 
 
251 aa  241  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.06 
 
 
256 aa  236  1e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.95 
 
 
251 aa  234  6e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1990  oxidoreductase  59.16 
 
 
254 aa  232  3e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.44 
 
 
254 aa  225  3e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.199031 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.1 
 
 
254 aa  224  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.97 
 
 
252 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673149  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.95 
 
 
252 aa  222  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58328  normal  0.46661 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3073  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  57.67 
 
 
252 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175378  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2597  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  55.9 
 
 
252 aa  215  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
250 aa  213  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0215528 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
254 aa  212  2.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.41 
 
 
247 aa  203  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.332896 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
256 aa  200  9e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000552143 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32440  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  53.85 
 
 
247 aa  198  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
262 aa  182  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.414284  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
275 aa  182  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.23 
 
 
250 aa  180  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.282808 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.04 
 
 
247 aa  178  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0725636 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.81 
 
 
277 aa  176  3e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
248 aa  171  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.627882  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
248 aa  171  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.910239 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
248 aa  171  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.09 
 
 
253 aa  148  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
254 aa  148  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
247 aa  144  7.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  46.06 
 
 
254 aa  144  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1664  short chain dehydrogenase  39.02 
 
 
252 aa  142  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316007  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1849  short chain dehydrogenase  39.02 
 
 
252 aa  142  4e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3493  short chain dehydrogenase  39.51 
 
 
252 aa  142  4e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 
253 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1932  short chain dehydrogenase  40.53 
 
 
252 aa  139  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.362835  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  41.71 
 
 
254 aa  137  7.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.09 
 
 
254 aa  137  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.293604  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1705  short chain dehydrogenase  38.54 
 
 
252 aa  137  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1689  short chain dehydrogenase  38.05 
 
 
252 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
257 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
254 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1886  short chain dehydrogenase  38.05 
 
 
252 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1712  short chain dehydrogenase  37.56 
 
 
252 aa  135  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1847  short chain dehydrogenase  37.56 
 
 
252 aa  135  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3195  short chain dehydrogenase  41.48 
 
 
254 aa  135  5e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.961383  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2979  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 
257 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000666637  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2971  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 
257 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3204  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 
257 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00024474  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 
254 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  42.77 
 
 
254 aa  131  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
257 aa  130  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0613473  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5176  short-chain dehydrogenase  50.34 
 
 
254 aa  130  9e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0340709  hitchhiker  0.00401231 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5170  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
257 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3076  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.05 
 
 
254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.575838  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1224  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  42.31 
 
 
255 aa  128  5.0000000000000004e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0621066  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
255 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00687705  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
246 aa  128  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
255 aa  128  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.94 
 
 
248 aa  127  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
253 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.204744  normal  0.374158 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
265 aa  125  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
254 aa  125  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.260797 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
255 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
248 aa  124  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
248 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0549  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  40.84 
 
 
248 aa  123  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.613292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.64 
 
 
248 aa  121  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.11 
 
 
254 aa  121  5e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247602  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.07 
 
 
248 aa  121  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2778  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
252 aa  121  6e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.56 
 
 
248 aa  121  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.07 
 
 
262 aa  121  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>