More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3073 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3073  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  100 
 
 
252 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175378  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2597  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  87.7 
 
 
252 aa  455  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.35 
 
 
252 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673149  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.75 
 
 
252 aa  292  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.281349  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.77 
 
 
255 aa  288  4e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4321  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
251 aa  281  5.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.255411 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.63 
 
 
250 aa  280  1e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.573259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.16 
 
 
252 aa  280  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139666  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
269 aa  270  1e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.167231  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.08 
 
 
254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0490038  normal  0.520511 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 
255 aa  269  4e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
269 aa  268  5e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
254 aa  263  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1990  oxidoreductase  51.81 
 
 
254 aa  261  4.999999999999999e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
254 aa  259  4e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91487  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
259 aa  258  5.0000000000000005e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.508764  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
253 aa  255  4e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
256 aa  255  5e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
253 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 
251 aa  251  6e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.102183 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
253 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
253 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.39 
 
 
253 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114763 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
256 aa  249  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.382546 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
253 aa  249  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000125391 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.82 
 
 
251 aa  248  5e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.707751 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
251 aa  248  6e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
256 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.760882  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
251 aa  247  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
275 aa  246  2e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
254 aa  246  2e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.199031 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1452  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
259 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1730  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  53.63 
 
 
256 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
253 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.192995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 
250 aa  238  5e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0215528 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.8 
 
 
263 aa  238  5.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
253 aa  238  8e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.355972  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.59 
 
 
254 aa  237  2e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
252 aa  231  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.203943 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
247 aa  230  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.332896 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
253 aa  222  4e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
254 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.67 
 
 
194 aa  215  5e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000473762 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.77 
 
 
256 aa  211  7.999999999999999e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000552143 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
250 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.282808 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32440  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  43.9 
 
 
247 aa  209  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
252 aa  201  8e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58328  normal  0.46661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0725636 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
248 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
248 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.627882  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
248 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.910239 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
277 aa  183  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
262 aa  168  8e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.414284  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
254 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
255 aa  165  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
253 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
253 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
255 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00687705  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
263 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.204744  normal  0.374158 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.14 
 
 
254 aa  152  7e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
257 aa  150  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
254 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 
254 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
254 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2971  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3195  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.961383  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0549  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  38.74 
 
 
248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.613292 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2979  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 
257 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000666637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3204  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 
257 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00024474  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
260 aa  142  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
249 aa  140  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1932  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
252 aa  139  6e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.362835  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
247 aa  138  7e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1689  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
252 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1712  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
252 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
247 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1847  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
252 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
247 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1849  short chain dehydrogenase  34.14 
 
 
252 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3493  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1705  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1886  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
250 aa  135  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1664  short chain dehydrogenase  32.93 
 
 
252 aa  135  8e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316007  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
254 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1224  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  34.52 
 
 
255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0621066  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3076  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.575838  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
249 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.260797 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247602  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>