More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4264 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.281349  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4321  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.43 
 
 
251 aa  354  8.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.255411 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.07 
 
 
255 aa  332  5e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 
250 aa  330  1e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.573259 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.66 
 
 
255 aa  328  6e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.29 
 
 
252 aa  325  5e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139666  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.32 
 
 
253 aa  325  5e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.45 
 
 
254 aa  323  2e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91487  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.92 
 
 
253 aa  322  4e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000125391 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.52 
 
 
253 aa  322  5e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114763 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.32 
 
 
253 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.32 
 
 
253 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.05 
 
 
259 aa  316  3e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.508764  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.74 
 
 
269 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.167231  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.52 
 
 
253 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.65 
 
 
254 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.45 
 
 
256 aa  311  4.999999999999999e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.382546 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.74 
 
 
269 aa  310  1e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.71 
 
 
254 aa  308  5e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0490038  normal  0.520511 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 
256 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.760882  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2597  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  57.94 
 
 
252 aa  300  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.9 
 
 
251 aa  298  4e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.707751 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62 
 
 
263 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3073  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  56.75 
 
 
252 aa  292  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175378  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.54 
 
 
252 aa  290  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673149  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1452  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.04 
 
 
259 aa  289  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.5 
 
 
251 aa  286  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.102183 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.6 
 
 
275 aa  286  2e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
251 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1730  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  62.5 
 
 
256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.4 
 
 
253 aa  281  5.000000000000001e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.192995  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.63 
 
 
254 aa  281  7.000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.199031 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
256 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.88 
 
 
254 aa  279  4e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
254 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1990  oxidoreductase  54.88 
 
 
254 aa  271  7e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
253 aa  271  8.000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
252 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.203943 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.69 
 
 
251 aa  269  2.9999999999999997e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
253 aa  265  5e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.355972  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
250 aa  264  8e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0215528 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.15 
 
 
194 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000473762 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
252 aa  249  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58328  normal  0.46661 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
247 aa  246  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.332896 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
256 aa  244  9e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000552143 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
247 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0725636 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
250 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.282808 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32440  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  45.93 
 
 
247 aa  209  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
277 aa  203  2e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
262 aa  193  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.414284  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
254 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
248 aa  192  4e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.627882  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
248 aa  192  4e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
248 aa  192  4e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.910239 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.96 
 
 
254 aa  189  5e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3493  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
252 aa  180  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1932  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
252 aa  179  4e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.362835  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1849  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
252 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
254 aa  178  8e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1664  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
252 aa  177  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316007  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
254 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2971  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
257 aa  176  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
257 aa  175  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
254 aa  175  6e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
254 aa  175  6e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
253 aa  174  9e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1705  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2979  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000666637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3204  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00024474  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3195  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
254 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.961383  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1689  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1712  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
252 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1847  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
252 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1886  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
252 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
247 aa  166  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0613473  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
254 aa  165  5.9999999999999996e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.293604  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
253 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
255 aa  161  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
255 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00687705  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
263 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.204744  normal  0.374158 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
246 aa  160  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0549  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  40.16 
 
 
248 aa  158  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.613292 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
265 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
254 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5170  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
257 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
260 aa  156  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
250 aa  155  6e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5176  short-chain dehydrogenase  42.29 
 
 
254 aa  155  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0340709  hitchhiker  0.00401231 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 
247 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
248 aa  151  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
251 aa  151  8.999999999999999e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
253 aa  150  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
255 aa  149  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
261 aa  148  8e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247602  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
247 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>