80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0549 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0549  sporulation domain-containing protein  100 
 
 		 533 aa  1045    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.528502  normal  0.783944 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0412  hypothetical protein  57.75 
 
 		 533 aa  525  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974914  normal  0.234903 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0389  sporulation domain-containing protein  55.66 
 
 		 526 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5125  hypothetical protein  56.41 
 
 		 541 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.890867  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0410  hypothetical protein  56.04 
 
 		 540 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5077  sporulation domain protein  53.68 
 
 		 529 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.560536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4950  sporulation domain-containing protein  53.48 
 
 		 533 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.663917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5774  hypothetical protein  67.97 
 
 		 548 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.785975  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66580  hypothetical protein  67.41 
 
 		 551 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5127  sporulation domain-containing protein  56.2 
 
 		 534 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.840723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45230  hypothetical protein  52.17 
 
 		 550 aa  323  6e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4115  sporulation domain-containing protein  27.27 
 
 		 521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000146904 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1631  sporulation domain-containing protein  28.67 
 
 		 525 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.258294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2684  triosephosphate isomerase  25.18 
 
 		 494 aa  90.5  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.882617  normal  0.208617 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2280  Sporulation domain protein  32.22 
 
 		 499 aa  72.8  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3858  hypothetical protein  32.89 
 
 		 425 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000274525  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0325  hypothetical protein  32.89 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730739  normal  0.132997 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3765  hypothetical protein  32.89 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00105538  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4692  hypothetical protein  32.89 
 
 		 428 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.287594  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0325  Sporulation domain protein  34.84 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.133958  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3664  hypothetical protein  32.89 
 
 		 428 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00402866  normal  0.034061 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0996  hypothetical protein  23.33 
 
 		 483 aa  67  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0262  hypothetical protein  32.23 
 
 		 350 aa  65.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.165838  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0965  hypothetical protein  22.81 
 
 		 483 aa  64.3  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0340  hypothetical protein  31.45 
 
 		 349 aa  64.3  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3584  hypothetical protein  35.71 
 
 		 432 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000527215  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03192  hypothetical protein  35.71 
 
 		 428 aa  62  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.239022  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03240  hypothetical protein  35.71 
 
 		 428 aa  62  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.213726  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3853  hypothetical protein  35.71 
 
 		 425 aa  61.6  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.213422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3757  hypothetical protein  35.71 
 
 		 425 aa  61.6  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3791  hypothetical protein  35.71 
 
 		 425 aa  61.6  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0131119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3682  hypothetical protein  35.71 
 
 		 425 aa  61.6  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3684  hypothetical protein  35.71 
 
 		 425 aa  61.6  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000073089  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3801  hypothetical protein  32.14 
 
 		 426 aa  60.8  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.355591 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3078  cellulosome anchoring protein, cohesin region  25.15 
 
 		 2313 aa  59.3  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4603  hypothetical protein  32.56 
 
 		 340 aa  59.3  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000306505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0227  hypothetical protein  29.27 
 
 		 329 aa  57.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00312118  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3725  hypothetical protein  29.27 
 
 		 329 aa  57.8  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000388489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3964  hypothetical protein  29.27 
 
 		 329 aa  57.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000242924  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0883  AAA ATPase  27.2 
 
 		 320 aa  57.4  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4035  AAA ATPase  23.91 
 
 		 532 aa  55.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.267259  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4058  hypothetical protein  27.27 
 
 		 336 aa  55.5  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000083596  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002369  MSHA biogenesis protein MshM  27.37 
 
 		 261 aa  55.1  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0833  sporulation domain-containing protein  25.86 
 
 		 491 aa  55.1  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.210508  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0610  pullulanase, type I  46.88 
 
 		 1888 aa  55.1  0.000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2026  ATPase  26.59 
 
 		 385 aa  54.7  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.328759 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3404  ATPas  27.85 
 
 		 459 aa  54.3  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2016  ATPase  26.34 
 
 		 338 aa  54.7  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0267  type 3a, cellulose-binding  25.08 
 
 		 671 aa  53.1  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2219  secretion ATPase, PEP-CTERM locus subfamily  26.45 
 
 		 395 aa  52.8  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0964042  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0765  type II secretory pathway component ATPase  28.34 
 
 		 323 aa  51.6  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00521912  normal  0.0426164 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2735  general secretion pathway protein-related protein  28.69 
 
 		 274 aa  51.2  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.052626  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0104  sporulation domain-containing protein  22.4 
 
 		 507 aa  51.6  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03697  Type II secretory pathway, component ExeA  26.84 
 
 		 261 aa  51.6  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1537  general secretion pathway protein-related protein  23.61 
 
 		 540 aa  51.2  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.259719  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0266  Sporulation domain protein  25.12 
 
 		 616 aa  51.2  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.949989  normal  0.15172 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1483  peptidoglycan binding domain-containing protein  23.22 
 
 		 536 aa  50.8  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5029  putative general secretion pathway protein A  26.89 
 
 		 346 aa  50.4  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.372214  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4575  MSHA biogenesis protein MshM  30.35 
 
 		 300 aa  50.4  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3881  hypothetical protein  25.58 
 
 		 338 aa  50.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.234173  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3594  putative general secretion pathway protein A  23.51 
 
 		 357 aa  48.9  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2827  general secretion pathway protein-related protein  28.69 
 
 		 274 aa  49.3  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.088397  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2919  general secretion pathway protein-related protein  28.69 
 
 		 274 aa  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00976352  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0550  ATPase, Type II secretory pathway component  26.69 
 
 		 437 aa  48.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3346  MSHA biogenesis protein MshM  27.87 
 
 		 304 aa  47.8  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.158291  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2204  hypothetical protein  24.08 
 
 		 491 aa  47.8  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00510376  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2300  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  23.67 
 
 		 532 aa  47.4  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3892  sporulation domain-containing protein  24.52 
 
 		 471 aa  47  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.598853  normal  0.606435 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0377  sporulation domain-containing protein  26.32 
 
 		 467 aa  47  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22835  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2525  ATPase  25.19 
 
 		 334 aa  47  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0430753  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02603  putative general secretion pathway protein A  28.76 
 
 		 389 aa  45.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0636367  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3032  Sporulation domain protein  31.29 
 
 		 506 aa  45.8  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0569801  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1925  putative ATPase  26.05 
 
 		 749 aa  45.8  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.118483  hitchhiker  0.0000000000629978 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1924  hypothetical protein  26 
 
 		 414 aa  45.8  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.42704  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03300  microtubule binding protein, putative  45.9 
 
 		 694 aa  45.4  0.003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.904557  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0836  hypothetical protein  31.93 
 
 		 268 aa  45.1  0.003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000351202 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3505  secretion ATPase  25.1 
 
 		 831 aa  44.7  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000001058 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1305  protein-glutamate O-methyltransferase  51.79 
 
 		 426 aa  44.7  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00140607 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1031  general secretion pathway protein A  24.27 
 
 		 563 aa  44.7  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0032  translation initiation factor IF-2  41.03 
 
 		 1016 aa  44.3  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.247962 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>