More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0732 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0732  ribosomal protein S4  100 
 
 		 202 aa  413  9.999999999999999e-116  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.50126  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  44.71 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  45.19 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0264  30S ribosomal protein S4  43.69 
 
 		 204 aa  155  3e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  43.13 
 
 		 208 aa  154  7e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  41.67 
 
 		 201 aa  152  2e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  42.79 
 
 		 208 aa  153  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  43.75 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  41.83 
 
 		 208 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  43.27 
 
 		 208 aa  149  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  41.83 
 
 		 208 aa  150  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  42.79 
 
 		 208 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  42.16 
 
 		 200 aa  149  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 203 aa  147  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  43.2 
 
 		 200 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  41.35 
 
 		 208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 208 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 201 aa  144  7.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  42.79 
 
 		 208 aa  144  1e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  41.35 
 
 		 208 aa  144  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  39.9 
 
 		 206 aa  143  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1548  ribosomal protein S4  43.11 
 
 		 197 aa  143  2e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  40.87 
 
 		 208 aa  143  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3137  30S ribosomal protein S4  40.2 
 
 		 201 aa  143  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0424686  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  41.83 
 
 		 208 aa  142  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  42.38 
 
 		 208 aa  142  4e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4939  ribosomal protein S4  39.34 
 
 		 211 aa  142  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00864494  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  40.95 
 
 		 207 aa  141  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  38.54 
 
 		 201 aa  141  7e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  41.35 
 
 		 206 aa  140  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  40.28 
 
 		 208 aa  139  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  38.46 
 
 		 206 aa  139  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0077  ribosomal protein S4  42.18 
 
 		 207 aa  139  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  38.94 
 
 		 208 aa  138  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0418  30S ribosomal protein S4  36.89 
 
 		 206 aa  138  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  38.16 
 
 		 206 aa  138  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0075  ribosomal protein S4  42.18 
 
 		 207 aa  138  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000794352 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  39.22 
 
 		 201 aa  138  7e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  40.67 
 
 		 209 aa  137  7e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0394  30S ribosomal protein S4  36.41 
 
 		 206 aa  137  8.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  40.1 
 
 		 203 aa  137  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0437  ribosomal protein S4  39.42 
 
 		 203 aa  137  1e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000069036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0171  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.92 
 
 		 200 aa  137  1e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.295675 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  41.43 
 
 		 207 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  39.61 
 
 		 206 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  38.65 
 
 		 206 aa  136  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  43.5 
 
 		 208 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  40.48 
 
 		 207 aa  136  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  43.5 
 
 		 208 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  39.13 
 
 		 206 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  43.5 
 
 		 208 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0874  30S ribosomal protein S4  40.8 
 
 		 205 aa  136  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000157973  normal  0.0803992 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1018  30S ribosomal protein S4  40.8 
 
 		 205 aa  136  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000010559  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  37.56 
 
 		 202 aa  136  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  39.61 
 
 		 206 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  39.81 
 
 		 208 aa  135  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  39.61 
 
 		 203 aa  135  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  41.35 
 
 		 206 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0292  30S ribosomal protein S4  38.28 
 
 		 207 aa  135  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188387  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0478  30S ribosomal protein S4  39.13 
 
 		 206 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269214 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  43.5 
 
 		 208 aa  135  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0511  30S ribosomal protein S4  39.13 
 
 		 206 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595592  normal  0.0197267 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  39.52 
 
 		 208 aa  135  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4252  ribosomal protein S4  40.1 
 
 		 206 aa  135  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019621  unclonable  0.00000000000276102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  39.52 
 
 		 207 aa  135  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  39.05 
 
 		 207 aa  135  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  39.61 
 
 		 206 aa  135  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  38.65 
 
 		 206 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  39.51 
 
 		 203 aa  134  8e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  40.49 
 
 		 203 aa  134  8e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05845  30S ribosomal protein S4  37.86 
 
 		 201 aa  134  8e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.16626  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 207 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  38.65 
 
 		 206 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2607  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 207 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  39.05 
 
 		 207 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3503  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 207 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3751  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 207 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379241  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3144  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 207 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.171557  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3721  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 207 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.471129  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3779  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 207 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1949  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 207 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  39.05 
 
 		 207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  39.71 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0339  30S ribosomal protein S4  41.43 
 
 		 207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.411098  normal  0.0560525 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.95 
 
 		 208 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  39.05 
 
 		 207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  39.05 
 
 		 207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  38.65 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  37.75 
 
 		 200 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  38.28 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  39.05 
 
 		 207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  38.65 
 
 		 206 aa  132  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  37.8 
 
 		 206 aa  132  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  39.13 
 
 		 203 aa  132  3e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0292  30S ribosomal protein S4  38.57 
 
 		 213 aa  132  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  37.68 
 
 		 206 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  38.65 
 
 		 203 aa  132  3.9999999999999996e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0482  SSU ribosomal protein S4P  36.84 
 
 		 206 aa  132  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3619  30S ribosomal protein S4  40.95 
 
 		 207 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00390122  hitchhiker  0.00000000725029 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  39.52 
 
 		 207 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>