More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5084 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5084  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 		 311 aa  610  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.599555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2876  ribokinase-like domain-containing protein  40.79 
 
 		 312 aa  199  5e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.421827  normal  0.258562 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2510  carbohydrate kinase, PfkB  38.44 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3070  ribokinase-like domain-containing protein  43.12 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0399  ribokinase-like domain-containing protein  40.78 
 
 		 326 aa  180  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0392221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3280  2-keto-3-deoxygluconate kinase  35.58 
 
 		 312 aa  178  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3989  normal  0.0530742 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2782  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  38.89 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.191154  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4546  PfkB domain protein  43.31 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872695  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1269  2-keto-3-deoxygluconate kinase  37.68 
 
 		 296 aa  177  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0299866 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0082  PfkB domain protein  36.18 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3085  2-keto-3-deoxygluconate kinase  38.82 
 
 		 311 aa  175  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0836  PfkB  37 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.252584  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0086  PfkB domain protein  35.86 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3923  2-keto-3-deoxygluconate kinase  34.75 
 
 		 309 aa  172  7.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4075  PfkB domain protein  36.51 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3887  PfkB domain protein  37.17 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2656  2-keto-3-deoxygluconate kinase  35.86 
 
 		 312 aa  168  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000013903  normal  0.883759 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0130  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  35.92 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.760619 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3006  ribokinase-like domain-containing protein  40 
 
 		 325 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170854 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0187  PfkB domain protein  34.87 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0191  ribokinase-like domain-containing protein  34.87 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3831  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  34.87 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.15496 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3729  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  34.87 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2125  2-keto-3-deoxygluconate kinase  38.81 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4890  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  34.87 
 
 		 309 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.327816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4014  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  34.87 
 
 		 309 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2477  ribokinase-like domain-containing protein  37.66 
 
 		 325 aa  165  8e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000321874 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03374  ketodeoxygluconokinase  34.87 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3932  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  35.08 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03327  hypothetical protein  34.87 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1308  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  35.08 
 
 		 331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000271255  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2574  2-keto-3-deoxygluconate kinase  39.8 
 
 		 299 aa  162  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.751635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0939  2-keto-3-deoxygluconate kinase  36.31 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170609  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1367  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  35 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000226917  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0101  ribokinase-like domain-containing protein  33.22 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4070  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  33.22 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.254909 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4062  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  33.22 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0849  putative 2-dehydro-3-deoxygluconokinase  38.13 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3657  PfkB  30.69 
 
 		 307 aa  159  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0858  2-dehydro-3-deoxygluconokinase, putative  38.54 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.341435  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4750  ribokinase-like domain-containing protein  34.43 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06349  hypothetical protein  36.93 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0260  2-keto-3-deoxygluconate kinase  39.49 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3109  PfkB domain protein  36.51 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1665  ribokinase-like domain-containing protein  43.51 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.304244  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1890  2-keto-3-deoxygluconate kinase  39.93 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0103461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000918  2-dehydro-3-deoxygluconate kinase  32.27 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3107  ribokinase-like domain-containing protein  30.9 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2321  ribokinase-like domain-containing protein  37.38 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.96044 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2368  ribokinase-like domain-containing protein  36.21 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3890  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  35.88 
 
 		 304 aa  146  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5059  ribokinase-like domain-containing protein  38.61 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.542139 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3864  2-keto-3-deoxygluconate kinase  34 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0735701 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2840  PfkB domain protein  36.7 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2141  ribokinase-like domain-containing protein  39.53 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.117677  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3673  2-keto-3-deoxygluconate kinase  38.49 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.151137  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1969  PfkB  28.71 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.151768  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4495  2-keto-3-deoxygluconate kinase  35.14 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.964854  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2414  ribokinase-like domain-containing protein  37.75 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.322028  normal  0.348643 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4023  PfkB  34.8 
 
 		 311 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102186  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04804  sugar kinase  32.91 
 
 		 258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1857  ribokinase-like domain-containing protein  37.99 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.96427  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4769  2-Keto-3-deoxygluconate kinase  34.09 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4308  PfkB domain protein  35.23 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.600778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0490  2-keto-3-deoxygluconate kinase  40.24 
 
 		 250 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4198  PfkB domain protein  35.23 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2753  PfkB  31.88 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.116104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5091  PfkB  34.31 
 
 		 309 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0275  PfkB domain-containing protein  33.55 
 
 		 312 aa  99.8  5e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1489  ribokinase-like domain-containing protein  31.42 
 
 		 308 aa  95.5  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.538606  normal  0.0997526 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0936  PfkB  31.77 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0963  PfkB  31.77 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.371081  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05074  putative fructokinase-like protein (sugar kinase)  34.78 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1630  PfkB domain protein  32.56 
 
 		 341 aa  93.6  4e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00666  Sugar kinase, ribokinase family protein  28.88 
 
 		 322 aa  93.2  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2260  carbohydrate kinase  33 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.11211  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1849  PfkB domain protein  31.31 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541004  normal  0.0446674 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1806  ribokinase-like domain-containing protein  31.65 
 
 		 308 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.420282 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2278  PfkB domain protein  28.67 
 
 		 327 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.741137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2461  ribokinase-like domain-containing protein  33.65 
 
 		 316 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.281644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5081  ribokinase family sugar kinase  30.64 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.89362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6298  PfkB  31.31 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1781  ribokinase-like domain-containing protein  31.31 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.630486  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3485  PfkB domain protein  28.36 
 
 		 347 aa  87.4  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000598  fructokinase  27.13 
 
 		 337 aa  86.7  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00217717  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2797  carbohydrate kinase  31.76 
 
 		 308 aa  86.3  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.375815  normal  0.409466 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2652  PfkB domain protein  33.33 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0836  PfkB  31.41 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.408369  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1268  PfkB domain protein  31.18 
 
 		 333 aa  85.1  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.63046  normal  0.760626 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1088  PfkB domain protein  28.28 
 
 		 315 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.332998  normal  0.446333 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4798  ribokinase-like domain-containing protein  29.58 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.28126  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1721  ribokinase-like domain-containing protein  31.31 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2556  PfkB domain protein  33.54 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0308577  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2336  ribokinase family sugar kinase  31.08 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197466  normal  0.0950231 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1694  ribokinase-like domain-containing protein  30.98 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19960  PfkB domain protein  26.9 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1980  sugar (2-ketogluconate) kinase  28.67 
 
 		 327 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0210202 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2905  aminoimidazole riboside kinase  30.17 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00998461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2239  ribokinase-like domain-containing protein  34.39 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0616  ribokinase-like domain-containing protein  27.44 
 
 		 315 aa  82.4  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00109848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>