More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5059 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5059  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 		 305 aa  601  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.542139 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2477  ribokinase-like domain-containing protein  47.33 
 
 		 325 aa  258  8e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000321874 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3890  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  48.67 
 
 		 304 aa  258  8e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3109  PfkB domain protein  47.99 
 
 		 306 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2321  ribokinase-like domain-containing protein  49.17 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.96044 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2574  2-keto-3-deoxygluconate kinase  46.1 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.751635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2840  PfkB domain protein  48.81 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2141  ribokinase-like domain-containing protein  52.9 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.117677  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3864  2-keto-3-deoxygluconate kinase  45.58 
 
 		 295 aa  232  7.000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0735701 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2414  ribokinase-like domain-containing protein  52.54 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.322028  normal  0.348643 
 
 
-
 
NC_004310  BR0858  2-dehydro-3-deoxygluconokinase, putative  45.15 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.341435  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0849  putative 2-dehydro-3-deoxygluconokinase  44.97 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2368  ribokinase-like domain-containing protein  43.81 
 
 		 305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4495  2-keto-3-deoxygluconate kinase  44.37 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.964854  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2510  carbohydrate kinase, PfkB  42.14 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2782  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  42.35 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.191154  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4890  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  38.96 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.327816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3932  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  39.29 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2656  2-keto-3-deoxygluconate kinase  38.59 
 
 		 312 aa  189  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000013903  normal  0.883759 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03374  ketodeoxygluconokinase  38.64 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4014  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  38.64 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03327  hypothetical protein  38.64 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0187  PfkB domain protein  38.64 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3729  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  38.64 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0191  ribokinase-like domain-containing protein  38.64 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3831  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  38.64 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.15496 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0399  ribokinase-like domain-containing protein  43.89 
 
 		 326 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0392221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2876  ribokinase-like domain-containing protein  40.2 
 
 		 312 aa  183  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.421827  normal  0.258562 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4075  PfkB domain protein  38.89 
 
 		 310 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000918  2-dehydro-3-deoxygluconate kinase  37.41 
 
 		 309 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4750  ribokinase-like domain-containing protein  37.05 
 
 		 310 aa  181  9.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1308  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.5 
 
 		 331 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000271255  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3006  ribokinase-like domain-containing protein  42.05 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170854 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0101  ribokinase-like domain-containing protein  37.01 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4070  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.01 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.254909 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4062  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.01 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0086  PfkB domain protein  37.58 
 
 		 310 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3923  2-keto-3-deoxygluconate kinase  35.86 
 
 		 309 aa  178  8e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0836  PfkB  36.58 
 
 		 315 aa  178  9e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.252584  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1367  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.16 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000226917  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0490  2-keto-3-deoxygluconate kinase  52.63 
 
 		 250 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0082  PfkB domain protein  37.25 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3887  PfkB domain protein  38.83 
 
 		 310 aa  177  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1269  2-keto-3-deoxygluconate kinase  37.63 
 
 		 296 aa  177  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0299866 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0130  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.71 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.760619 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1857  ribokinase-like domain-containing protein  47.76 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.96427  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3280  2-keto-3-deoxygluconate kinase  34.1 
 
 		 312 aa  172  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3989  normal  0.0530742 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1890  2-keto-3-deoxygluconate kinase  39.26 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0103461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4546  PfkB domain protein  42.86 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872695  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3085  2-keto-3-deoxygluconate kinase  39.66 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0939  2-keto-3-deoxygluconate kinase  37.66 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170609  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3107  ribokinase-like domain-containing protein  34.56 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3673  2-keto-3-deoxygluconate kinase  41.98 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.151137  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3070  ribokinase-like domain-containing protein  41.47 
 
 		 312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0260  2-keto-3-deoxygluconate kinase  39 
 
 		 325 aa  162  5.0000000000000005e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1969  PfkB  33.33 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.151768  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5084  ribokinase-like domain-containing protein  38.61 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.599555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2125  2-keto-3-deoxygluconate kinase  38.41 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3657  PfkB  30.13 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1665  ribokinase-like domain-containing protein  41.14 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.304244  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04804  sugar kinase  35.95 
 
 		 258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06349  hypothetical protein  32 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2902  PfkB  33.55 
 
 		 345 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.358173  normal  0.264738 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5029  ribokinase family sugar kinase  35.21 
 
 		 330 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.351369 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1746  ribokinase-like domain-containing protein  33.56 
 
 		 330 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.931195 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6346  PfkB  33.56 
 
 		 330 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1733  ribokinase-like domain-containing protein  33.56 
 
 		 330 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26890  2-ketogluconate kinase  33.22 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00940196  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1654  ribokinase-like domain-containing protein  34.83 
 
 		 330 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.909879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2380  ribokinase-like domain-containing protein  32.57 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1654  ribokinase-like domain-containing protein  34.46 
 
 		 330 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.290792  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3378  PfkB domain protein  33.12 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0607501 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1737  PfkB  33.1 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.482727  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2566  ribokinase-like domain-containing protein  34.32 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.255946  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2067  ribokinase-like domain-containing protein  34.44 
 
 		 324 aa  112  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0314864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2569  ribokinase-like domain-containing protein  31.48 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1980  sugar (2-ketogluconate) kinase  31.97 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0210202 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2278  PfkB domain protein  30.95 
 
 		 327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.741137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4023  PfkB  33.95 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102186  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3414  PfkB domain protein  34.24 
 
 		 317 aa  109  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1526  ribokinase-like domain-containing protein  33.22 
 
 		 328 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.198304  normal  0.764115 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0961  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  35.57 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0169  ribokinase-like domain-containing protein  33.01 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0690  PfkB domain protein  31.86 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.107436  normal  0.316336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3707  ribokinase-like domain-containing protein  30.9 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.973516 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3559  ribokinase-like domain-containing protein  33.79 
 
 		 340 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2288  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  35.23 
 
 		 329 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2154  putative 2-keto-gluconokinase  35.23 
 
 		 329 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.376694  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1253  ribokinase-like domain-containing protein  31.29 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0781765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2096  putative 2-keto-gluconokinase  34.9 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2704  PfkB domain protein  31.47 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5091  PfkB  34.4 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0275  PfkB domain-containing protein  33 
 
 		 312 aa  103  4e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35340  putative 2-ketogluconate kinase  33.01 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00857937  normal  0.115887 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0756  PfkB domain protein  31.19 
 
 		 329 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0819977  normal  0.156556 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0936  PfkB  34.16 
 
 		 308 aa  103  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0963  PfkB  34.16 
 
 		 308 aa  103  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.371081  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2296  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  34.12 
 
 		 329 aa  102  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1486  ribokinase-like domain-containing protein  30.9 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0115  PfkB domain protein  25.91 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>