More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3107 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3107  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 		 313 aa  645    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3657  PfkB  51.47 
 
 		 307 aa  343  2e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1969  PfkB  42.62 
 
 		 318 aa  258  6e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.151768  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2656  2-keto-3-deoxygluconate kinase  41.56 
 
 		 312 aa  254  9e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000013903  normal  0.883759 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4750  ribokinase-like domain-containing protein  37.95 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0836  PfkB  39.19 
 
 		 315 aa  222  8e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.252584  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000918  2-dehydro-3-deoxygluconate kinase  40 
 
 		 309 aa  221  9e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2510  carbohydrate kinase, PfkB  39.33 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2782  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  38.74 
 
 		 307 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.191154  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4070  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.38 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.254909 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4062  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.38 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0101  ribokinase-like domain-containing protein  37.38 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0130  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  39.67 
 
 		 322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.760619 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3887  PfkB domain protein  36.3 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03374  ketodeoxygluconokinase  36.63 
 
 		 309 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03327  hypothetical protein  36.63 
 
 		 309 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4014  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  36.63 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0187  PfkB domain protein  36.63 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3831  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  36.63 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.15496 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4890  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  36.63 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.327816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0191  ribokinase-like domain-containing protein  36.63 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3729  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  36.63 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4075  PfkB domain protein  35.76 
 
 		 310 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3932  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  36.3 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0082  PfkB domain protein  36.3 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3085  2-keto-3-deoxygluconate kinase  38.98 
 
 		 311 aa  206  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3923  2-keto-3-deoxygluconate kinase  36.18 
 
 		 309 aa  205  8e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1308  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.16 
 
 		 331 aa  203  3e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000271255  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0086  PfkB domain protein  35.64 
 
 		 310 aa  201  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1367  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  36.82 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000226917  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2876  ribokinase-like domain-containing protein  37.33 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.421827  normal  0.258562 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3280  2-keto-3-deoxygluconate kinase  34.08 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3989  normal  0.0530742 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0260  2-keto-3-deoxygluconate kinase  36.21 
 
 		 325 aa  192  7e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3006  ribokinase-like domain-containing protein  35.79 
 
 		 325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170854 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2477  ribokinase-like domain-containing protein  33.12 
 
 		 325 aa  189  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000321874 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4546  PfkB domain protein  35.93 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872695  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3070  ribokinase-like domain-containing protein  34.8 
 
 		 312 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2125  2-keto-3-deoxygluconate kinase  34.46 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0939  2-keto-3-deoxygluconate kinase  33.64 
 
 		 318 aa  182  9.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170609  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1269  2-keto-3-deoxygluconate kinase  33.8 
 
 		 296 aa  182  9.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0299866 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3109  PfkB domain protein  34.95 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3890  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  34.54 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2574  2-keto-3-deoxygluconate kinase  35.33 
 
 		 299 aa  172  7.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.751635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2368  ribokinase-like domain-containing protein  36.22 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1890  2-keto-3-deoxygluconate kinase  30.36 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0103461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0399  ribokinase-like domain-containing protein  34.46 
 
 		 326 aa  169  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0392221  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0858  2-dehydro-3-deoxygluconokinase, putative  35.12 
 
 		 305 aa  169  8e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.341435  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2840  PfkB domain protein  35.96 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0849  putative 2-dehydro-3-deoxygluconokinase  35.23 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06349  hypothetical protein  33 
 
 		 314 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2321  ribokinase-like domain-containing protein  35.4 
 
 		 310 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.96044 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2414  ribokinase-like domain-containing protein  34.68 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.322028  normal  0.348643 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3864  2-keto-3-deoxygluconate kinase  33.33 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0735701 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2141  ribokinase-like domain-containing protein  35.37 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.117677  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3673  2-keto-3-deoxygluconate kinase  36.56 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.151137  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1665  ribokinase-like domain-containing protein  35.57 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.304244  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01471  putative ketodeoxygluconokinase  50.69 
 
 		 153 aa  156  4e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01490  putative ketodeoxygluconokinase  48.41 
 
 		 172 aa  156  4e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04804  sugar kinase  33.33 
 
 		 258 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5059  ribokinase-like domain-containing protein  34.56 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.542139 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4495  2-keto-3-deoxygluconate kinase  33.56 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.964854  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5084  ribokinase-like domain-containing protein  30.9 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.599555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0490  2-keto-3-deoxygluconate kinase  35.32 
 
 		 250 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1857  ribokinase-like domain-containing protein  32.59 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.96427  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0275  PfkB domain-containing protein  31.39 
 
 		 312 aa  122  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2753  PfkB  29.25 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.116104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4023  PfkB  31.31 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102186  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1849  PfkB domain protein  29.69 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541004  normal  0.0446674 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4769  2-Keto-3-deoxygluconate kinase  30.57 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2704  PfkB domain protein  28.57 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5081  ribokinase family sugar kinase  28.71 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.89362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2905  aminoimidazole riboside kinase  27.13 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00998461  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1382  PfkB domain protein  27.02 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.847746  normal  0.299274 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4308  PfkB domain protein  28.73 
 
 		 308 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.600778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4198  PfkB domain protein  28.73 
 
 		 308 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0949  ribokinase-like domain-containing protein  26.3 
 
 		 301 aa  99  8e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.206012 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2336  ribokinase family sugar kinase  28.67 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197466  normal  0.0950231 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0974  ribokinase-like domain-containing protein  29.1 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.715323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2067  ribokinase-like domain-containing protein  29.67 
 
 		 324 aa  95.9  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0314864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2438  PfkB domain protein  27.55 
 
 		 323 aa  95.1  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5091  PfkB  27.04 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1489  ribokinase-like domain-containing protein  28.71 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.538606  normal  0.0997526 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000598  fructokinase  27.3 
 
 		 337 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00217717  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0115  PfkB domain protein  26.69 
 
 		 313 aa  94.4  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1806  ribokinase-like domain-containing protein  28.71 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.420282 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6298  PfkB  28.38 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1781  ribokinase-like domain-containing protein  28.38 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.630486  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2566  ribokinase-like domain-containing protein  28.38 
 
 		 316 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.255946  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0936  PfkB  26.1 
 
 		 308 aa  92.8  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0963  PfkB  26.1 
 
 		 308 aa  92.8  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.371081  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2260  carbohydrate kinase  27.87 
 
 		 308 aa  92.8  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.11211  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0615  PfkB  25.88 
 
 		 317 aa  92.4  9e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2326  carbohydrate kinase  28.85 
 
 		 308 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.473076  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0971  aminoimidazole riboside kinase  27.24 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00309121  normal  0.0346902 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2096  putative 2-keto-gluconokinase  26.09 
 
 		 329 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2161  PfkB family kinase  28.85 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.971976  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0961  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  26.09 
 
 		 329 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2198  PfkB family kinase  28.85 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.107305  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1119  ribokinase-like domain-containing protein  27.61 
 
 		 322 aa  91.7  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2019  aminoimidazole riboside kinase  25.93 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0270358  normal  0.162694 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>