More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3890 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3890  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  100 
 
 		 304 aa  612  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2414  ribokinase-like domain-containing protein  57.97 
 
 		 302 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.322028  normal  0.348643 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2141  ribokinase-like domain-containing protein  55.07 
 
 		 302 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.117677  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3864  2-keto-3-deoxygluconate kinase  48.32 
 
 		 295 aa  264  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0735701 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3109  PfkB domain protein  49.5 
 
 		 306 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2840  PfkB domain protein  49.17 
 
 		 306 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2321  ribokinase-like domain-containing protein  49.33 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.96044 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2574  2-keto-3-deoxygluconate kinase  48.82 
 
 		 299 aa  261  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.751635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5059  ribokinase-like domain-containing protein  48.67 
 
 		 305 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.542139 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4495  2-keto-3-deoxygluconate kinase  51.51 
 
 		 304 aa  242  7e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.964854  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2477  ribokinase-like domain-containing protein  46.44 
 
 		 325 aa  241  9e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000321874 
 
 
-
 
NC_004310  BR0858  2-dehydro-3-deoxygluconokinase, putative  44.41 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.341435  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2368  ribokinase-like domain-containing protein  43.39 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0849  putative 2-dehydro-3-deoxygluconokinase  44.41 
 
 		 305 aa  231  9e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1857  ribokinase-like domain-containing protein  49.66 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.96427  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0490  2-keto-3-deoxygluconate kinase  54.4 
 
 		 250 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0130  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  39.53 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.760619 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1308  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  38.44 
 
 		 331 aa  197  3e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000271255  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2876  ribokinase-like domain-containing protein  39.93 
 
 		 312 aa  196  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.421827  normal  0.258562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2782  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  40.53 
 
 		 307 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.191154  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2510  carbohydrate kinase, PfkB  41.25 
 
 		 307 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1367  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  38.36 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000226917  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3923  2-keto-3-deoxygluconate kinase  36.88 
 
 		 309 aa  192  4e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3070  ribokinase-like domain-containing protein  42.72 
 
 		 312 aa  189  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4890  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  38.03 
 
 		 309 aa  187  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.327816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3657  PfkB  36.12 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4546  PfkB domain protein  42.14 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872695  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0187  PfkB domain protein  37.7 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4014  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.7 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3831  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.7 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.15496 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3729  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.7 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0191  ribokinase-like domain-containing protein  37.7 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03374  ketodeoxygluconokinase  37.38 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03327  hypothetical protein  37.38 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000918  2-dehydro-3-deoxygluconate kinase  39.13 
 
 		 309 aa  185  7e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0086  PfkB domain protein  36.16 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2656  2-keto-3-deoxygluconate kinase  36.03 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000013903  normal  0.883759 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3932  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  37.38 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4750  ribokinase-like domain-containing protein  36.36 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3085  2-keto-3-deoxygluconate kinase  39.53 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3006  ribokinase-like domain-containing protein  39.67 
 
 		 325 aa  181  1e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170854 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4075  PfkB domain protein  36.69 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4062  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  35.58 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4070  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  35.58 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.254909 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0101  ribokinase-like domain-containing protein  35.58 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1269  2-keto-3-deoxygluconate kinase  38.01 
 
 		 296 aa  178  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0299866 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0082  PfkB domain protein  35.5 
 
 		 310 aa  177  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0836  PfkB  37.58 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.252584  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2125  2-keto-3-deoxygluconate kinase  40.64 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3107  ribokinase-like domain-containing protein  34.54 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3887  PfkB domain protein  37.54 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3280  2-keto-3-deoxygluconate kinase  34.32 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3989  normal  0.0530742 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1665  ribokinase-like domain-containing protein  41.91 
 
 		 311 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.304244  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0399  ribokinase-like domain-containing protein  39.27 
 
 		 326 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0392221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1969  PfkB  31.46 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.151768  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04804  sugar kinase  38.52 
 
 		 258 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0939  2-keto-3-deoxygluconate kinase  36.62 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170609  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5084  ribokinase-like domain-containing protein  35.88 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.599555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3673  2-keto-3-deoxygluconate kinase  37.86 
 
 		 290 aa  142  7e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.151137  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1890  2-keto-3-deoxygluconate kinase  37.12 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0103461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0260  2-keto-3-deoxygluconate kinase  32.9 
 
 		 325 aa  136  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06349  hypothetical protein  32.69 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1737  PfkB  31.89 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.482727  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0275  PfkB domain-containing protein  33.55 
 
 		 312 aa  107  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0115  PfkB domain protein  26.53 
 
 		 313 aa  107  4e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3414  PfkB domain protein  30.98 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2067  ribokinase-like domain-containing protein  33.11 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0314864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2380  ribokinase-like domain-containing protein  30 
 
 		 316 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3378  PfkB domain protein  30.32 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0607501 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2704  PfkB domain protein  32.12 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2566  ribokinase-like domain-containing protein  30.69 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.255946  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2278  PfkB domain protein  31.79 
 
 		 327 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.741137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3707  ribokinase-like domain-containing protein  29.9 
 
 		 319 aa  99.8  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.973516 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18220  Fructokinase  27.76 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.749798  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1486  ribokinase-like domain-containing protein  30.46 
 
 		 315 aa  97.4  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01471  putative ketodeoxygluconokinase  42.28 
 
 		 153 aa  96.7  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5479  PfkB domain protein  33.11 
 
 		 321 aa  95.5  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0936  PfkB  30 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0963  PfkB  30 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.371081  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4395  aminoimidazole riboside kinase  27.74 
 
 		 319 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0274  PfkB  31.87 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2979  putative 2-ketogluconate kinase  30.82 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.441094  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1849  PfkB domain protein  30.66 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541004  normal  0.0446674 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1980  sugar (2-ketogluconate) kinase  29.73 
 
 		 327 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0210202 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2753  PfkB  28.83 
 
 		 308 aa  92.4  9e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.116104  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0961  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  29.87 
 
 		 329 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2288  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  30.19 
 
 		 329 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2154  putative 2-keto-gluconokinase  30.19 
 
 		 329 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.376694  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3559  ribokinase-like domain-containing protein  32.03 
 
 		 340 aa  90.5  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4397  aminoimidazole riboside kinase  27.74 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1253  ribokinase-like domain-containing protein  30.23 
 
 		 320 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0781765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2096  putative 2-keto-gluconokinase  29.56 
 
 		 329 aa  89.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2296  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  29.87 
 
 		 329 aa  89.4  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26890  2-ketogluconate kinase  29.29 
 
 		 314 aa  89.4  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00940196  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0949  ribokinase-like domain-containing protein  29.33 
 
 		 301 aa  89  8e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.206012 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1741  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  27.6 
 
 		 270 aa  89  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35340  putative 2-ketogluconate kinase  29.51 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00857937  normal  0.115887 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4283  aminoimidazole riboside kinase  27.1 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0502  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  28.2 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0169  ribokinase-like domain-containing protein  29.57 
 
 		 312 aa  87  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>