More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1833 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_1833  50S ribosomal protein L1P  100 
 
 		 222 aa  434  1e-121  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.927774 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1655  50S ribosomal protein L1P  82.88 
 
 		 222 aa  373  1e-102  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1601  50S ribosomal protein L1P  79.73 
 
 		 222 aa  361  4e-99  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.670719  normal  0.978998 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0465  50S ribosomal protein L1P  81.08 
 
 		 222 aa  361  4e-99  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.464703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1928  50S ribosomal protein L1P  50.47 
 
 		 216 aa  210  1e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0223  50S ribosomal protein L1P  51.2 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.449707  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1581  50S ribosomal protein L1P  37.74 
 
 		 213 aa  160  2e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000241017  hitchhiker  0.00650077 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1421  50S ribosomal protein L1P  39.52 
 
 		 212 aa  159  4e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0189  50S ribosomal protein L1P  44.6 
 
 		 213 aa  157  1e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0413  50S ribosomal protein L1P  38.68 
 
 		 213 aa  156  2e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0692285  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0656  50S ribosomal protein L1P  36.45 
 
 		 215 aa  157  2e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000420977  normal  0.316109 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0862  ribosomal protein L1  43.13 
 
 		 213 aa  154  1e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0163  50S ribosomal protein L1P  36.15 
 
 		 214 aa  149  4e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.636993 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2251  50S ribosomal protein L1P  34.74 
 
 		 214 aa  145  4.0000000000000006e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00000243616  normal  0.144507 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1273  50S ribosomal protein L1P  39 
 
 		 213 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1413  50S ribosomal protein L1P  37.68 
 
 		 213 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0693  50S ribosomal protein L1P  36.71 
 
 		 213 aa  137  1e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1263  50S ribosomal protein L1P  36.71 
 
 		 213 aa  137  1e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.968535  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1316  ribosomal protein L1  36.28 
 
 		 218 aa  134  9e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.685162  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0382  50S ribosomal protein L1  34.76 
 
 		 220 aa  124  1e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.929915 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1946  50S ribosomal protein L1P  32.06 
 
 		 213 aa  124  1e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0223976  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1635  50S ribosomal protein L1P  33.65 
 
 		 218 aa  124  2e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0573324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0614  50S ribosomal protein L1P  33.49 
 
 		 213 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0481513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0254  50S ribosomal protein L1P  38.61 
 
 		 212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2186  50S ribosomal protein L1P  36.14 
 
 		 212 aa  112  4.0000000000000004e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2535  50S ribosomal protein L1P  35.35 
 
 		 212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.305257  normal  0.182251 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1517  ribosomal protein L1  32.18 
 
 		 210 aa  94.4  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3518  ribosomal protein L1  32.18 
 
 		 210 aa  92.8  4e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0613577  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1344  50S ribosomal protein L1  32.11 
 
 		 231 aa  85.1  7e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0377064  normal  0.0460128 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2726  ribosomal protein L1  30.87 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181132  normal  0.31349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3691  50S ribosomal protein L1  30.41 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1324  ribosomal protein L1  33 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0388  ribosomal protein L1  34.8 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3037  50S ribosomal protein L1  32.73 
 
 		 231 aa  81.6  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0489009 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0336  50S ribosomal protein L1  30.18 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28407  normal  0.840151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1702  50S ribosomal protein L1  30.18 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.311882  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  31.7 
 
 		 232 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2278  50S ribosomal protein L1  29.49 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0350  50S ribosomal protein L1  30.18 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.81183  normal  0.731209 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0301  50S ribosomal protein L1  32.74 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000226656  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  31.67 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  31.67 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  31.67 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  31.67 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3317  50S ribosomal protein L1  31.82 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  31.67 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  31.67 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3200  50S ribosomal protein L1  28.24 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  31.67 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  31.67 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2970  50S ribosomal protein L1  31.82 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3471  50S ribosomal protein L1  27.31 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2179  ribosomal protein L1  31.07 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.965533 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  30.8 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3865  50S ribosomal protein L1  29.9 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.100026 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  30.14 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  30.8 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  30.8 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  28.89 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  30.8 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  30.8 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  30.8 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  28.44 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  28.44 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3870  ribosomal protein L1  30.24 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  29.41 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  29.15 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_28359  predicted protein  30.54 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.45008  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1820  50S ribosomal protein L1  29.41 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2545  50S ribosomal protein L1  29.13 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1822  50S ribosomal protein L1  29.82 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.122687  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0709  50S ribosomal protein L1  30.66 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.146158  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  32 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1039  50S ribosomal protein L1  28.23 
 
 		 238 aa  75.1  0.0000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0123648  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  29.87 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2165  50S ribosomal protein L1P  30.91 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0086429  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1805  50S ribosomal protein L1P  28.38 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.163663 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00693  ribosomal protein L1  30.63 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000527661  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0261  50S ribosomal protein L1  28.83 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  28.31 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4286  50S ribosomal protein L1  32 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185505  hitchhiker  0.000000513776 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0744  50S ribosomal protein L1  29.9 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00583178 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2553  50S ribosomal protein L1  27.45 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000296242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2334  ribosomal protein L1  29.19 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000592022  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0350  50S ribosomal protein L1  29.58 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0156912  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3361  50S ribosomal protein L1  28.83 
 
 		 232 aa  73.2  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.235181  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  29.46 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0595  50S ribosomal protein L1  30.94 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00100936  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  29.46 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1896  50S ribosomal protein L1  28.04 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0132214  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0365  50S ribosomal protein L1  27.57 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.716572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0255  50S ribosomal protein L1  31.19 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000222102  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2685  ribosomal protein L1  30.13 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0114395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1865  50S ribosomal protein L1  29.38 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000283442  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002170  LSU ribosomal protein L1p (L10Ae)  29.95 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000179792  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00228  50S ribosomal protein L1  29.95 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0324  50S ribosomal protein L1  29.38 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0128196  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1321  50S ribosomal protein L1  28.92 
 
 		 233 aa  72  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.18039 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0316  50S ribosomal protein L1  30.33 
 
 		 230 aa  72  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.246243  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0487  50S ribosomal protein L1  30.33 
 
 		 230 aa  72  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0570658  hitchhiker  0.00000155612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>