More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1896 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1896  50S ribosomal protein L1  100 
 
 		 235 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0132214  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0365  50S ribosomal protein L1  96.17 
 
 		 235 aa  427  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.716572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3843  50S ribosomal protein L1  84.48 
 
 		 232 aa  380  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528602  normal  0.697118 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  77.59 
 
 		 232 aa  377  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3865  50S ribosomal protein L1  79.22 
 
 		 231 aa  373  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.100026 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1820  50S ribosomal protein L1  76.19 
 
 		 231 aa  371  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2278  50S ribosomal protein L1  77.78 
 
 		 229 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3200  50S ribosomal protein L1  76.89 
 
 		 229 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  77.49 
 
 		 233 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1344  50S ribosomal protein L1  77.92 
 
 		 231 aa  368  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0377064  normal  0.0460128 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1822  50S ribosomal protein L1  76.29 
 
 		 232 aa  368  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.122687  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1321  50S ribosomal protein L1  77.49 
 
 		 233 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.18039 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3361  50S ribosomal protein L1  82.33 
 
 		 232 aa  365  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.235181  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3471  50S ribosomal protein L1  76.55 
 
 		 230 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3691  50S ribosomal protein L1  77.78 
 
 		 229 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4480  50S ribosomal protein L1  85.34 
 
 		 232 aa  363  1e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0876536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3999  50S ribosomal protein L1  84.48 
 
 		 232 aa  361  4e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.981145 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4368  50S ribosomal protein L1  84.48 
 
 		 232 aa  361  4e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2545  50S ribosomal protein L1  75 
 
 		 232 aa  353  8.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0336  50S ribosomal protein L1  73.68 
 
 		 232 aa  350  8e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28407  normal  0.840151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1702  50S ribosomal protein L1  73.68 
 
 		 232 aa  350  8e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.311882  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1528  50S ribosomal protein L1  79.2 
 
 		 230 aa  350  8e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0350  50S ribosomal protein L1  73.68 
 
 		 232 aa  350  8e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.81183  normal  0.731209 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1347  50S ribosomal protein L1  78.32 
 
 		 230 aa  350  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2726  ribosomal protein L1  73.82 
 
 		 233 aa  348  4e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181132  normal  0.31349 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5086  50S ribosomal protein L1  76.65 
 
 		 230 aa  343  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00155922  normal  0.872957 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1805  50S ribosomal protein L1P  70.26 
 
 		 232 aa  342  4e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.163663 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0261  50S ribosomal protein L1  73.21 
 
 		 232 aa  340  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1944  50S ribosomal protein L1  74.68 
 
 		 233 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.160034  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1247  50S ribosomal protein L1  75.11 
 
 		 233 aa  337  8e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.123881  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1208  50S ribosomal protein L1  75.11 
 
 		 233 aa  337  8e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0230  50S ribosomal protein L1  72.89 
 
 		 232 aa  337  9.999999999999999e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.365606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0744  50S ribosomal protein L1  70.69 
 
 		 233 aa  337  9.999999999999999e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00583178 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0564  50S ribosomal protein L1  69.33 
 
 		 232 aa  332  4e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0568  50S ribosomal protein L1  73.36 
 
 		 232 aa  331  7.000000000000001e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000788355  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2957  50S ribosomal protein L1  70.72 
 
 		 231 aa  330  1e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0502013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  66.38 
 
 		 232 aa  318  3e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1955  50S ribosomal protein L1  67.98 
 
 		 230 aa  317  1e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2698  50S ribosomal protein L1  68.67 
 
 		 233 aa  299  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1441  50S ribosomal protein L1  60.34 
 
 		 232 aa  290  1e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0252476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  58.8 
 
 		 235 aa  277  9e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  61.14 
 
 		 233 aa  277  9e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  62.07 
 
 		 232 aa  277  1e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  58.41 
 
 		 231 aa  276  2e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  60.27 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2283  50S ribosomal protein L1  58.77 
 
 		 229 aa  276  2e-73  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00159003  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 		 234 aa  275  3e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0834  50S ribosomal protein L1  60.43 
 
 		 233 aa  275  3e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  62.67 
 
 		 234 aa  275  6e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  62.67 
 
 		 234 aa  275  6e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  60.17 
 
 		 233 aa  274  9e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4434  50S ribosomal protein L1  68.4 
 
 		 229 aa  274  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  59.29 
 
 		 233 aa  273  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  60.79 
 
 		 233 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  60.26 
 
 		 234 aa  273  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2993  50S ribosomal protein L1  58.52 
 
 		 235 aa  272  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  61.75 
 
 		 234 aa  272  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  59.29 
 
 		 233 aa  271  7e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0525  50S ribosomal protein L1  56.09 
 
 		 233 aa  270  1e-71  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.546526  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0506  50S ribosomal protein L1  56.09 
 
 		 233 aa  270  1e-71  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.0000000000000573906  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1459  50S ribosomal protein L1  56.09 
 
 		 233 aa  270  1e-71  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000386293  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0179  50S ribosomal protein L1  55.7 
 
 		 231 aa  268  7e-71  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000606052  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0350  50S ribosomal protein L1  60 
 
 		 230 aa  268  8e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0156912  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1546  ribosomal protein L1  56.77 
 
 		 234 aa  268  8e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.826154 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  56.19 
 
 		 233 aa  266  1e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2345  ribosomal protein L1  54.35 
 
 		 233 aa  267  1e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0238114  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  56.19 
 
 		 235 aa  266  2e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  57.27 
 
 		 230 aa  265  5e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0561  50S ribosomal protein L1  55.26 
 
 		 230 aa  265  5.999999999999999e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000069455  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0575  50S ribosomal protein L1  55.26 
 
 		 230 aa  265  5.999999999999999e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000352195  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  55.02 
 
 		 230 aa  265  5.999999999999999e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0446  50S ribosomal protein L1  55.22 
 
 		 233 aa  264  7e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0241504  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0204  ribosomal protein L1  58.85 
 
 		 229 aa  263  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000198509  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2334  ribosomal protein L1  55.02 
 
 		 231 aa  264  1e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000592022  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0350  ribosomal protein L1  56.58 
 
 		 234 aa  263  1e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0695995  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0837  50S ribosomal protein L1P  60.7 
 
 		 229 aa  263  2e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0423664  normal  0.0981496 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3870  ribosomal protein L1  55.74 
 
 		 237 aa  262  3e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0275  50S ribosomal protein L1  55.65 
 
 		 232 aa  262  4e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000501108  hitchhiker  0.000549627 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4354  ribosomal protein L1  55.95 
 
 		 236 aa  261  4.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1236  50S ribosomal protein L1  56.83 
 
 		 235 aa  261  6.999999999999999e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.988417  normal  0.475189 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  58.26 
 
 		 234 aa  261  6.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0324  50S ribosomal protein L1  55.7 
 
 		 232 aa  261  8.999999999999999e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0128196  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1865  50S ribosomal protein L1  55.7 
 
 		 232 aa  260  1e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000283442  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1519  50S ribosomal protein L1  61.14 
 
 		 229 aa  259  2e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00056705  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3348  50S ribosomal protein L1  57.21 
 
 		 232 aa  259  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  56.33 
 
 		 235 aa  260  2e-68  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0595  50S ribosomal protein L1  54.94 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00100936  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00693  ribosomal protein L1  54.78 
 
 		 282 aa  259  4e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000527661  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1797  50S ribosomal protein L1  59.39 
 
 		 229 aa  258  5.0000000000000005e-68  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00156418  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  53.25 
 
 		 232 aa  258  7e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1666  50S ribosomal protein L1  53.48 
 
 		 233 aa  257  9e-68  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0783627  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4328  50S ribosomal protein L1  55.95 
 
 		 238 aa  257  1e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3936  50S ribosomal protein L1  55.07 
 
 		 238 aa  257  1e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0395  50S ribosomal protein L1P  55.84 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.780238  hitchhiker  0.00704539 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3037  50S ribosomal protein L1  54.11 
 
 		 231 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0489009 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1633  50S ribosomal protein L1  55.46 
 
 		 235 aa  255  3e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.858056  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1209  ribosomal protein L1  55.41 
 
 		 231 aa  256  3e-67  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136712 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1510  ribosomal protein L1  55.22 
 
 		 235 aa  255  4e-67  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000430301  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  52.81 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23970  LSU ribosomal protein L1P  57.14 
 
 		 239 aa  255  5e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0702955  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>