More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0744 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0744  50S ribosomal protein L1  100 
 
 
233 aa  462  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00583178 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0336  50S ribosomal protein L1  85.09 
 
 
232 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28407  normal  0.840151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1702  50S ribosomal protein L1  85.09 
 
 
232 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.311882  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0350  50S ribosomal protein L1  85.09 
 
 
232 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.81183  normal  0.731209 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0261  50S ribosomal protein L1  83.33 
 
 
232 aa  386  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2545  50S ribosomal protein L1  83.33 
 
 
232 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0230  50S ribosomal protein L1  82.74 
 
 
232 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.365606  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0564  50S ribosomal protein L1  76.99 
 
 
232 aa  365  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1820  50S ribosomal protein L1  71.43 
 
 
231 aa  340  1e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1822  50S ribosomal protein L1  70.69 
 
 
232 aa  338  2.9999999999999998e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.122687  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  69.4 
 
 
232 aa  336  1.9999999999999998e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  68.97 
 
 
232 aa  334  5.999999999999999e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1321  50S ribosomal protein L1  75 
 
 
233 aa  332  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.18039 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2957  50S ribosomal protein L1  67.53 
 
 
231 aa  328  4e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0502013 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1344  50S ribosomal protein L1  70.13 
 
 
231 aa  328  4e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0377064  normal  0.0460128 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  74.53 
 
 
233 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3865  50S ribosomal protein L1  71.11 
 
 
231 aa  327  8e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.100026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3691  50S ribosomal protein L1  73.3 
 
 
229 aa  325  5e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2726  ribosomal protein L1  67.24 
 
 
233 aa  323  2e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181132  normal  0.31349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2278  50S ribosomal protein L1  68.44 
 
 
229 aa  322  2e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360769  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3200  50S ribosomal protein L1  72.82 
 
 
229 aa  322  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3471  50S ribosomal protein L1  67.11 
 
 
230 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409515  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1896  50S ribosomal protein L1  70.69 
 
 
235 aa  318  6e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0132214  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1805  50S ribosomal protein L1P  65.52 
 
 
232 aa  317  9e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.163663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0365  50S ribosomal protein L1  68.67 
 
 
235 aa  316  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.716572  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3843  50S ribosomal protein L1  71.56 
 
 
232 aa  316  2e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528602  normal  0.697118 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1955  50S ribosomal protein L1  68.83 
 
 
230 aa  313  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3361  50S ribosomal protein L1  75.86 
 
 
232 aa  310  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.235181  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1347  50S ribosomal protein L1  71.84 
 
 
230 aa  301  7.000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1247  50S ribosomal protein L1  71.11 
 
 
233 aa  300  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.123881  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1528  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 
230 aa  300  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1208  50S ribosomal protein L1  71.11 
 
 
233 aa  300  1e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1441  50S ribosomal protein L1  65.33 
 
 
232 aa  298  4e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0252476  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1944  50S ribosomal protein L1  69.78 
 
 
233 aa  298  6e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.160034  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0568  50S ribosomal protein L1  67.7 
 
 
232 aa  298  7e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000788355  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3999  50S ribosomal protein L1  70.67 
 
 
232 aa  294  9e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.981145 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4368  50S ribosomal protein L1  70.67 
 
 
232 aa  294  9e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4480  50S ribosomal protein L1  71.11 
 
 
232 aa  294  1e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0876536  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5086  50S ribosomal protein L1  65.35 
 
 
230 aa  293  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00155922  normal  0.872957 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2698  50S ribosomal protein L1  66.38 
 
 
233 aa  289  3e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  61.47 
 
 
234 aa  280  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0837  50S ribosomal protein L1P  63.6 
 
 
229 aa  279  2e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0423664  normal  0.0981496 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  61.95 
 
 
234 aa  278  4e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0834  50S ribosomal protein L1  61.67 
 
 
233 aa  278  6e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  59.91 
 
 
233 aa  277  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  58.87 
 
 
233 aa  275  6e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  59.21 
 
 
233 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  62.56 
 
 
234 aa  272  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  57.45 
 
 
232 aa  271  6e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  58.33 
 
 
233 aa  271  8.000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  63.37 
 
 
231 aa  270  1e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  59.73 
 
 
233 aa  270  1e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  61.61 
 
 
234 aa  270  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  61.61 
 
 
234 aa  270  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  58.62 
 
 
232 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  58.62 
 
 
232 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  61.14 
 
 
234 aa  268  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0446  50S ribosomal protein L1  58.67 
 
 
233 aa  268  8e-71  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0241504  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  56.6 
 
 
232 aa  268  8e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  56.6 
 
 
232 aa  268  8e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  56.6 
 
 
232 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  56.6 
 
 
232 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  56.6 
 
 
232 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  56.17 
 
 
232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  56.17 
 
 
232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  56.17 
 
 
232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  56.17 
 
 
232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  56.17 
 
 
232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  56.17 
 
 
232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  63.77 
 
 
233 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0316  50S ribosomal protein L1  55.31 
 
 
230 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.246243  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  56.17 
 
 
232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0487  50S ribosomal protein L1  55.31 
 
 
230 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0570658  hitchhiker  0.00000155612 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  56.17 
 
 
232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  57.02 
 
 
232 aa  265  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3317  50S ribosomal protein L1  56.71 
 
 
231 aa  265  5e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809364  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2970  50S ribosomal protein L1  56.71 
 
 
231 aa  265  5e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3348  50S ribosomal protein L1  59.21 
 
 
232 aa  264  7e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0350  50S ribosomal protein L1  60.19 
 
 
230 aa  264  1e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0156912  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  57.78 
 
 
233 aa  263  2e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  55.32 
 
 
232 aa  263  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3037  50S ribosomal protein L1  55.41 
 
 
231 aa  262  4e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0489009 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0395  50S ribosomal protein L1P  54.98 
 
 
231 aa  260  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.780238  hitchhiker  0.00704539 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2334  ribosomal protein L1  54.82 
 
 
231 aa  260  1e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000592022  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4434  50S ribosomal protein L1  68.47 
 
 
229 aa  259  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3870  ribosomal protein L1  53.68 
 
 
237 aa  259  3e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0525  50S ribosomal protein L1  56 
 
 
233 aa  258  4e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.546526  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0506  50S ribosomal protein L1  56 
 
 
233 aa  258  4e-68  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.0000000000000573906  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1459  50S ribosomal protein L1  56 
 
 
233 aa  258  4e-68  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000386293  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  54.22 
 
 
230 aa  258  4e-68  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0350  ribosomal protein L1  59.51 
 
 
234 aa  258  4e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0695995  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  60.89 
 
 
232 aa  257  9e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2993  50S ribosomal protein L1  59.71 
 
 
235 aa  254  8e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  58.65 
 
 
235 aa  254  9e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0179  50S ribosomal protein L1  54.39 
 
 
231 aa  254  1.0000000000000001e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000606052  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  56 
 
 
235 aa  254  1.0000000000000001e-66  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0212  50S ribosomal protein L1  55.11 
 
 
231 aa  253  2.0000000000000002e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0231088  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0595  50S ribosomal protein L1  53.02 
 
 
233 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00100936  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1546  ribosomal protein L1  54.67 
 
 
234 aa  252  4.0000000000000004e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.826154 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00693  ribosomal protein L1  53.07 
 
 
282 aa  251  5.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000527661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>