More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2726 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2726  ribosomal protein L1  100 
 
 
233 aa  455  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181132  normal  0.31349 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1822  50S ribosomal protein L1  76.29 
 
 
232 aa  363  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.122687  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2278  50S ribosomal protein L1  79.11 
 
 
229 aa  361  6e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360769  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3200  50S ribosomal protein L1  77.33 
 
 
229 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  74.57 
 
 
232 aa  357  8e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3691  50S ribosomal protein L1  78.67 
 
 
229 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3471  50S ribosomal protein L1  75.56 
 
 
230 aa  353  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409515  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1820  50S ribosomal protein L1  75.32 
 
 
231 aa  348  5e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1321  50S ribosomal protein L1  75.98 
 
 
233 aa  344  5e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.18039 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  76.11 
 
 
233 aa  344  7e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1344  50S ribosomal protein L1  73.59 
 
 
231 aa  344  8e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0377064  normal  0.0460128 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3865  50S ribosomal protein L1  74.03 
 
 
231 aa  343  1e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.100026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0365  50S ribosomal protein L1  75.43 
 
 
235 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.716572  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5086  50S ribosomal protein L1  76.65 
 
 
230 aa  334  7e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00155922  normal  0.872957 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3843  50S ribosomal protein L1  76.86 
 
 
232 aa  333  1e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528602  normal  0.697118 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3361  50S ribosomal protein L1  75.11 
 
 
232 aa  331  6e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.235181  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1896  50S ribosomal protein L1  73.82 
 
 
235 aa  330  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0132214  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1528  50S ribosomal protein L1  74.67 
 
 
230 aa  330  1e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1702  50S ribosomal protein L1  69.3 
 
 
232 aa  327  9e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.311882  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0350  50S ribosomal protein L1  69.3 
 
 
232 aa  327  9e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.81183  normal  0.731209 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0336  50S ribosomal protein L1  69.3 
 
 
232 aa  327  9e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28407  normal  0.840151 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1347  50S ribosomal protein L1  73.33 
 
 
230 aa  325  3e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0261  50S ribosomal protein L1  69.2 
 
 
232 aa  325  4.0000000000000003e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2957  50S ribosomal protein L1  67.1 
 
 
231 aa  323  2e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0502013 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0744  50S ribosomal protein L1  67.24 
 
 
233 aa  323  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00583178 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1805  50S ribosomal protein L1P  69.53 
 
 
232 aa  322  3e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.163663 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2545  50S ribosomal protein L1  68.86 
 
 
232 aa  321  6e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1944  50S ribosomal protein L1  72.93 
 
 
233 aa  320  9.999999999999999e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.160034  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1247  50S ribosomal protein L1  72.49 
 
 
233 aa  319  1.9999999999999998e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.123881  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1208  50S ribosomal protein L1  72.49 
 
 
233 aa  319  1.9999999999999998e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0564  50S ribosomal protein L1  64.91 
 
 
232 aa  316  2e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  65.95 
 
 
232 aa  316  2e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4368  50S ribosomal protein L1  76.86 
 
 
232 aa  315  5e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3999  50S ribosomal protein L1  76.86 
 
 
232 aa  315  5e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.981145 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4480  50S ribosomal protein L1  75.98 
 
 
232 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0876536  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0568  50S ribosomal protein L1  70.67 
 
 
232 aa  310  9e-84  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000788355  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0230  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 
232 aa  310  1e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.365606  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1955  50S ribosomal protein L1  65.37 
 
 
230 aa  305  3e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2698  50S ribosomal protein L1  68.24 
 
 
233 aa  299  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1441  50S ribosomal protein L1  64.6 
 
 
232 aa  298  5e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0252476  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  60.61 
 
 
232 aa  291  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  60.61 
 
 
232 aa  291  6e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 
232 aa  286  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  58.7 
 
 
233 aa  283  1.0000000000000001e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 
232 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0834  50S ribosomal protein L1  64.49 
 
 
233 aa  282  3.0000000000000004e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  62.84 
 
 
234 aa  282  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  62.84 
 
 
234 aa  282  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 
232 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  60.62 
 
 
233 aa  281  5.000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  58.87 
 
 
232 aa  281  5.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  58.44 
 
 
232 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  58.44 
 
 
232 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  61.06 
 
 
233 aa  280  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  59.73 
 
 
233 aa  280  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0395  50S ribosomal protein L1P  59.74 
 
 
231 aa  280  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.780238  hitchhiker  0.00704539 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  59.29 
 
 
231 aa  279  2e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  61.93 
 
 
234 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0350  ribosomal protein L1  59.03 
 
 
234 aa  279  3e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0695995  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2970  50S ribosomal protein L1  58.87 
 
 
231 aa  278  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  62.67 
 
 
234 aa  278  4e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3317  50S ribosomal protein L1  58.87 
 
 
231 aa  278  4e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809364  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  60.61 
 
 
234 aa  278  6e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  61.47 
 
 
234 aa  276  1e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3037  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 
231 aa  276  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0489009 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  59.05 
 
 
233 aa  275  4e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0525  50S ribosomal protein L1  57.21 
 
 
233 aa  275  6e-73  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.546526  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0506  50S ribosomal protein L1  57.21 
 
 
233 aa  275  6e-73  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.0000000000000573906  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1459  50S ribosomal protein L1  57.21 
 
 
233 aa  275  6e-73  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000386293  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  57.58 
 
 
235 aa  272  3e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4434  50S ribosomal protein L1  66.23 
 
 
229 aa  272  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0446  50S ribosomal protein L1  56.33 
 
 
233 aa  272  4.0000000000000004e-72  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0241504  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0350  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
230 aa  271  6e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0156912  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3348  50S ribosomal protein L1  59.83 
 
 
232 aa  271  7e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  60 
 
 
233 aa  271  8.000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0324  50S ribosomal protein L1  57.39 
 
 
232 aa  270  2e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0128196  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  55.26 
 
 
235 aa  269  2.9999999999999997e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0039  50S ribosomal protein L1  58.8 
 
 
233 aa  268  5e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00138059  hitchhiker  0.00000000000807787 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1865  50S ribosomal protein L1  56.96 
 
 
232 aa  267  8e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000283442  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  58.15 
 
 
233 aa  267  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3870  ribosomal protein L1  57.76 
 
 
237 aa  266  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  57.85 
 
 
230 aa  266  2e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2993  50S ribosomal protein L1  56.77 
 
 
235 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5111  ribosomal protein L1  58.3 
 
 
225 aa  265  4e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.253072  normal  0.533351 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3337  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 
231 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  59.48 
 
 
232 aa  263  2e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0043  50S ribosomal protein L1  57.51 
 
 
233 aa  262  3e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000236116  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00228  50S ribosomal protein L1  54.51 
 
 
233 aa  261  4.999999999999999e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002170  LSU ribosomal protein L1p (L10Ae)  54.51 
 
 
233 aa  261  4.999999999999999e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000179792  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0179  50S ribosomal protein L1  53.95 
 
 
231 aa  261  8.999999999999999e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000606052  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>