More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0261 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0261  50S ribosomal protein L1  100 
 
 		 232 aa  460  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0230  50S ribosomal protein L1  89.08 
 
 		 232 aa  409  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.365606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0564  50S ribosomal protein L1  83.19 
 
 		 232 aa  398  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0350  50S ribosomal protein L1  81.47 
 
 		 232 aa  388  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.81183  normal  0.731209 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1702  50S ribosomal protein L1  81.47 
 
 		 232 aa  388  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.311882  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0336  50S ribosomal protein L1  81.47 
 
 		 232 aa  388  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28407  normal  0.840151 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0744  50S ribosomal protein L1  83.33 
 
 		 233 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00583178 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2545  50S ribosomal protein L1  81.03 
 
 		 232 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1822  50S ribosomal protein L1  70.54 
 
 		 232 aa  332  4e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.122687  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  69.57 
 
 		 232 aa  330  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3865  50S ribosomal protein L1  70.43 
 
 		 231 aa  329  3e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.100026 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1805  50S ribosomal protein L1P  69.43 
 
 		 232 aa  328  3e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.163663 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1321  50S ribosomal protein L1  69.91 
 
 		 233 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.18039 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2957  50S ribosomal protein L1  69.74 
 
 		 231 aa  327  8e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0502013 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1820  50S ribosomal protein L1  67.39 
 
 		 231 aa  325  3e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  69.16 
 
 		 233 aa  325  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2726  ribosomal protein L1  69.2 
 
 		 233 aa  325  4.0000000000000003e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181132  normal  0.31349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2278  50S ribosomal protein L1  68.78 
 
 		 229 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3471  50S ribosomal protein L1  67.54 
 
 		 230 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3200  50S ribosomal protein L1  69.23 
 
 		 229 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3691  50S ribosomal protein L1  68.78 
 
 		 229 aa  322  4e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1344  50S ribosomal protein L1  69.57 
 
 		 231 aa  322  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0377064  normal  0.0460128 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3843  50S ribosomal protein L1  73.21 
 
 		 232 aa  321  6e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528602  normal  0.697118 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1896  50S ribosomal protein L1  73.21 
 
 		 235 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0132214  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0365  50S ribosomal protein L1  71.88 
 
 		 235 aa  318  5e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.716572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1955  50S ribosomal protein L1  70.87 
 
 		 230 aa  318  5e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3361  50S ribosomal protein L1  71.43 
 
 		 232 aa  315  4e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.235181  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 		 232 aa  315  4e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1528  50S ribosomal protein L1  71.49 
 
 		 230 aa  309  2e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1247  50S ribosomal protein L1  70.09 
 
 		 233 aa  304  8.000000000000001e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.123881  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1208  50S ribosomal protein L1  70.09 
 
 		 233 aa  304  8.000000000000001e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4480  50S ribosomal protein L1  72.77 
 
 		 232 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0876536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1347  50S ribosomal protein L1  70 
 
 		 230 aa  303  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1944  50S ribosomal protein L1  69.13 
 
 		 233 aa  303  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.160034  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4368  50S ribosomal protein L1  72.77 
 
 		 232 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3999  50S ribosomal protein L1  72.77 
 
 		 232 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.981145 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5086  50S ribosomal protein L1  68.33 
 
 		 230 aa  298  5e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00155922  normal  0.872957 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0568  50S ribosomal protein L1  66.96 
 
 		 232 aa  297  9e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000788355  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2698  50S ribosomal protein L1  68.4 
 
 		 233 aa  296  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1441  50S ribosomal protein L1  63.64 
 
 		 232 aa  291  7e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0252476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  58.93 
 
 		 231 aa  275  3e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  60.62 
 
 		 234 aa  270  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  58.62 
 
 		 233 aa  269  4e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  59.73 
 
 		 234 aa  268  5.9999999999999995e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  64.36 
 
 		 234 aa  267  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0834  50S ribosomal protein L1  58.62 
 
 		 233 aa  267  1e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  59.73 
 
 		 233 aa  267  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  64.36 
 
 		 234 aa  267  1e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  58.48 
 
 		 233 aa  266  2e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  63.86 
 
 		 234 aa  266  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  58.19 
 
 		 233 aa  265  5.999999999999999e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0837  50S ribosomal protein L1P  62.28 
 
 		 229 aa  263  2e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0423664  normal  0.0981496 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0350  ribosomal protein L1  56.76 
 
 		 234 aa  262  3e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0695995  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  56.84 
 
 		 232 aa  261  8e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  56.84 
 
 		 232 aa  261  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  56.7 
 
 		 232 aa  260  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  57.92 
 
 		 233 aa  260  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  59.73 
 
 		 233 aa  260  1e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  56.96 
 
 		 232 aa  260  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  56.7 
 
 		 232 aa  260  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  57.92 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  59.46 
 
 		 235 aa  260  2e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  57.46 
 
 		 232 aa  259  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  56.84 
 
 		 232 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  56.84 
 
 		 232 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  56.84 
 
 		 232 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0275  50S ribosomal protein L1  56.03 
 
 		 232 aa  258  4e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000501108  hitchhiker  0.000549627 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  56.41 
 
 		 232 aa  258  6e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2993  50S ribosomal protein L1  56.25 
 
 		 235 aa  258  7e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3037  50S ribosomal protein L1  56.09 
 
 		 231 aa  257  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0489009 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3870  ribosomal protein L1  55.65 
 
 		 237 aa  257  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3317  50S ribosomal protein L1  56.09 
 
 		 231 aa  257  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809364  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2970  50S ribosomal protein L1  56.09 
 
 		 231 aa  257  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0179  50S ribosomal protein L1  54.82 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000606052  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0525  50S ribosomal protein L1  55.36 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.546526  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2334  ribosomal protein L1  56.52 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000592022  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1459  50S ribosomal protein L1  55.36 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000386293  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0506  50S ribosomal protein L1  55.36 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.0000000000000573906  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  56.58 
 
 		 232 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  56.58 
 
 		 232 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  56.58 
 
 		 232 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  56.58 
 
 		 232 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  56.58 
 
 		 232 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  56.58 
 
 		 232 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  56.58 
 
 		 232 aa  256  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  56.58 
 
 		 232 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0487  50S ribosomal protein L1  56.25 
 
 		 230 aa  255  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0570658  hitchhiker  0.00000155612 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2283  50S ribosomal protein L1  55.65 
 
 		 229 aa  255  4e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00159003  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  60.4 
 
 		 234 aa  255  4e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0316  50S ribosomal protein L1  56.25 
 
 		 230 aa  255  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.246243  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0595  50S ribosomal protein L1  55.36 
 
 		 233 aa  254  7e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00100936  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0446  50S ribosomal protein L1  54.91 
 
 		 233 aa  254  7e-67  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0241504  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1546  ribosomal protein L1  54.02 
 
 		 234 aa  254  9e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.826154 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4772  50S ribosomal protein L1  54.46 
 
 		 232 aa  254  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0687152  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3348  50S ribosomal protein L1  59.82 
 
 		 232 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  61.16 
 
 		 232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0350  50S ribosomal protein L1  54.26 
 
 		 230 aa  251  5.000000000000001e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0156912  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4434  50S ribosomal protein L1  66.34 
 
 		 229 aa  251  8.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0395  50S ribosomal protein L1P  54.91 
 
 		 231 aa  250  1e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.780238  hitchhiker  0.00704539 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  55.36 
 
 		 235 aa  250  1e-65  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>