More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0880 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0880  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 262 aa  523  1e-148  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2118  shikimate 5-dehydrogenase  77.1 
 
 		 262 aa  399  9.999999999999999e-111  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1764  shikimate 5-dehydrogenase  75.67 
 
 		 260 aa  381  1e-105  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0781  shikimate 5-dehydrogenase  74.9 
 
 		 260 aa  377  1e-103  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.015906  normal  0.0869709 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 280 aa  167  1e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 		 278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 279 aa  161  1e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 268 aa  155  8e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 268 aa  155  8e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 269 aa  155  9e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 277 aa  150  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 273 aa  148  8e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.31 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 277 aa  145  5e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  37.32 
 
 		 271 aa  145  9e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  39.78 
 
 		 283 aa  144  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.59 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.3 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 280 aa  142  5e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.3 
 
 		 277 aa  142  7e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 		 308 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 297 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  39.38 
 
 		 269 aa  139  3.9999999999999997e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  34.19 
 
 		 286 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 286 aa  135  5e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  37.27 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.99 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 275 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.43 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 290 aa  129  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.35 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 		 277 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 271 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.57 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 283 aa  126  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 298 aa  125  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 		 292 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  37.82 
 
 		 269 aa  125  6e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  37.8 
 
 		 289 aa  125  6e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  36.1 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  37.8 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  35.14 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  32.73 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 286 aa  123  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 		 315 aa  122  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 289 aa  122  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 298 aa  121  9e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1281  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.8 
 
 		 269 aa  121  9.999999999999999e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  34.65 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  34.85 
 
 		 280 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 291 aa  119  3e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 279 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  36.74 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  40.98 
 
 		 284 aa  119  6e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  37.88 
 
 		 274 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 		 276 aa  119  7e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1874  shikimate dehydrogenase  39.11 
 
 		 272 aa  118  9e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.450629 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1772  shikimate 5-dehydrogenase  35.52 
 
 		 285 aa  117  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.380088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 		 276 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  31.79 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  27.67 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 284 aa  117  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  32 
 
 		 1611 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 		 274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  33.47 
 
 		 360 aa  116  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 280 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  29.21 
 
 		 305 aa  115  5e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 283 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0104  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.790482 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>