More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pars_2118 on replicon NC_009376
Organism: Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009376  Pars_2118  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 262 aa  527  1e-149  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0880  shikimate dehydrogenase  77.1 
 
 		 262 aa  388  1e-107  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0781  shikimate 5-dehydrogenase  77.86 
 
 		 260 aa  387  1e-106  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.015906  normal  0.0869709 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1764  shikimate 5-dehydrogenase  77.19 
 
 		 260 aa  387  1e-106  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  36.2 
 
 		 268 aa  159  4e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  36.2 
 
 		 268 aa  159  4e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.62 
 
 		 269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 280 aa  152  5e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 277 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 277 aa  149  4e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 277 aa  148  7e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 		 269 aa  147  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 277 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 277 aa  146  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  38.83 
 
 		 283 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  40.22 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.99 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 286 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 269 aa  135  9e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 286 aa  135  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 		 280 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  36.1 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  37.45 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  34.35 
 
 		 288 aa  131  9e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  38.83 
 
 		 271 aa  131  9e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  36.13 
 
 		 289 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 275 aa  128  9.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.33 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 		 298 aa  126  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 		 298 aa  126  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  34.62 
 
 		 283 aa  125  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.89 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  35.74 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.21 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1281  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.21 
 
 		 269 aa  123  4e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  38.01 
 
 		 269 aa  122  5e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  34.94 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 277 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 284 aa  121  9e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.04 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1874  shikimate dehydrogenase  35.32 
 
 		 272 aa  120  3e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.450629 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.14 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 298 aa  120  3e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 		 289 aa  119  3.9999999999999996e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.12 
 
 		 286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  37.79 
 
 		 274 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 288 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 288 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  35.04 
 
 		 280 aa  118  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 295 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  34.14 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 274 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 286 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  34.93 
 
 		 279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  40.07 
 
 		 284 aa  115  5e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01990  aromatic amino acid family biosynthesis-related protein, putative  31.52 
 
 		 1611 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.979482  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  29.02 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 		 280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  35.41 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1201  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.28 
 
 		 261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  28.93 
 
 		 288 aa  113  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 287 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 		 274 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  29.62 
 
 		 305 aa  113  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  31.3 
 
 		 274 aa  113  3e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.13 
 
 		 276 aa  112  5e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  36.22 
 
 		 473 aa  112  5e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>