170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4175 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4175  glucose/galactose transporter  100 
 
 		 446 aa  879    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1104  glucose/galactose transporter  55.9 
 
 		 437 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0045785  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0948  multiple antibiotic resistance (MarC)-related protein  54.22 
 
 		 441 aa  464  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000625246  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3038  multiple antibiotic resistance (MarC)-related proteins  52.75 
 
 		 443 aa  455  1e-127  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000693301 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2077  glucose/galactose transporter  52.16 
 
 		 426 aa  440  9.999999999999999e-123  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1199  multiple antibiotic resistance (MarC)-related protein  50.11 
 
 		 438 aa  421  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.985389  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2530  major facilitator transporter  50.23 
 
 		 452 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2597  major facilitator transporter  50 
 
 		 452 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.802084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1182  glucose/galactose transporter  48.55 
 
 		 432 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.884299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1088  glucose/galactose transporter  48.32 
 
 		 432 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.307429  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3207  glucose/galactose transporter  48.32 
 
 		 432 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1148  glucose/galactose transporter  48.32 
 
 		 432 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0988235  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2702  glucose/galactose transporter  48.66 
 
 		 433 aa  397  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0791256  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2696  major facilitator transporter  50.56 
 
 		 452 aa  397  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1080  glucose/galactose transporter  48.55 
 
 		 432 aa  397  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000174019  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1315  glucose/galactose transporter  48 
 
 		 435 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0258067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1215  glucose/galactose transporter  49.22 
 
 		 434 aa  393  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000975208  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1028  glucose/galactose transporter family protein  49.11 
 
 		 433 aa  389  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3503  glucose/galactose transporter  48.21 
 
 		 435 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2931  glucose/galactose transporter  48.99 
 
 		 432 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000470631  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3013  glucose/galactose transporter  48.99 
 
 		 432 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0638848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3110  glucose/galactose transporter  48.99 
 
 		 432 aa  386  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0409592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1119  glucose/galactose transporter  48.39 
 
 		 418 aa  368  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000391013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4488  glucose/galactose transporter  40.68 
 
 		 440 aa  349  6e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.797276  normal  0.125839 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1696  glucose/galactose transporter  42.44 
 
 		 444 aa  344  2e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0309117  normal  0.239808 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3397  glucose/galactose transporter  42.6 
 
 		 419 aa  335  9e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0776  glucose/galactose transporter  40.38 
 
 		 441 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.747868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6211  glucose/galactose transporter  40.22 
 
 		 431 aa  320  5e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0466  glucose/galactose transporter  41.76 
 
 		 408 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.187531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6560  glucose/galactose transporter  38.94 
 
 		 438 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.13532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0875  glucose/galactose transporter  39.87 
 
 		 429 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.742352  hitchhiker  0.000720356 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4115  glucose/galactose transporter  41.03 
 
 		 429 aa  300  4e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.312497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3687  glucose/galactose transporter  42.19 
 
 		 413 aa  298  1e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.202302  normal  0.04252 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04321  glucose-galactose transporter  42.59 
 
 		 407 aa  286  5.999999999999999e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1002  glucose/galactose transporter  38.84 
 
 		 406 aa  285  9e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00935633  normal  0.690968 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3114  glucose/galactose transporter  41.71 
 
 		 430 aa  279  6e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00000902202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0805  glucose/galactose transporter  40.91 
 
 		 429 aa  275  8e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0716  glucose/galactose transporter  41.14 
 
 		 429 aa  275  9e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3424  glucose/galactose transporter  40.13 
 
 		 429 aa  270  4e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.640609  normal  0.0976131 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1396  glucose/galactose transporter  35.25 
 
 		 1140 aa  225  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.866269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1148  glucose/galactose transporter  34.6 
 
 		 428 aa  208  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0931456  normal  0.671302 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2389  glucose/galactose transporter family protein  33.41 
 
 		 436 aa  207  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3671  glucose/galactose transporter  34.29 
 
 		 435 aa  206  5e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1217  glucose/galactose transporter  34.81 
 
 		 431 aa  206  8e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00556902  normal  0.207324 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3705  glucose/galactose transporter family protein  34.03 
 
 		 407 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3173  glucose/galactose transporter  34.37 
 
 		 431 aa  204  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000854879  normal  0.83373 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1132  glucose/galactose transporter  34.37 
 
 		 431 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.165253  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5388  glucose/galactose transporter  31.69 
 
 		 424 aa  199  6e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1017  glucose/galactose transporter  35.43 
 
 		 428 aa  198  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1317  glucose/galactose transporter  33.41 
 
 		 435 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3761  glucose/galactose transporter  34.53 
 
 		 410 aa  196  7e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.807951 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0292  glucose/galactose transporter  33.33 
 
 		 389 aa  195  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03795  glucose/galactose transporter family protein  33.72 
 
 		 420 aa  192  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268682  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0119  glucose/galactose transporter  30.67 
 
 		 425 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2649  glucose/galactose transporter family protein  32.29 
 
 		 428 aa  189  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000985214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1259  L-fucose transporter  33.33 
 
 		 417 aa  183  5.0000000000000004e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2027  glucose/galactose transporter  34.58 
 
 		 415 aa  183  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2211  glucose/galactose transporter  31.85 
 
 		 424 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17788  hitchhiker  0.00147708 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5644  L-fucose transporter  31.83 
 
 		 417 aa  182  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183274  normal  0.735779 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1656  glucose/galactose transporter  30.8 
 
 		 458 aa  181  2e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1789  glucose/galactose transporter  33.02 
 
 		 421 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540025  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4572  hypothetical protein  32.79 
 
 		 423 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2286  glucose/galactose transporter  32.79 
 
 		 423 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2040  glucose/galactose transporter  32.79 
 
 		 423 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.441952  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2298  glucose/galactose transporter  32.79 
 
 		 423 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00747197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2087  glucose/galactose transporter  32.79 
 
 		 423 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1266  L-fucose-proton symporter  32.04 
 
 		 403 aa  179  1e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1890  glucose/galactose transporter  32.78 
 
 		 421 aa  176  6e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.621908  normal  0.769175 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1776  glucose/galactose transporter  33.49 
 
 		 437 aa  176  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.223071  normal  0.453321 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2606  glucose/galactose transporter  30.84 
 
 		 435 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.246448  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01229  glucose-galactose transporter  31.88 
 
 		 427 aa  172  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0194609  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2132  glucose/galactose transporter  32.63 
 
 		 423 aa  171  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2208  glucose/galactose transporter  32.63 
 
 		 423 aa  170  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4021  L-fucose transporter  32.05 
 
 		 417 aa  170  5e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2310  glucose/galactose transporter  33.02 
 
 		 423 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.788662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3930  glucose/galactose transporter  30.13 
 
 		 436 aa  167  4e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.121013  normal  0.215751 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1403  glucose/galactose transporter  31.92 
 
 		 415 aa  167  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000325262  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1663  glucose/galactose transporter  31.92 
 
 		 415 aa  167  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1994  L-fucose transporter  28.13 
 
 		 432 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.486095 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1273  glucose/galactose transporter  30.6 
 
 		 426 aa  162  9e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4128  L-fucose transporter  29.61 
 
 		 431 aa  162  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0364  glucose/galactose transporter family protein  30.66 
 
 		 408 aa  162  1e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000442276  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3386  glucose/galactose transporter  30.56 
 
 		 412 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1827  glucose/galactose transporter  30.66 
 
 		 408 aa  160  3e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0562  glucose/galactose transporter  31.1 
 
 		 413 aa  160  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3606  fucose permease  29.98 
 
 		 425 aa  157  3e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1241  glucose/galactose transporter  29.93 
 
 		 426 aa  157  3e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.184837  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0773  fucose permease  28.6 
 
 		 485 aa  155  2e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.380581 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1324  glucose/galactose transporter  31.62 
 
 		 413 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927631  normal  0.568114 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2750  L-fucose transporter  28.06 
 
 		 431 aa  152  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2125  glucose/galactose transporter  28.72 
 
 		 468 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.957571 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2986  glucose/galactose transporter  27.96 
 
 		 412 aa  147  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3292  glucose/galactose transporter  29.32 
 
 		 428 aa  146  8.000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5715  L-fucose transporter  28.13 
 
 		 417 aa  140  6e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.988636  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08721  glucose/galactose transporter  27.33 
 
 		 440 aa  139  7e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.066118  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0960  fucose permease  29.55 
 
 		 421 aa  138  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.608891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5334  glucose/galactose transporter  27.08 
 
 		 405 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120939  normal  0.764594 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04150  glucose/galactose transporter protein  28.51 
 
 		 429 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.311164  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2311  glucose/galactose transporter  28.27 
 
 		 471 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0619981  normal  0.0518008 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0644  L-fucose transporter  28.08 
 
 		 409 aa  134  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.510185  normal  0.606188 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>