196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1890 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_2087  glucose/galactose transporter  80.48 
 
 		 423 aa  660    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2027  glucose/galactose transporter  82.47 
 
 		 415 aa  641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2211  glucose/galactose transporter  79.62 
 
 		 424 aa  655    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17788  hitchhiker  0.00147708 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2132  glucose/galactose transporter  82.67 
 
 		 423 aa  653    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2298  glucose/galactose transporter  80.48 
 
 		 423 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00747197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2208  glucose/galactose transporter  82.67 
 
 		 423 aa  652    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1789  glucose/galactose transporter  80.29 
 
 		 421 aa  667    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540025  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2310  glucose/galactose transporter  82.13 
 
 		 423 aa  654    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.788662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4572  hypothetical protein  80.48 
 
 		 423 aa  660    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2286  glucose/galactose transporter  80.48 
 
 		 423 aa  660    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1890  glucose/galactose transporter  100 
 
 		 421 aa  832    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.621908  normal  0.769175 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2040  glucose/galactose transporter  80.48 
 
 		 423 aa  659    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.441952  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1403  glucose/galactose transporter  74.38 
 
 		 415 aa  579  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000325262  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1663  glucose/galactose transporter  73.33 
 
 		 415 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1132  glucose/galactose transporter  65.87 
 
 		 431 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.165253  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5388  glucose/galactose transporter  63.15 
 
 		 424 aa  519  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3705  glucose/galactose transporter family protein  67.48 
 
 		 407 aa  520  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1217  glucose/galactose transporter  65.63 
 
 		 431 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00556902  normal  0.207324 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3173  glucose/galactose transporter  65.87 
 
 		 431 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000854879  normal  0.83373 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1317  glucose/galactose transporter  65.46 
 
 		 435 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2389  glucose/galactose transporter family protein  63.77 
 
 		 436 aa  511  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1148  glucose/galactose transporter  65.48 
 
 		 428 aa  503  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0931456  normal  0.671302 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2606  glucose/galactose transporter  63.15 
 
 		 435 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.246448  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03795  glucose/galactose transporter family protein  60.9 
 
 		 420 aa  483  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268682  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3761  glucose/galactose transporter  61.24 
 
 		 410 aa  484  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.807951 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3671  glucose/galactose transporter  57.87 
 
 		 435 aa  474  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0292  glucose/galactose transporter  59.14 
 
 		 389 aa  444  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2649  glucose/galactose transporter family protein  55.42 
 
 		 428 aa  435  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000985214  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1017  glucose/galactose transporter  54.94 
 
 		 428 aa  429  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1776  glucose/galactose transporter  55.53 
 
 		 437 aa  427  1e-118  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.223071  normal  0.453321 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0119  glucose/galactose transporter  51.32 
 
 		 425 aa  422  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3930  glucose/galactose transporter  54.06 
 
 		 436 aa  403  1e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.121013  normal  0.215751 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1266  L-fucose-proton symporter  51.36 
 
 		 403 aa  398  1e-109  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0562  glucose/galactose transporter  53.25 
 
 		 413 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1241  glucose/galactose transporter  50.62 
 
 		 426 aa  389  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.184837  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1273  glucose/galactose transporter  50.37 
 
 		 426 aa  387  1e-106  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01229  glucose-galactose transporter  52.06 
 
 		 427 aa  384  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0194609  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3386  glucose/galactose transporter  52.26 
 
 		 412 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2125  glucose/galactose transporter  44.21 
 
 		 468 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.957571 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08721  glucose/galactose transporter  44.95 
 
 		 440 aa  352  5.9999999999999994e-96  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.066118  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2311  glucose/galactose transporter  44.03 
 
 		 471 aa  346  4e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0619981  normal  0.0518008 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3292  glucose/galactose transporter  47.59 
 
 		 428 aa  335  7.999999999999999e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5334  glucose/galactose transporter  47.71 
 
 		 405 aa  324  2e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120939  normal  0.764594 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2986  glucose/galactose transporter  43.46 
 
 		 412 aa  322  9.999999999999999e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1324  glucose/galactose transporter  45.66 
 
 		 413 aa  320  3e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927631  normal  0.568114 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04150  glucose/galactose transporter protein  45.9 
 
 		 429 aa  310  4e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.311164  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1994  L-fucose transporter  40.24 
 
 		 432 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.486095 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1656  glucose/galactose transporter  40.96 
 
 		 458 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4021  L-fucose transporter  41.93 
 
 		 417 aa  303  5.000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0364  glucose/galactose transporter family protein  46.15 
 
 		 408 aa  299  6e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000442276  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1827  glucose/galactose transporter  45.64 
 
 		 408 aa  297  3e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1395  glucose/galactose transporter  48.24 
 
 		 431 aa  295  8e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.774597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1259  L-fucose transporter  39.95 
 
 		 417 aa  294  2e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4128  L-fucose transporter  41.63 
 
 		 431 aa  283  3.0000000000000004e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1486  glucose/galactose transporter  41.13 
 
 		 439 aa  274  2.0000000000000002e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5644  L-fucose transporter  38.22 
 
 		 417 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183274  normal  0.735779 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0773  fucose permease  48.38 
 
 		 485 aa  268  1e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.380581 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0644  L-fucose transporter  36.69 
 
 		 409 aa  264  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.510185  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2750  L-fucose transporter  37.79 
 
 		 431 aa  258  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5715  L-fucose transporter  34.8 
 
 		 417 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.988636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0960  fucose permease  36.96 
 
 		 421 aa  238  2e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.608891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1551  L-fucose transporter  36.92 
 
 		 434 aa  235  9e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1494  L-fucose transporter  33.96 
 
 		 414 aa  233  7.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.289824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17660  fucose permease  34.53 
 
 		 425 aa  232  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.634966  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3606  fucose permease  33.49 
 
 		 425 aa  229  7e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02756  L-fucose:H+ symporter permease  36.21 
 
 		 411 aa  228  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3137  L-fucose transporter  34.75 
 
 		 438 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.436667 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3200  L-fucose transporter  34.75 
 
 		 438 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3185  L-fucose transporter  34.75 
 
 		 438 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.780035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3300  L-fucose transporter  34.75 
 
 		 438 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3120  L-fucose transporter  34.5 
 
 		 438 aa  227  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.38497  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3437  L-fucose transporter  32.77 
 
 		 412 aa  227  3e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6949  L-fucose transporter  34.24 
 
 		 457 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1540  L-fucose permease  33.99 
 
 		 457 aa  226  7e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284647  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6289  L-fucose transporter  33.99 
 
 		 457 aa  226  7e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.642767 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0887  L-fucose transporter  34.22 
 
 		 438 aa  225  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6905  L-fucose permease  34.73 
 
 		 457 aa  225  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0911  L-fucose transporter  34.22 
 
 		 438 aa  225  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2945  L-fucose transporter  34.22 
 
 		 438 aa  225  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.824406  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3106  L-fucose transporter  34.22 
 
 		 438 aa  225  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.101933  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2942  L-fucose transporter  33.98 
 
 		 438 aa  224  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3368  L-fucose transporter  32.52 
 
 		 413 aa  223  4e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4065  L-fucose transporter  33.73 
 
 		 438 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0872  major facilitator transporter  37.29 
 
 		 426 aa  220  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.224242  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0875  glucose/galactose transporter  34.78 
 
 		 429 aa  218  2e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.742352  hitchhiker  0.000720356 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1066  L-fucose:H+ symporter permease  33.09 
 
 		 399 aa  214  2.9999999999999995e-54  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0827702  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0536  L-fucose permease  31.49 
 
 		 418 aa  213  3.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.186143  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6560  glucose/galactose transporter  34.02 
 
 		 438 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.13532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4044  L-fucose transporter  30.88 
 
 		 420 aa  213  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3397  glucose/galactose transporter  34.56 
 
 		 419 aa  211  3e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4488  L-fucose permease  31.03 
 
 		 443 aa  210  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.530054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2428  L-fucose permease  34.49 
 
 		 433 aa  209  7e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1448  L-fucose permease  31.01 
 
 		 418 aa  209  1e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1002  glucose/galactose transporter  35.05 
 
 		 406 aa  206  6e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00935633  normal  0.690968 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4488  glucose/galactose transporter  33.25 
 
 		 440 aa  205  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.797276  normal  0.125839 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1612  L-fucose transporter  33.17 
 
 		 434 aa  202  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0487027  normal  1 
 
 
-
 
NC_006691  CNF01060  conserved hypothetical protein  31.39 
 
 		 468 aa  199  6e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0776  glucose/galactose transporter  31.21 
 
 		 441 aa  196  9e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.747868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1696  glucose/galactose transporter  32.2 
 
 		 444 aa  193  4e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0309117  normal  0.239808 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1104  glucose/galactose transporter  34.59 
 
 		 437 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0045785  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>