More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4583 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4583  oligopeptidase B  100 
 
 		 680 aa  1391    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3911  protease II  79.67 
 
 		 685 aa  1122    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.715631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1574  oligopeptidase B  79.08 
 
 		 686 aa  1119    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0149032 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1399  oligopeptidase B  79.23 
 
 		 684 aa  1086    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32900  Oligopeptidase B protein  73.38 
 
 		 682 aa  1006    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47360  putative oligopeptidase  75.18 
 
 		 683 aa  1044    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4105  oligopeptidase B  94.41 
 
 		 680 aa  1324    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3890  oligopeptidase B  90.15 
 
 		 680 aa  1274    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4087  putative oligopeptidase  75.18 
 
 		 683 aa  1040    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1306  oligopeptidase B  98.38 
 
 		 680 aa  1372    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1781  oligopeptidase B  73.93 
 
 		 678 aa  1010    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0029  Oligopeptidase B  47.86 
 
 		 685 aa  592  1e-168  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1786  oligopeptidase B  45.01 
 
 		 688 aa  576  1.0000000000000001e-163  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1579  oligopeptidase B  45.44 
 
 		 682 aa  563  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.767471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0841  Oligopeptidase B  44.19 
 
 		 709 aa  556  1e-157  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3621  Oligopeptidase B  45.99 
 
 		 696 aa  545  1e-154  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4559  oligopeptidase B  46.55 
 
 		 706 aa  545  1e-154  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4647  oligopeptidase B  46.55 
 
 		 706 aa  545  1e-154  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6532  Oligopeptidase B  42.34 
 
 		 721 aa  545  1e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0448855  normal  0.250213 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2641  oligopeptidase B  45.01 
 
 		 686 aa  545  1e-153  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4942  oligopeptidase B  46.55 
 
 		 706 aa  543  1e-153  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.14279 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10796  protease II ptrBb (oligopeptidase B)  43.8 
 
 		 719 aa  537  1e-151  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2979  oligopeptidase B  45.34 
 
 		 726 aa  537  1e-151  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0273053  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1376  oligopeptidase B  46.38 
 
 		 696 aa  537  1e-151  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.175482  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1392  Oligopeptidase B  42.92 
 
 		 686 aa  533  1e-150  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4734  Oligopeptidase B  41.96 
 
 		 705 aa  533  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.979421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0551  Oligopeptidase B  45.55 
 
 		 678 aa  531  1e-149  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3322  oligopeptidase B  43.98 
 
 		 688 aa  526  1e-148  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.166929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2556  oligopeptidase B  40.35 
 
 		 686 aa  523  1e-147  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.927214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1095  Oligopeptidase B  41.31 
 
 		 671 aa  522  1e-147  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.392481  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4105  oligopeptidase B  45.34 
 
 		 698 aa  525  1e-147  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.662092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5137  oligopeptidase B  43.63 
 
 		 712 aa  519  1e-146  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.613036  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08101  Peptidase S9, prolyl oligopeptidase active site region  41.62 
 
 		 711 aa  521  1e-146  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3479  Oligopeptidase B  44.2 
 
 		 710 aa  517  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.607992 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1937  oligopeptidase B  42.94 
 
 		 677 aa  517  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.158885  normal  0.0155167 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2241  Oligopeptidase B  42.77 
 
 		 683 aa  513  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06740  protease  40.17 
 
 		 696 aa  509  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4526  oligopeptidase B  44.64 
 
 		 698 aa  511  1e-143  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000835874 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1617  oligopeptidase B  43.34 
 
 		 706 aa  512  1e-143  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8948  Oligopeptidase B  43.87 
 
 		 695 aa  506  9.999999999999999e-143  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1629  oligopeptidase B  41.29 
 
 		 683 aa  507  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2442  oligopeptidase B  41.29 
 
 		 683 aa  507  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.429738  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2346  protease II  41.29 
 
 		 683 aa  507  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.172701  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2328  oligopeptidase B  40.41 
 
 		 697 aa  507  9.999999999999999e-143  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0142443 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000831  putative protease  40.62 
 
 		 696 aa  505  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.125808  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1051  Oligopeptidase B  43.76 
 
 		 690 aa  504  1e-141  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.552251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2129  Oligopeptidase B  43.68 
 
 		 686 aa  504  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0633  oligopeptidase B  40.33 
 
 		 697 aa  499  1e-140  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04127  protease II  42.23 
 
 		 678 aa  496  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2416  protease 2  40.94 
 
 		 691 aa  496  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2119  Oligopeptidase B  42.06 
 
 		 683 aa  494  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3026  protease II  41.59 
 
 		 704 aa  491  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0844  oligopeptidase B  41.24 
 
 		 699 aa  490  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.740368 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1787  protease 2  40.86 
 
 		 686 aa  483  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.13117 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1835  Oligopeptidase B  41.7 
 
 		 683 aa  484  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.94599  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1936  protease 2  40.86 
 
 		 686 aa  483  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0862  oligopeptidase B  41.2 
 
 		 700 aa  479  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.127463  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2839  oligopeptidase B  41.2 
 
 		 698 aa  482  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.586529 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2073  protease 2  40.86 
 
 		 686 aa  480  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0144  oligopeptidase B  42.14 
 
 		 703 aa  480  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1343  protease 2  40.86 
 
 		 686 aa  481  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.790431  normal  0.26509 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01816  protease II  40.71 
 
 		 686 aa  478  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01804  hypothetical protein  40.71 
 
 		 686 aa  478  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2579  protease 2  40.71 
 
 		 686 aa  478  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.639161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0431  oligopeptidase B  40.49 
 
 		 715 aa  476  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1797  Oligopeptidase B  40.56 
 
 		 686 aa  474  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2038  protease 2  41.03 
 
 		 683 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.387089  normal  0.101545 
 
 
-
 
NC_004310  BR0568  protease II  40.2 
 
 		 702 aa  472  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31333  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1245  protease 2  40.88 
 
 		 683 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2033  protease 2  40.88 
 
 		 683 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.147358  normal  0.976007 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3467  oligopeptidase B  40.56 
 
 		 711 aa  475  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0421  peptidase, S9A/B/C family protein  38.95 
 
 		 696 aa  475  1e-132  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0147538  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1343  oligopeptidase B  41.78 
 
 		 701 aa  473  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2093  protease 2  40.88 
 
 		 683 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.559794  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2140  protease II  38.53 
 
 		 685 aa  471  1.0000000000000001e-131  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4644  protease II  38.4 
 
 		 719 aa  471  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.624793  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0502  Oligopeptidase B  41.56 
 
 		 714 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0140274  normal  0.0418806 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1370  protease 2  40.88 
 
 		 683 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.364308  hitchhiker  0.00000000160982 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4371  oligopeptidase B  39.52 
 
 		 729 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1644  oligopeptidase B  39.86 
 
 		 701 aa  470  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.378533  normal  0.307491 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1577  oligopeptidase B  42.92 
 
 		 710 aa  471  1.0000000000000001e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4763  oligopeptidase B  39.8 
 
 		 722 aa  472  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000033287 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2691  oligopeptidase B  40.23 
 
 		 701 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0542  peptidase S9A family  41.35 
 
 		 703 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1258  protease II  39.71 
 
 		 709 aa  466  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.125554  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1332  oligopeptidase B  39.97 
 
 		 717 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0569  protease II  39.94 
 
 		 702 aa  468  9.999999999999999e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4179  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  41.26 
 
 		 713 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210389  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0465  Oligopeptidase B  40.92 
 
 		 715 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.770478  normal  0.200287 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03460  oligopeptidase B  41.89 
 
 		 703 aa  469  9.999999999999999e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01150  Protease II  38.68 
 
 		 725 aa  462  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.545726  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2471  peptidase S9, prolyl oligopeptidase  39.6 
 
 		 695 aa  465  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.511382 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3959  oligopeptidase B  39.02 
 
 		 708 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1674  Oligopeptidase B  39.29 
 
 		 710 aa  465  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0871662 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0109  Oligopeptidase B  40.82 
 
 		 782 aa  465  1e-129  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0437  oligopeptidase B  40.75 
 
 		 691 aa  460  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.365567  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0836  Oligopeptidase B  39.88 
 
 		 690 aa  461  9.999999999999999e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2902  oligopeptidase B  39.42 
 
 		 697 aa  462  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1423  oligopeptidase B  40.28 
 
 		 697 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0258557 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4444  oligopeptidase B  41.92 
 
 		 714 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.85363 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>