More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3023 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3023  amino acid efflux protein, putative  100 
 
 
144 aa  293  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0879148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2656  lysine exporter protein LysE/YggA  99.19 
 
 
207 aa  250  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2798  lysine exporter protein LysE/YggA  93.55 
 
 
207 aa  236  9e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.071463  normal  0.0626704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2722  lysine exporter protein LysE/YggA  91.13 
 
 
207 aa  230  6e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.299821  normal  0.0652266 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4795  lysine exporter protein LysE/YggA  65.32 
 
 
206 aa  158  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417767 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2902  lysine exporter protein LysE/YggA  62.1 
 
 
206 aa  150  5e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000642  transporter LysE family  61.42 
 
 
204 aa  147  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2160  lysine exporter protein LysE/YggA  66.94 
 
 
206 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.17805  normal  0.65049 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4701  lysine exporter protein LysE/YggA  58.06 
 
 
207 aa  140  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0229835 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3025  amino acid transporter LysE  58.87 
 
 
206 aa  136  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0495687 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6011  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  56.35 
 
 
206 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.513568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1221  transporter, LysE family  51.94 
 
 
209 aa  130  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.360927  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1474  hypothetical protein  66.1 
 
 
207 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16960  amino acid transporter LysE  66.1 
 
 
207 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0385936  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2246  amino acid efflux pump, RhtB family protein  46.58 
 
 
222 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.747875  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5067  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  49.61 
 
 
210 aa  93.6  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3405  lysine exporter protein LysE/YggA  40.48 
 
 
212 aa  82.8  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1323  lysine exporter protein LysE/YggA  37.21 
 
 
211 aa  81.3  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.848324 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0891  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.4 
 
 
209 aa  79  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0328  lysine exporter protein LysE/YggA  36.92 
 
 
210 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.872355  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0976  lysine exporter protein LysE/YggA  44.83 
 
 
209 aa  78.2  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  38.64 
 
 
212 aa  75.9  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  34.35 
 
 
212 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3800  LysE family translocator protein  33.33 
 
 
222 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00135005  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3861  LysE family translocator protein  33.33 
 
 
222 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0165555  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2209  lysine exporter protein LysE/YggA  36 
 
 
203 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4576  lysine exporter protein LysE/YggA  37.3 
 
 
203 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0227  lysine exporter protein LysE/YggA  33.85 
 
 
211 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0118628  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0235  lysine exporter protein LysE/YggA  34.62 
 
 
211 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00162299  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3565  amino acid transporter LysE  36 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0029  amino acid transporter LysE  33.33 
 
 
222 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0393564  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.62 
 
 
211 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  36.15 
 
 
211 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2356  lysine exporter protein LysE/YggA  35.2 
 
 
203 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139066  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3407  lysine exporter protein LysE/YggA  34.09 
 
 
213 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000235018  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3121  amino acid transporter LysE  32.85 
 
 
218 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0201026  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2663  lysine exporter protein LysE/YggA  34.88 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0497346  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2136  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  43.01 
 
 
212 aa  67.8  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0288  lysine exporter protein LysE/YggA  33.85 
 
 
211 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00514446  hitchhiker  0.000000000772842 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1489  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.57 
 
 
230 aa  67  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2480  lysine exporter protein LysE/YggA  34.11 
 
 
203 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.21 
 
 
208 aa  66.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3589  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.94 
 
 
211 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0368885 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1618  lysine exporter protein LysE/YggA  40.19 
 
 
209 aa  66.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.360682  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  36.72 
 
 
208 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1710  lysine exporter protein LysE/YggA  38.76 
 
 
209 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2876  lysine exporter protein LysE/YggA  32.12 
 
 
218 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000054165  unclonable  0.00000000000000325534 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0905  hypothetical protein  39.25 
 
 
208 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.772442  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3288  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.38 
 
 
211 aa  63.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6784  LysE family amino acid efflux protein  38.54 
 
 
206 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0400664 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3092  lysine exporter protein LysE/YggA  38.4 
 
 
208 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0606278  hitchhiker  0.00000000000145641 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5250  lysine exporter protein LysE/YggA  34.65 
 
 
210 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0403  lysine exporter protein LysE/YggA  35.38 
 
 
211 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0308  lysine exporter protein LysE/YggA  37.63 
 
 
211 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000182648  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2798  lysine exporter protein LysE/YggA  37.63 
 
 
211 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00531331  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3117  lysine exporter protein LysE/YggA  34.65 
 
 
210 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5514  lysine exporter protein LysE/YggA  35.71 
 
 
209 aa  62  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1147  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.63 
 
 
208 aa  62  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5023  lysine exporter protein LysE/YggA  34.65 
 
 
210 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.904579 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3501  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.37 
 
 
207 aa  61.2  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.648819  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4610  lysine exporter protein LysE/YggA  34.65 
 
 
210 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0122  amino acid transporter LysE  29.69 
 
 
207 aa  60.1  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2025  lysine exporter protein LysE/YggA  33.59 
 
 
208 aa  60.1  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.464731  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1476  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.71 
 
 
205 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.779186  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0199  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.38 
 
 
213 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00495295 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2300  lysine exporter protein LysE/YggA  33.59 
 
 
208 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.735083  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2313  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.59 
 
 
208 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00564099  hitchhiker  0.00590082 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0938  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.25 
 
 
208 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.283752  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0815  lysine exporter protein LysE/YggA  33.6 
 
 
204 aa  58.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  28.91 
 
 
207 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00934187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0918  lysine exporter protein LysE/YggA  31.48 
 
 
209 aa  58.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0577  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.38 
 
 
219 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2073  lysine exporter protein LysE/YggA  34.35 
 
 
208 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106619  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2878  lysine exporter protein LysE/YggA  36.36 
 
 
237 aa  58.5  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4165  amino acid transporter LysE  32.04 
 
 
203 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.785807 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  28.91 
 
 
207 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.161757 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0113  lysine exporter protein LysE/YggA  30.47 
 
 
207 aa  58.2  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.894147 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3931  amino acid transporter LysE  32.03 
 
 
213 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1609  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.67 
 
 
210 aa  58.2  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.127652  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3100  lysine exporter protein LysE/YggA  32.77 
 
 
212 aa  58.2  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.397202 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5140  lysine exporter protein LysE/YggA  34.88 
 
 
210 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0367  lysine exporter protein LysE/YggA  33.33 
 
 
211 aa  57.8  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4453  lysine exporter protein LysE/YggA  43 
 
 
216 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3980  lysine exporter protein LysE/YggA  37.86 
 
 
205 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1401  lysine exporter protein LysE/YggA  30.08 
 
 
204 aa  57.8  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.582865  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3556  lysine exporter protein LysE/YggA  41.28 
 
 
212 aa  57  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.384892 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3360  lysine exporter protein LysE/YggA  34.11 
 
 
210 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.742854  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3462  lysine exporter protein LysE/YggA  31.07 
 
 
209 aa  57  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4807  lysine exporter protein LysE/YggA  34.11 
 
 
210 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0152252  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5396  lysine exporter protein LysE/YggA  41.28 
 
 
212 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.47 
 
 
208 aa  57  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2918  leucine export protein LeuE  32.77 
 
 
211 aa  57  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.438377 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0887  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.29 
 
 
205 aa  57  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2770  lysine exporter protein LysE/YggA  29.73 
 
 
233 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1166  lysine exporter protein LysE/YggA  29.03 
 
 
211 aa  56.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2895  lysine exporter protein LysE/YggA  34.11 
 
 
210 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0193  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.33 
 
 
213 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05364  putative threonine efflux protein  28.12 
 
 
206 aa  56.2  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4806  lysine exporter protein LysE/YggA  32.26 
 
 
203 aa  57  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.135415  normal  0.130992 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2944  lysine exporter protein LysE/YggA  31.58 
 
 
203 aa  56.6  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.424969 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>