More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4576 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4576  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 
203 aa  389  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2356  lysine exporter protein LysE/YggA  72.91 
 
 
203 aa  295  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139066  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3565  amino acid transporter LysE  71.43 
 
 
203 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2209  lysine exporter protein LysE/YggA  70.94 
 
 
203 aa  287  8e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2480  lysine exporter protein LysE/YggA  68.97 
 
 
203 aa  285  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0815  lysine exporter protein LysE/YggA  60.2 
 
 
204 aa  234  7e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4165  amino acid transporter LysE  55.72 
 
 
203 aa  226  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.785807 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3922  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  47.72 
 
 
204 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.325521  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.92 
 
 
208 aa  137  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.02 
 
 
208 aa  135  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0938  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.22 
 
 
208 aa  135  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.283752  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0244  homoserine/homoserine lactone efflux protein  39.51 
 
 
206 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003581  probable homoserine/homoserine lactone efflux protein  37.5 
 
 
207 aa  128  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  39.02 
 
 
208 aa  126  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2136  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  43.01 
 
 
212 aa  126  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  39.05 
 
 
211 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3972  homoserine/homoserine lactone efflux protein  37.5 
 
 
206 aa  123  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.422052  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4701  lysine exporter protein LysE/YggA  38.16 
 
 
207 aa  123  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0229835 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2902  lysine exporter protein LysE/YggA  36.84 
 
 
206 aa  123  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4345  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.59 
 
 
206 aa  122  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4191  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.1 
 
 
206 aa  121  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349541 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000642  transporter LysE family  35.61 
 
 
204 aa  121  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4402  lysine exporter protein LysE/YggA  37.8 
 
 
212 aa  121  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.649358  normal  0.816137 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2876  lysine exporter protein LysE/YggA  37.33 
 
 
218 aa  121  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000054165  unclonable  0.00000000000000325534 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.62 
 
 
211 aa  121  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03703  neutral amino-acid efflux system  36.1 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4155  homoserine/threonine efflux pump  36.1 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5265  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.1 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.624144 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4048  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.1 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4184  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.1 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.340963 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4291  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.1 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03652  hypothetical protein  36.1 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4152  homoserine/homoserine lactone efflux protein  40.98 
 
 
206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000943916  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0288  lysine exporter protein LysE/YggA  36.67 
 
 
211 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00514446  hitchhiker  0.000000000772842 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2870  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.12 
 
 
211 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.75176  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  41.55 
 
 
206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0042632  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6011  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.71 
 
 
206 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.513568 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1001  lysine exporter protein LysE/YggA  39 
 
 
206 aa  118  7e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.953537  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6784  LysE family amino acid efflux protein  39.22 
 
 
206 aa  117  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0400664 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3980  lysine exporter protein LysE/YggA  39.22 
 
 
205 aa  117  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3501  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.88 
 
 
207 aa  117  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.648819  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4137  lysine exporter protein LysE/YggA  39.22 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3909  lysine exporter protein LysE/YggA  39.13 
 
 
210 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806528  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0048  lysine exporter protein LysE/YggA  40.29 
 
 
208 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.075881  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2663  lysine exporter protein LysE/YggA  38.83 
 
 
211 aa  116  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0497346  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0227  lysine exporter protein LysE/YggA  36.67 
 
 
211 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0118628  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4795  lysine exporter protein LysE/YggA  37.95 
 
 
206 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417767 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2610  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.57 
 
 
211 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.817626  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0235  lysine exporter protein LysE/YggA  36.19 
 
 
211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00162299  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0193  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  40 
 
 
213 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3290  lysine exporter protein LysE/YggA  38.54 
 
 
206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.76234  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2246  amino acid efflux pump, RhtB family protein  36.82 
 
 
222 aa  115  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.747875  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2798  lysine exporter protein LysE/YggA  37.14 
 
 
211 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00531331  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0113  lysine exporter protein LysE/YggA  33 
 
 
207 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.894147 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0308  lysine exporter protein LysE/YggA  37.14 
 
 
211 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000182648  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4168  homoserine/homoserine lactone efflux protein  37.2 
 
 
206 aa  114  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3800  LysE family translocator protein  35.75 
 
 
222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00135005  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3861  LysE family translocator protein  35.75 
 
 
222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0165555  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3121  amino acid transporter LysE  36.41 
 
 
218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0201026  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4240  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.71 
 
 
206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119305  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0199  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.42 
 
 
213 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00495295 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0236  lysine exporter protein LysE/YggA  39.91 
 
 
214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2944  lysine exporter protein LysE/YggA  34.8 
 
 
203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  32.51 
 
 
207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.161757 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4347  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.71 
 
 
206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.499409  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  37.09 
 
 
212 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1476  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.05 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.779186  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4287  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.71 
 
 
206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.414866 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3381  lysine exporter protein LysE/YggA  38.76 
 
 
209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.599576  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4986  lysine exporter protein LysE/YggA  38.76 
 
 
209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0538724  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0029  amino acid transporter LysE  35.75 
 
 
222 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0393564  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4189  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.71 
 
 
206 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  35.75 
 
 
212 aa  112  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3405  lysine exporter protein LysE/YggA  35.2 
 
 
212 aa  112  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0122  amino acid transporter LysE  32.02 
 
 
207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1474  hypothetical protein  42.78 
 
 
207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16960  amino acid transporter LysE  42.78 
 
 
207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0385936  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  32.02 
 
 
207 aa  112  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00934187 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  41.06 
 
 
206 aa  111  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.476612  normal  0.152884 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002123  putative threonine efflux protein  32.52 
 
 
205 aa  111  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1221  transporter, LysE family  34.21 
 
 
209 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.360927  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1744  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  40.49 
 
 
204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0403  lysine exporter protein LysE/YggA  40.44 
 
 
211 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0287  lysine exporter protein LysE/YggA  39.15 
 
 
214 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167258  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3407  lysine exporter protein LysE/YggA  35.38 
 
 
213 aa  109  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000235018  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00299  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.04 
 
 
204 aa  109  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5301  lysine exporter protein LysE/YggA  38.28 
 
 
209 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.115682 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2384  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.2 
 
 
205 aa  108  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7453  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.93 
 
 
207 aa  108  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.353642  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0220  homoserine/homoserine lactone efflux protein  37.68 
 
 
206 aa  108  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1876  lysine exporter protein LysE/YggA  34.5 
 
 
224 aa  107  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4441  lysine exporter protein (LysE/YggA)  35.47 
 
 
208 aa  107  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.568773  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3962  homoserine/homoserine lactone efflux protein  41.46 
 
 
206 aa  107  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.149154  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2512  LysE family efflux protein  37.19 
 
 
209 aa  107  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77155  normal  0.629376 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0123  lysine exporter protein LysE/YggA  32.51 
 
 
207 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3996  homoserine/homoserine lactone efflux protein  37.68 
 
 
206 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0286  lysine exporter protein LysE/YggA  35.78 
 
 
211 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0557  homoserine/homoserine lactone efflux protein  37.68 
 
 
206 aa  107  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3025  amino acid transporter LysE  35.23 
 
 
206 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0495687 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1618  lysine exporter protein LysE/YggA  38.51 
 
 
209 aa  105  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.360682  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>