More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3733 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3733  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
562 aa  1146    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1595  putative alcohol dehydrogenase  57.71 
 
 
561 aa  618  1e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0851  Pyrrolo-quinoline quinone  52.14 
 
 
558 aa  608  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3660  putative alcohol dehydrogenase  52.58 
 
 
555 aa  561  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  34.63 
 
 
580 aa  296  5e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  36.72 
 
 
554 aa  294  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.06 
 
 
584 aa  283  7.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  33.96 
 
 
580 aa  281  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  33.88 
 
 
584 aa  280  6e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5502  putative alcohol dehydrogenase  34.17 
 
 
712 aa  277  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210225  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2017  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  31.66 
 
 
592 aa  276  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.115973  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  34.5 
 
 
702 aa  276  8e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  34.71 
 
 
718 aa  274  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  34.71 
 
 
570 aa  271  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.6 
 
 
595 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.31 
 
 
582 aa  271  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  32.08 
 
 
602 aa  271  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  33.7 
 
 
591 aa  271  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  33.16 
 
 
706 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  33.57 
 
 
698 aa  270  4e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  32.42 
 
 
595 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  32.42 
 
 
595 aa  270  5e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  30.4 
 
 
576 aa  270  5e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  32.69 
 
 
718 aa  269  8e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  34.57 
 
 
549 aa  268  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  33.64 
 
 
721 aa  268  2.9999999999999995e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2878  Pyrrolo-quinoline quinone  32.85 
 
 
727 aa  267  4e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.66 
 
 
597 aa  267  4e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.05 
 
 
587 aa  266  8e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.57 
 
 
726 aa  266  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.8 
 
 
697 aa  266  8.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0262  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  32.89 
 
 
737 aa  265  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0206165  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.9 
 
 
724 aa  264  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  34.89 
 
 
705 aa  263  4.999999999999999e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.39 
 
 
707 aa  263  8e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  31.58 
 
 
587 aa  263  8e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.71 
 
 
587 aa  262  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  31.71 
 
 
587 aa  262  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  34.1 
 
 
583 aa  260  4e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  32.12 
 
 
738 aa  260  5.0000000000000005e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  34.65 
 
 
726 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5972  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.81 
 
 
575 aa  259  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0151209 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7192  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.51 
 
 
575 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.426546  normal  0.582027 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.93 
 
 
588 aa  257  3e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0905  alcohol dehydrogenase  32.8 
 
 
711 aa  258  3e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.879569  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5895  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.81 
 
 
575 aa  257  5e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136104  normal  0.867214 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  34.11 
 
 
631 aa  256  8e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  34.11 
 
 
631 aa  256  8e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  34.6 
 
 
593 aa  255  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6162  Pyrrolo-quinoline quinone  33.63 
 
 
575 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114811  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  31.81 
 
 
589 aa  254  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0306  putative alcohol dehydrogenase  33.16 
 
 
575 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100044  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.89 
 
 
631 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2415  putative quinoprotein alcohol dehydrogenase  33.89 
 
 
577 aa  253  7e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  33.09 
 
 
709 aa  253  7e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0363  putative alcohol dehydrogenase precursor  35.11 
 
 
572 aa  253  8.000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  34.53 
 
 
730 aa  253  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  31.35 
 
 
602 aa  252  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0379  Pyrrolo-quinoline quinone  30.81 
 
 
727 aa  250  4e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  32.8 
 
 
573 aa  249  7e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  32.73 
 
 
588 aa  249  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3242  Pyrrolo-quinoline quinone  32.68 
 
 
573 aa  249  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00434002  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  32.68 
 
 
573 aa  249  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  31.97 
 
 
615 aa  246  6.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  32.96 
 
 
579 aa  246  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  31.21 
 
 
562 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  32.56 
 
 
720 aa  246  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  30.68 
 
 
587 aa  244  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  30.76 
 
 
579 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5419  Pyrrolo-quinoline quinone  32.95 
 
 
576 aa  244  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  31.57 
 
 
623 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  32.16 
 
 
623 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  31.75 
 
 
600 aa  242  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3639  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.68 
 
 
566 aa  241  2.9999999999999997e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347084  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1570  Pyrrolo-quinoline quinone  34.27 
 
 
568 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0635613  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2578  putative PQQ dehydrogenase protein  30.91 
 
 
600 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1236  Pyrrolo-quinoline quinone  30.91 
 
 
600 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  32.84 
 
 
620 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3937  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  33.58 
 
 
580 aa  232  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.79845 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3007  Pyrrolo-quinoline quinone  32.28 
 
 
573 aa  229  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2227  Pyrrolo-quinoline quinone  30.62 
 
 
705 aa  229  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  32.86 
 
 
678 aa  228  2e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  32 
 
 
601 aa  226  6e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  29.73 
 
 
601 aa  226  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  30.92 
 
 
600 aa  226  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2605  Pyrrolo-quinoline quinone  31.45 
 
 
563 aa  222  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308464  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2890  Pyrrolo-quinoline quinone  31.52 
 
 
583 aa  222  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.612512  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4984  Pyrrolo-quinoline quinone  29.09 
 
 
612 aa  221  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.257884 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2867  Pyrrolo-quinoline quinone  30.77 
 
 
614 aa  220  5e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0638606 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4160  Pyrrolo-quinoline quinone  31.58 
 
 
690 aa  220  5e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0349949 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2427  methanol dehydrogenase-like protein (xoxF)  29.98 
 
 
605 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0410852  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  31.04 
 
 
601 aa  219  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4524  Pyrrolo-quinoline quinone  29.07 
 
 
612 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223128 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6478  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  29.29 
 
 
606 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.975384  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0808  Pyrrolo-quinoline quinone  28.69 
 
 
585 aa  213  7e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.260733 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0969  Pyrrolo-quinoline quinone  30.41 
 
 
541 aa  213  7.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.870363  normal  0.326123 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4686  Pyrrolo-quinoline quinone  30.9 
 
 
607 aa  213  7.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.829526 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0779  methanol dehydrogenase protein, large subunit  28.88 
 
 
601 aa  212  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0879687  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0421  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  29.6 
 
 
590 aa  212  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2082  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  29.03 
 
 
588 aa  211  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.687191  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>