More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2355 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  69.3 
 
 
718 aa  999    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  70.61 
 
 
718 aa  1018    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  72.87 
 
 
697 aa  1007    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
730 aa  1491    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  73.5 
 
 
721 aa  1065    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  92.73 
 
 
726 aa  1380    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5502  putative alcohol dehydrogenase  77.04 
 
 
712 aa  1131    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210225  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  65.71 
 
 
709 aa  956    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  91.36 
 
 
724 aa  1296    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  69.44 
 
 
706 aa  1014    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  71.2 
 
 
707 aa  1014    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  50.44 
 
 
726 aa  627  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  47.63 
 
 
738 aa  618  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  49.42 
 
 
702 aa  615  1e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  47.92 
 
 
705 aa  572  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0379  Pyrrolo-quinoline quinone  46.77 
 
 
727 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  45.68 
 
 
720 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0262  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  43.05 
 
 
737 aa  556  1e-157  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0206165  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0905  alcohol dehydrogenase  44.49 
 
 
711 aa  536  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.879569  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2227  Pyrrolo-quinoline quinone  45.64 
 
 
705 aa  526  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  44.91 
 
 
698 aa  521  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2878  Pyrrolo-quinoline quinone  41.43 
 
 
727 aa  453  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4160  Pyrrolo-quinoline quinone  37.46 
 
 
690 aa  409  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0349949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  41.45 
 
 
595 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  41.11 
 
 
595 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  41.28 
 
 
595 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  41.28 
 
 
591 aa  386  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  42.03 
 
 
587 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  42.03 
 
 
587 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  41.82 
 
 
587 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  42.21 
 
 
589 aa  374  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  39.52 
 
 
587 aa  370  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  42.41 
 
 
579 aa  368  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.24 
 
 
588 aa  363  4e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  39.41 
 
 
587 aa  361  3e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  40 
 
 
579 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  38.76 
 
 
554 aa  355  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.78 
 
 
602 aa  354  2.9999999999999997e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.24 
 
 
584 aa  349  1e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  38.2 
 
 
602 aa  347  5e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.24 
 
 
584 aa  347  6e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  39.93 
 
 
580 aa  345  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  39.66 
 
 
593 aa  341  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.29 
 
 
573 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3242  Pyrrolo-quinoline quinone  37.29 
 
 
573 aa  337  5e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00434002  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  37.29 
 
 
573 aa  337  5e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5972  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.41 
 
 
575 aa  334  4e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0151209 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7192  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.07 
 
 
575 aa  333  9e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.426546  normal  0.582027 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  36.48 
 
 
562 aa  332  1e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  36.61 
 
 
570 aa  331  3e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  38.87 
 
 
623 aa  330  6e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  38 
 
 
588 aa  330  7e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  38.87 
 
 
623 aa  330  7e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0306  putative alcohol dehydrogenase  35.75 
 
 
575 aa  329  9e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100044  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  37.95 
 
 
580 aa  329  9e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5895  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.05 
 
 
575 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136104  normal  0.867214 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6162  Pyrrolo-quinoline quinone  36.87 
 
 
575 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114811  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3639  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.98 
 
 
566 aa  323  6e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347084  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  36.33 
 
 
620 aa  323  8e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.79 
 
 
631 aa  321  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  37.05 
 
 
631 aa  319  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3387  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.7 
 
 
601 aa  319  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  37.61 
 
 
631 aa  319  1e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.54 
 
 
597 aa  315  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  39.63 
 
 
583 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.99 
 
 
582 aa  313  9e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2994  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.38 
 
 
613 aa  310  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2017  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  37.89 
 
 
592 aa  310  8e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.115973  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.58 
 
 
576 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0099  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.01 
 
 
605 aa  308  3e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.850532  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2578  putative PQQ dehydrogenase protein  36.82 
 
 
600 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2344  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.95 
 
 
611 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0903405  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.61 
 
 
601 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1236  Pyrrolo-quinoline quinone  36.5 
 
 
600 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  35.6 
 
 
615 aa  305  2.0000000000000002e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  35.21 
 
 
616 aa  304  4.0000000000000003e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.88 
 
 
599 aa  303  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  35.39 
 
 
600 aa  302  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4686  Pyrrolo-quinoline quinone  37.18 
 
 
607 aa  301  3e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.829526 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  36.13 
 
 
601 aa  301  3e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  36.24 
 
 
601 aa  300  8e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  38.24 
 
 
549 aa  298  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2260  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.05 
 
 
601 aa  298  3e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  35.35 
 
 
600 aa  298  3e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0363  putative alcohol dehydrogenase precursor  36.81 
 
 
572 aa  296  1e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  36.51 
 
 
604 aa  295  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0344  Pyrrolo-quinoline quinone  35.58 
 
 
623 aa  294  5e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.122301  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1761  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.92 
 
 
601 aa  293  8e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3937  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  36.2 
 
 
580 aa  291  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.79845 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0476  quinoprotein alcohol dehydrogenase  37.08 
 
 
618 aa  291  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0260666 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.65 
 
 
613 aa  291  4e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1932  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.92 
 
 
592 aa  291  4e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0203998 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1809  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.1 
 
 
601 aa  290  6e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2145  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.1 
 
 
601 aa  290  6e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.885263  normal  0.307838 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  35.31 
 
 
601 aa  289  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0508  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.25 
 
 
601 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619983  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.84 
 
 
629 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771392  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.91 
 
 
608 aa  287  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520136  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0779  methanol dehydrogenase protein, large subunit  35.62 
 
 
601 aa  287  5e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0879687  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3393  putative methanol dehydrogenase protein, large subunit  35.4 
 
 
606 aa  286  7e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.078697  normal  0.0119159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>