More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1957 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  55.57 
 
 
587 aa  656    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  84.65 
 
 
631 aa  1105    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  53.08 
 
 
595 aa  643    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
620 aa  1271    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  57 
 
 
589 aa  663    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  53.53 
 
 
595 aa  642    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  55.95 
 
 
602 aa  655    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  84.65 
 
 
631 aa  1104    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  55.57 
 
 
587 aa  656    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  55.67 
 
 
579 aa  654    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  53.63 
 
 
602 aa  650    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  84.11 
 
 
623 aa  1082    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  53.88 
 
 
591 aa  641    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  57.94 
 
 
579 aa  644    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0476  quinoprotein alcohol dehydrogenase  71.38 
 
 
618 aa  873    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0260666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  84.97 
 
 
631 aa  1108    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  55.08 
 
 
587 aa  651    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  84.27 
 
 
623 aa  1094    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  53.63 
 
 
595 aa  646    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  52.78 
 
 
587 aa  626  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  56.41 
 
 
593 aa  623  1e-177  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  52.9 
 
 
588 aa  624  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  53.86 
 
 
588 aa  619  1e-176  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  53.65 
 
 
580 aa  618  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  53.05 
 
 
580 aa  617  1e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  53.54 
 
 
582 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  52.23 
 
 
587 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  54.1 
 
 
584 aa  607  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  53.92 
 
 
584 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  54.61 
 
 
549 aa  601  1e-170  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  52.19 
 
 
597 aa  593  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  42.07 
 
 
554 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  37.18 
 
 
583 aa  367  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.7 
 
 
573 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3242  Pyrrolo-quinoline quinone  37.7 
 
 
573 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00434002  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  37.7 
 
 
573 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3639  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.89 
 
 
566 aa  352  1e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347084  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0306  putative alcohol dehydrogenase  36.81 
 
 
575 aa  348  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100044  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7192  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.57 
 
 
575 aa  346  7e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.426546  normal  0.582027 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.61 
 
 
576 aa  344  2.9999999999999997e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5895  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.52 
 
 
575 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136104  normal  0.867214 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6162  Pyrrolo-quinoline quinone  37.17 
 
 
575 aa  342  8e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114811  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5972  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.81 
 
 
575 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0151209 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0379  Pyrrolo-quinoline quinone  38.24 
 
 
727 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  37.84 
 
 
570 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.41 
 
 
707 aa  335  1e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  36.66 
 
 
738 aa  335  2e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  38.19 
 
 
718 aa  334  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  38.15 
 
 
720 aa  332  1e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  37.82 
 
 
705 aa  332  2e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  37.29 
 
 
718 aa  327  3e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.81 
 
 
613 aa  327  5e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  35.69 
 
 
562 aa  326  6e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  36.16 
 
 
721 aa  325  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  37.26 
 
 
726 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  37.26 
 
 
730 aa  320  5e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  35.23 
 
 
709 aa  320  6e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  36.45 
 
 
706 aa  319  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3387  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.65 
 
 
601 aa  318  2e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0299  methanol dehydrogenase protein, large subunit, putative  35.66 
 
 
619 aa  317  3e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0065801  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.14 
 
 
724 aa  317  5e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.72 
 
 
726 aa  316  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2017  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  33.76 
 
 
592 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.115973  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5502  putative alcohol dehydrogenase  35 
 
 
712 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210225  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0363  putative alcohol dehydrogenase precursor  37.41 
 
 
572 aa  312  9e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  36.41 
 
 
702 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4972  Pyrrolo-quinoline quinone  36.36 
 
 
608 aa  311  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.779778  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.35 
 
 
697 aa  310  4e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  35.76 
 
 
698 aa  310  5e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3106  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.09 
 
 
606 aa  308  2.0000000000000002e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2427  methanol dehydrogenase-like protein (xoxF)  35.81 
 
 
605 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0410852  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0262  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.05 
 
 
737 aa  307  4.0000000000000004e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0206165  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  36.13 
 
 
604 aa  306  8.000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.78 
 
 
608 aa  303  6.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520136  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3937  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  34.08 
 
 
580 aa  303  9e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.79845 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6478  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.65 
 
 
606 aa  300  5e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.975384  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  35.31 
 
 
616 aa  300  5e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  36.22 
 
 
601 aa  299  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3393  putative methanol dehydrogenase protein, large subunit  35.7 
 
 
606 aa  298  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.078697  normal  0.0119159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  36.76 
 
 
601 aa  298  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  34.49 
 
 
615 aa  298  2e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  36.21 
 
 
601 aa  297  4e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2415  putative quinoprotein alcohol dehydrogenase  35.38 
 
 
577 aa  295  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  34.43 
 
 
600 aa  295  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2260  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.35 
 
 
601 aa  293  5e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.32 
 
 
601 aa  293  8e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0471  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.79 
 
 
625 aa  291  2e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3149  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.58 
 
 
631 aa  291  2e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  35.23 
 
 
600 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0099  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.71 
 
 
605 aa  290  7e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.850532  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2994  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.4 
 
 
613 aa  289  9e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2344  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.52 
 
 
611 aa  289  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0903405  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.97 
 
 
599 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0421  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.15 
 
 
590 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4210  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.73 
 
 
627 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.719388  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0905  alcohol dehydrogenase  35.26 
 
 
711 aa  286  8e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.879569  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1761  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.3 
 
 
601 aa  286  9e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0476  quinoprotein glucose dehydrogenase  33.75 
 
 
600 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1907  Pyrrolo-quinoline quinone  35.14 
 
 
624 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0135977  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2993  Pyrrolo-quinoline quinone  32.81 
 
 
632 aa  284  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.391865  normal  0.445791 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>